哈萨克斯坦国家银行的最高行政权力机构是董事会[6]，由九人组成，成员包括：一名董事会主席（行长）、五名董事会成员（副行长）、一名总统驻行代表、两名政府驻行代表（通常由财政部长、经济和预算规划部长两人担任）[7][8]。董事会下的执行机构有：
- 研究与战略分析部（英语：Research and Strategic Analysis Department）：负责财务状况分析、货币政策研究、经济指标预测、经济发展评估等事务[9]；
- 国际收支及货币管理与统计部（英语：Balance of Payments, Currency Regulation and Statistics Department）：负责监管现行货币政策，合理控制货币供应量，编制宏观经济指标等事务[10]；
- 法律部（英语：Legal Department）：负责参与法规制定、概括立法实践、监督法规实施、普及法律培训等工作[11]；
- 货币市场操作及资产管理部（英语：Department of monetary operations and asset management）：负责管理哈萨克斯坦主权财富基金、执行央行最后贷款人职能、为政府提供财务顾问服务等工作[12]；
- 会计部（英语：Accounting Department）：负责央行财务核算、提供央行财务报告、监管金融机构财务状况等工作[13]；
- 信息技术部（英语：Information Technologies Department）：负责开发、修改、维护以及发展央行信息系统，管理信息和通信基础设施并确保其安全稳定运行等工作[14]；
- 内部审计部（英语：Internal Audit Department）：负责审计各部门财务报表、监督各部门的资产状况等工作[15]；
- 人事部（英语：HR Department）：负责人力资源管理，优化部门结构，进行员工培训等工作[16]；
- 现金流通部（英语：Cash circulation Department）：负责印制、发行、储存、运输、回收、销毁现金等工作[17]；
- 支付系统开发与管理部（英语：Payment systems development and management Department）：负责开发、调节、维护国内支付系统运行等工作[18]；
- 组织工作与监管部（英语：Department for organizational work and oversight）：负责组织准备央行领导及员工各项活动，提高央行形象等工作[19]；
- 金融稳定和风险管理部（英语：Financial Stability and Risk Management Department）：负责评估金融形势，进行压力测试，维护金融体系，开发风险管控系统等工作[20]；
- 财务会计与财务运作监管部（英语：Financial Accounting and Financial Operations Monitoring Department）：负责开展国际结算和外汇资金转移，管理客户资产及提供交易经纪服务等工作[21]；
- 国际及公共关系部（英语：Department of International and Public Relations）：负责对外发展央行与各国际组织关系，开展国际合作等工作[22]；
- 监管及控制方法部（英语：Department of surveillance and control methodology）：负责监督和管控金融市场和金融机构，确保金融机构的运作公平竞争[23]；
- 内部安全预备部（英语：Departament of Internal security provision）：负责信息安全体系管理、国家银行信息资源安全等安保工作[24]；
- 规划与预算部（英语：Department of planning and budget）：负责央行收支预测、预算规划、组织采购、电子招标等工作[25]；
- 金融服务消费者权益保护部（英语：Financial Services Consumers’ Rights Protection Department）：负责为金融服务消费者提供客户服务、权益保护等工作[26]；
- 业务活动准备司（英语：Division of operational activities provision）：负责为营运部门提供会计政策、内部会计规则及资产负债表等工作[27]；
- 公共服务品质控制司（英语：Public services quality control Division）：负责央行与附属机构、总部与分部合作关系的协调工作[28]；
- 行政部（英语：The Administrative Department）：负责提供行政及支援服务等工作[29]；
- 国家机密保护司（英语：State Secrets Protection Division）：负责机密保护工作[30]；
- 国家机关协调部（驻首都阿斯塔纳）（英语：Departament of coordination with state bodies (Astana city)）：负责国家银行与总统、议会、政府、部委和其他国家机关的工作互动[31]；
- 阿拉木图和伊斯兰金融区域金融中心开发部（英语：Department for the Development of Regional Financial Centre of Almaty city and Islamic Finance）：负责开发阿拉木图金融中心，管理伊斯兰金融等工作[32]；
- 银行监管部（英语：Department of the Banking Supervision）：负责监管商业银行运营[33]；
- 保险市场法规部（英语：Department of the Insurance Market Supervision）：负责研究、发布保险市场法规并监管其运作等工作；
- 证券市场监管部（英语：Department of the Securities Market Supervision）：负责监管证券市场，维护公平竞争等工作[34]；
- 金融组织检查部（英语：Department of Financial Organizations Inspections）：负责监管非银行金融组织及机构的运行[35]；
- 金融市场主体清算管控司（英语：Division for control over liquidation of financial market entities）：负责金融市场主体破产清算管理及控制等工作[36]；
