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核形蟲綱（Cristidiscoidea或Nucleariae）是真菌總界下的一個演化支，與後孢菌（英语：Opisthosporidia）（真菌所屬類群）為姐妹群。由於核形蟲接近，但又位於真菌與動物主要分支之外，對核形蟲綱的研究可以提供關於這些類群的不同生活方式，以及後鞭毛生物與黏菌多細胞化演化過程的重要訊息。
析結果顯示兩者與另一種所知甚少的藻類寄生物Aphelids（英语：Aphelida）共同形成一支序（ARM群，或被稱為後孢菌門（英语：Opisthosporidia））。隨後有一群以變形蟲為宿主的微生物Paramicrosporidium被發現也屬於隱真菌，且它們的型態與微孢子蟲非常相似，但rDN
後孢菌（英语：Opisthosporidia） 真菌界（狹義）
後孢菌（英语：Opisthosporidia） 真菌界（狹義）
後孢菌（英语：Opisthosporidia） 真菌界（狹義）