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巴尔的摩病毒分类系统（Baltimore classification）是一种由戴维·巴尔的摩建立的以基因组和病毒转录mRNA方式为区分的病毒分类系统。
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世界上的病毒千奇百怪，数量极多，生活周期又各具特征。病毒仅由基因组核酸和蛋白质组成，但是自己又没有蛋白质翻译需要的一系列条件，所以只能依赖宿主细胞的核糖体来翻译mRNA上的遗传信息。所以，病毒怎么样把它的基因组变成细胞能够识别的mRNA就是病毒生命周期中至关重要的环节。美国病毒学家戴维·巴尔的摩根据不同的病毒基因组产生mRNA方式的不同进行了分类，这就简化了病毒特殊的生命周期的本质和内涵。
首先是题图，病毒的基因组可以分为（从上到下）：双链DNA（double strand）、有缺口的双链DNA、单链DNA（single）、双链RNA、单正链RNA（positive）、单负链RNA（negative）、需要DNA中间体的单正链RNA。
根据不同基因组形成mRNA步骤的不同可以大致分为：I、II、III、IV、V、VI、VII。
I（双链DNA）、II（单链DNA）、III（双链RNA）、IV（正链RNA）、V（负链RNA）、VI（正链RNA需要DNA中间体）、VII（有缺口的双链DNA需要双链DNA中间体）。
为了给深入的研究提供指导，根据病毒基因表达方式将病毒分为以下七个组：
这类病毒通常只有在进入宿主细胞核之后才能进行自我复制。除此之外，这类病毒还需要宿主细胞核内的DNA聚合酶才能完成自我复制，因此它们很大程度上受宿主细胞的细胞周期影响。有效的感染与子代的产生都需要在宿主细胞进行复制时才能进行，因为病毒所利用的核内DNA聚合酶在此时是活跃的。此类病毒有可能诱发细胞快速裂解，导致细胞转变和癌变，如疱疹病毒、腺病毒和乳头多瘤空泡病毒。
第一组中，唯一一类已充分研究且不在核内进行复制的例子是痘病毒科（一种有脊椎动物高发病率的病原体，包括天花病毒）。
此类病毒使用普遍的mRNA转录方式——使用宿主相关的转录酶——合成两种mRNA：
这一类病毒包括有：
这类病毒中除了小DNA病毒 Parvoviruses 以外，所有物种都具有环形DNA。其中感染真核生物的病毒大多在宿主细胞的细胞核中，通过滚环式复制构建双链DNA中间体，进行复制。
一种流行的却没有临床症状的叫作“TTV”（Transfusion Transmitted Virus）的人类指环病毒 (Anellovirus)也包括在这一组中。
跟大部分RNA病毒一样，这类病毒的复制在宿主细胞的细胞质中，并不需要像DNA病毒那样使用宿主的聚合酶。这一组中研究较多的是双核糖核酸病毒科（Birnaviridae 和呼肠孤病毒科（Reoviridae）。该组病毒的基因组为单顺反子，并且有一些病毒基因组只编码一个蛋白质（不像其它病毒有较复杂的转译过程）。(?)
巴尔的摩病毒分类系统中的第四组和第五组为单链RNA病毒，根据病毒所带的RNA的正义或反义又可以细分成四五两组。拥有单链RNA是这两组病毒共同的特点，它们的复制在细胞质中，并且不受宿主细胞的细胞周期限制。
该组病毒的RNA可以直接被宿主细胞中的核糖体识别并立即转译出蛋白质，而事实上所有正股的ssRNA都是如此。本组病毒还可以根据转译的方式细分为两类：
本组病毒包括有：
该组病毒的RNA不能直接被宿主细胞中的核糖体识别并立即翻译出蛋白质，而事实上所有反链的ssRNA都是如此，因此它们要通过自身的聚合酶合成正链ssRNA，从而才可以被宿主核糖体识别。本组病毒也可以根据复制的方式细分为两类：
两种病毒最大的不同在于核酸复制的位置不同。
本组病毒包括有：
一种被研究较多的，包括反转录病毒科 (Retroviridae) 的病毒，一个明显的特点是使用逆转录酶将(+)ssRNA转换成DNA，随后用整合酶将DNA整合到宿主的基因组中，此后就可以利用核内的聚合酶了。
一小组以乙肝病毒 (Hepatitis B)【肝病毒科(Hepadnaviridae)】为典型的病毒，包含双链不闭环的DNA。该线型的DNA在闭环成为共价闭合环状DNA（cccDNA）后，作为模板转录mRNA和亚基因组mRNA，随后由前基因组表达的RNA做为模板逆转录出充当基因组的DNA。（请对照英文页面原文）
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