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调控序列(英语:Regulatory sequence,又译调节序列)是生物体内可以促进或抑制基因表达的核酸片段。调控序列可以是DNA中一段包含启动子、增强子、沉默子,以及一些调节蛋白(如转录因子)附着位点的核酸片段。这些序列调控了基因的表达,进而影响蛋白质的合成。除此之外,mRNA也有调控序列,可与RNA结合蛋白或其他RNA结合。
基因表达的调节是所有生物(包括病毒)的基本特征。
在DNA中,基因表达的调节通常发生在转录时,通过DNA序列与转录因子的特异性结合来实现。转录因子可以作为激活物或阻遏物,也可同时作为两者调控基因表达。
而在RNA中的调控序列通常作用于翻译、RNA剪接等过程中。调控序列通常位于mRNA两端,控制mRNA的生物合成和翻译。