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内完成的极快反应进行观测和研究。此后，艾根将研究兴趣转入自组织系统和生物进化研究。1979年他和彼得·舒斯特阐述了超循环（英语：Hypercycle (chemistry)）理论。 艾根创立了两家生物技术公司，Evotec（英语：Evotec）和Direvo。 1981年，艾根成为世界文化理事会的创始成员。
代谢物组是一个生命体内所有代谢产物的总和，其整体构成一张巨大的代谢反应网络：一个酶化学反应的产物往往是另一个反应的反应物。这些反应系统可以用超循环（英语：Hypercycle (chemistry)）系统来描述。 代谢产物通常指在生命体内实现代谢过程的小分子有机化合物。 初级代谢产物直接参与细胞的正常生长、发展和繁殖。
Manfred; Schuster, Peter. The Hypercycle. A Principle of Natural Self-Organization. Part A: Emergence of the Hypercycle (PDF). Naturwissenschaften. 1977-11
结构理论，将生命看作自组织化系统。细胞生物學、生化与分子生物學发展，曼弗雷德·艾根提出细胞、分子水平探讨的超循环(化學)（英语：Hypercycle (chemistry)）理论。 尽管我们近几十年来对于生命的基本过程的认识取得了的深刻进步，一些基本的问题仍然没有得到解决。例如，在生物學的主要未解
（页面存档备份，存于互联网档案馆）, Wiley & Sons. Manfred Eigen and Peter Schuster (1979), The Hypercycle: A principle of natural self-organization, Springer. Myrna Estep (2003)