高雄榮民總醫院臺南分院為臺南市永康區的地區醫院，服務項目包含門診、急診、住院、手術等醫療照顧，並支援臺南、佳里、岡山榮民之家的醫療服務。臺南分院設有398床住院病床、88床特殊病床。