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小隐胞子虫（学名：Cryptosporidium parvum）是引起隐胞子虫病的其中一种病原寄生虫，主要寄生在哺乳动物的肠道。
感染的主要途径是饮用了含小隐胞子虫卵囊(Oocysts)的水所引起。在健康的人类宿主体中，132个卵囊就可引起感染症状，[1]小隐胞子虫的生活史和其他隐胞子虫属的种相似，在受感染的肠道细胞中，可以发现胞子体(sporozoites)和裂殖子(merozoites)。
在患有艾滋病或正在接受免疫抑制疗程的免疫功能不全的病患，也有感染小隐胞子虫的风险，严重可能会致死。
诊断是否被小隐胞子虫感染，可用血清测试，或使用acid-fas染色法配合显微镜观察。
小隐胞子虫是经水传染的重要寄生虫，对氯化有耐受性，在含氯浓度1000mg/L的水中，可存活24小时。
小隐胞子虫的基因体(2004年定序结果[2])约有10.4Mb，共8条染色体，每条染色体约为1.04-1.5Mb大小，染色体上不具有转座子。它和其他顶端复合生物亚门的生物不同，小隐胞子虫的质体或线粒体上不具有基因[2]。
小隐胞子虫的胞子期(卵囊期)可以在宿主以外的环境中长时间生存，甚至可以耐受一些常见的消毒手续，例如氯消毒。[3]
小隐胞子虫的生活史包括了无性时期和有性时期[4]。当小隐胞子虫的卵囊被宿主摄入体内后，会在小肠的部位破囊，释出胞子体(sporozoites)，胞子体附着并侵入小肠绒毛的上皮细胞，接着胞子体发育成为营养体(trophozoites)，营养体发育进入第一型裂殖体(Type 1 meronts)，第一型裂殖体具有8个第一型裂殖子(Type 1 merozoites)[5]。有些第一型裂殖子可再继续感染宿主。此为无性生殖时期。
第一型裂殖子若发育为第二型裂殖体(Type II meronts) [6]，则开始进入有性生殖时期。第二型裂殖体具有4个第二型裂殖子(Type II merozoites)[5]，这些裂殖子被释出后，可附着于小肠的上皮细胞，有些裂殖子会发育成为大配子体(雌)(macrogametocyte)，有些会发育成为小配子体(雄)(microgametocyte)[5][6]，大配子体会形成单一个大配子(macrogamete)，而小配子体会形成16个小配子（microgamete），若小配子与大配子结合成为合子(zygotes)，则会继续发育成薄壁卵囊或厚壁卵囊[6]，20%的卵囊会形成薄壁卵囊，具有感染宿主的能力和进行有性和无性时期的循环[5]。厚壁卵囊则可以存活于一般环境中[6]。
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