四极场中离子被施加了一个回复力使得它们回到阱的中心,场中的离子的运动由马丢函数(Mathieu equation)[4]给出。对于离子阱中带电离子,可列出以下方程:
其中
代表x, y, z 坐标,
是一个无量纲的参数,由
给出,并且
和
也是无量纲的限制参数。参数
是施加在环形电极上的电场频率。应用链式法则,我们可以得出:

将(2)带入马修方程(1),可得:
.
整理上式:
.
由牛顿运动学方程可知,以上的方程代表了施加在离子上的力。该方程可应用Floquet定理解得或用多尺度分析(multiple scale analysis)的标准计算方法得出。[5]粒子动力学和保罗离子阱的带电粒子的时间平均密度也可以通过有质动力的概念得到。
每个维上的力没有耦合。例如,对于作用在离子上的力,在x轴上有:

其中,
是四极势,由以下给出:

其中
是外加电位,
,
, 和
是权重,还有
是尺寸参数常数。为了满足拉普拉斯条件,
可由以下给出:
.
对于一个离子阱,
和
对于一个四极杆质量分析器,
并且有
。
转换5式到圆柱坐标,即
,
,和
应用勾股定理
给出以下:
Diagram of the stability regions of a quadrupole ion trap according to the voltage and frequency applied to the ion trap elements.

施加的电势是RF和DC的组合,由下式给出:

其中
and
是外加频率,单位是赫兹。
将7式带入5式,
得:

将8式带入4式,可得:
比较1式和9式的右手项,可得:
和

此外还有
,

还有

离子的捕获可以从
和
空间稳定区域的角度来理解。图中阴影区域的边界是两个方向上的稳定边界(也称为带边界)。 两个区域的重叠域是陷阱域。 为了计算这些边界和类似的图表,请参阅Müller-Kirsten[6]。