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1956年，黃一農出生於金門縣。父親黃菁華，福建省安溪縣人[2]，曾任東引反共救國軍（今陸軍東引地區指揮部）第二總隊第四大隊長。[3]1958年，因妻子調職國防部，舉家在八二三炮戰前夕遷居臺北市。1973年，畢業於臺北市立建國高級中學並入學國立清華大學物理學系。在1977年取得物理學士學位後，他前往美國繼續進修。1985年，他在哥倫比亞大學物理系取得天文學博士學位，並前往麻州大學擔任博士後研究員，進行電波天文學研究。
返回臺灣後，進入國立清華大學歷史研究所進行科技史研究，並曾在國立臺灣大學與輔仁大學等地講學。
1997年，發起成立虛擬網絡博物館「清蔚園知識園區」作為網絡教學之用（後與「Teens網絡教育園區」合併，現為「Teens'清蔚園」）[4]。[5][1]
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