SAMtools

Alignment Map）。 SAM格式由头部（header）和比对（alignment section）两部分组成，可以使用SAMtools（英语：SAMtools）软件进行分析和编辑。如果存在头部部分，它必须位于比对部分之前。头部部分以'@'符号开头，以区别于比对部分。比对部分有11个必需字段以及可变数量的可选字段。

def samtoolsSort( bam : File ) -> <sorted : File> in Bash *{ sorted=sorted.bam samtools sort -m 2G $bam -o $sorted }* 在这个例子中定义了任务samtools

（原始内容存档于2022-03-31）.  The Browser Extensible Data (BED) format (PDF). samtools.github.io. [2022-05-07]. （原始内容 (PDF)存档于2022-01-21）.  Quinlan, AR; Hall

Biopython的许多模块都包含常用工具的命令行包装器，允许在Biopython中使用这些工具。这些包装器包括BLAST、Clustal、PhyML、EMBOSS和SAMtools。用户可以将通用封装类子类化，以添加对其他命令行工具的支持。 开放生物信息学基金会（英语：Open Bioinformatics Foundation）