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2015年台南市骨痛热症疫情为2015年于台湾台南市所爆发的骨痛热症疫情，最初出现在北区六甲里，而后扩散到全市。台南市确诊病例超过2万人，主要为第二型病毒，连同高雄以第一型病毒为主的病例合计为4万人[1]，全台死亡病例218人，台南市占112人[1]。
台湾曾于1901年、1915年、1931年及1942年发生全岛性骨痛热症疫情，其中1942年最为严重，据估计当时居住在台湾的人，可能大多罹患过骨痛热症[4]。此次台南流行的骨痛热症为新型的第二型骨痛热症病毒，与高雄的第一型骨痛热症病毒不同，未曾出现在台湾，市民对此病毒无免疫力[5][6]。罹患慢性病如高血压、糖尿病、慢性肾病或癌症者，或经历过1942年大流行的老年人，若此次再被叮咬形成交叉感染，重症死亡率将骤升为20%以上[7]。据估计，未发病的感染骨痛热症人数，约为发病者的九倍至十倍[8]。
2015年台南市入夏后的骨痛热症的疫情始自5月16日，北区六甲里出现第一位确诊病例，远较往年为早。例如2007年为6月15日[9]；2014年为7月19日[10]。经过疫情调查，病患的住所环境中的积水容器，皆呈现阳性反应，第一例病患没有外地或出国旅游，是本土性病例[11]，数日后病患的家人也发病，为群聚感染状况。随着时序入夏，台南常有连日大雨，积水难消，加上2015年上半年台湾发生旱灾，市民习惯在室内以容器储水，皆有利于病媒蚊孳生[12]。疫情调查显示，5月下旬台南市各处的积水容器有266处呈阳性反应，一周后上升为539处[13]，安南区一传统市场就发现有56个阳性容器。[14]
5月31日，北区六甲里一名高龄患者发病，与前述第一例患者为同一波病情[15]。而后疫情爆发，7月第一周新增12例，分别出现在北区延平里、六甲里、正觉里、成德里，安南区溪顶里，安定区海寮里，善化区文昌里[16]。7月8日，台风莲花通过巴士海峡，外围环流影响台湾南部，连日降雨产生积水，有利于病媒蚊孳生。
6月16日，北区成德里一名外籍教师发病，21日确诊，随后在该处附近出现大量病例。7月7日，台南市政府卫生局查获位于北区成德里西门町跳蚤市场为重大阳性孳生源，始知成德里疫情之源头。该市场仅周六、日营业，在货柜屋的上方有积水帆布，下方则有积水木栈板。积水处找到多处阳性孳生源。[17]
7月17日，确诊病例达51例，台南市政府成立流行疫情指挥中心，公布的疫情蔓延北区、安南、东区、安定、善化、安平、永康、仁德等8个行政区，其中以北区26例及安南区16例较为严重[18]。同时高雄市也有零星骨痛热症疫情，但是经检测发现，台南的病例与高雄病例的病毒基因不同，且台南疫情的爬升速度远比高雄快[19]。7月底，累计确诊病例超过百人。
7月31日，台南市政府勒令西门町跳蚤市场休市两周，与之关联之病例开始下降，自外籍教师发病起算至八月底，共历时12周，74人遭受感染。[17]
8月8日，台风苏迪勒穿越台湾岛，带来严重灾害，骨痛热症新增病例数一度减缓，再快速上升。8月22日，前县长苏焕智于脸书呼吁将清除骨痛热症滋生源列为优先工作，并发布照片，指出住家附近遭台风吹损的树木残骸落叶堆放十余日仍未清理。苏以此指出乡镇市区级公所自治的必要性；当局立即于隔日将之清理干净[20]。
8月10日，南区大恩里出现第一位死亡病例[21]，12日中西区安海里出现第二例死亡[22]。25日，市政府再公开死亡已超过一周的两名病例，皆来自北区[23]。8月下旬，台南市已累积超过两千名确诊病例，感染人数快速增加，其中以北区最为严重，次严重疫区则包括中西区、南区、永康区、安南区[24]。台南市部分零售市场从8月起强迫休市[25]。8月底，骨痛热症确诊病例突破3000例。国军于8月11日至9月14日间，派遣兵力2,751人次，进入台南、高雄疫区进行防疫工作，但疫情丝毫没有减缓的迹象。[26]9月初，台南市确诊病例数已达五千例，前疾管局长苏益仁、涂醒哲等多位专家呼吁疾管署尽速成立中央指挥中心，以中央政府的力量主导防疫。疾管署长郭旭崧召开记者会回应，与台南市长开过防疫协调会报，会中决定暂时没有必要由行政院主导防疫。疾管署研判骨痛热症疫情在9月底前就会受到控制，除非台南市政府寻求中央政府主导，或疫情进一步升高，到时再由中央接手主导[27]。不过隔天郭旭崧就前往台南，进驻由原空军八一四医院改装的南区管制中心，就近支援台南市政府的防疫工作[28]。9月8日疾管署长郭旭崧否认在台南开设前进指挥所，强调疾管署与台南市政府合作愉快，已有应变小组，无须再成立法定组织接管台南的防疫工作[29]。9月9日，疫情蔓延到屏东县，屏东市永城里出现群聚感染，累积14例，屏东市公所立即成立防疫指挥中心。[30]至9月中，发病的患者蜂拥至医院，病例快速增长达到1万例。疫情引起媒体广泛报导，台南的观光饭店住房率一度下降二至三成，小吃店生意下滑近半[31]。
9月14日，行政院发布新闻稿，当高雄超过一千例或全国达到一万例，再成立中央流行疫情指挥中心。由行政院副院长张善政担任指挥官。疫情指挥中心推估，骨痛热症疫情将提早从9月底开始进入高峰期[32]。
9月22日，安平区同平路一名80多岁的老翁因烧柴驱蚊，造成连栋建筑火灾[33]。9月23日，前台南市长许添财在国会质询疾病管制署长时，称2007年台南市发生5例时，台南市政府就展开全面地防疫作为，此次明显动员过慢[34]。9月28日，台风杜鹃行经台湾岛，受台风影响，骨痛热症疫情一度趋缓，随后再度攀升[35]。
10月5号，卫生福利部疾病管制署与美国匹兹堡大学在美国国家科学院院刊(PNAS)发表有关2015年东南亚登革登大流行的论文，研究中跨美、法、英、韩、新加坡、越南、泰国、寮国、柬埔寨、菲律宾及马来西亚的“东南亚8国骨痛热症疫情区域流行扩散模式”合作研究指出，骨痛热症盛行与超级厄尔尼诺现象带来的高温现象有关，2015年恰巧是18年来厄尔尼诺现象最严重的一年。高温有助于病媒蚊快速繁殖及散播，都会区人口集中地区更是骨痛热症流行的导火线[36]。
在2015年10月，泰国、马来西亚、越南以及新加坡等地也爆发骨痛热症疫情，感染人数更胜往年[36]，但台湾的死亡率更高。昆虫专家陈锦生认为此次台湾骨痛热症死亡率远高于越南的可能原因，在于1942年台湾也爆发骨痛热症疫情，台湾老年人曾在1942年感染过病毒，此次交叉感染使老年人更容易死亡[37]。
10月下旬，台南市的新增病例一度趋缓，而高雄市上升[38]。
随着年终气温下降，蚊子活动力下降，才有所趋缓，11月8日，日新增病例数为50例，疫情已进入根绝期。台南市骨痛热症指挥中心总顾问苏益仁于11月14日投书媒体，认为骨痛热症或将成为常年发生的本土流行病，呼吁政府成立骨痛热症专责单位[39]。 11月19日，台南市病例数已连续八周下降，疫情已获得控制，骨痛热症中央流行疫情指挥中心将防治重心转往高雄，台南市的前进指挥所停止运作[40]。
2015年8月31日，台南市骨痛热症病例突破3,000例[41]。
2015年9月3日，全台湾骨痛热症病例突破4,000例[42]。
2015年9月6日，台南市骨痛热症病例突破5,000例[43]。
2015年9月8日，台南市骨痛热症病例突破6,000例[44]。
2015年9月10日，台南市骨痛热症病例突破7,000例[45]。
2015年9月12日，台南市骨痛热症病例突破8,000例[46]。
2015年9月15日，台南市骨痛热症病例突破9,000例。
2015年9月17日，台南市骨痛热症病例突破10,000例。
2015年10月6日，台南市骨痛热症病例突破18,096例，约占台南市总人口数的1%[47]。
2015年11月4日，全台骨痛热症突破3万例，到达30,298例，其中台南市占21,942例、高雄市占7,822例、屏东县占153例，其余县市均为移入的散发疫情[48]。
部分零售市场从8月起强迫休市[25]。这次的骨痛热症疫情在9月之后对台南市的观光业带来负面影响，重要景点如赤崁楼、安平古堡及亿载金城，游客一度减少二至五成[49]，观光区的住宿旅馆住房率明显降低[50]。
西门町跳蚤市场因被认定为骨痛热症孳生源头，在7月休市之后，于10月彻底拆除。[51]
2016年4月22日，国家卫生研究院在行政院统合指挥下，分别在台南、高雄设立“国家蚊媒传染病防治研究中心”。[52][53]。
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