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自然資源部第二海洋研究所，簡稱海洋二所，是一所隸屬於中華人民共和國自然資源部的綜合型海洋研究機構。創辦於1966年，位於浙江省杭州市西湖區保俶北路36號。
1965年12月國家海洋局第二海洋研究所成立。1973年12月，海洋二所由寧波市遷至杭州市。1978年成立海洋遙感技術應用研究室[1]:71。1980年，浙江省海洋學會掛靠海洋二所成立。1992 年，國家海洋局海洋工程勘測設計研究院成立[1]:239。1997 年，國家海洋局海底科學重點實驗室成立[1]:239。1999年，國家海洋局海洋動力過程與衛星海洋學重點實驗室成立[1]:240。2003年設立博土後科研工作站[1]:240。2005年，國家海洋局海洋生態系統與生物地球化學重點實驗室成立[1]:240。2018年11月，更名為自然資源部第二海洋研究所。
2018年8月，和上海交通大學開始合作共建海洋學院和極地深海技術研究院[2]。2018年10月發佈了和浙江大學聯合研發的"海洋遙感在線分析平台 SatCO2" [3]
辦公室、黨委辦公室、人事處、科技處、開發處、財務處、條件保障處、船舶調查處、紀檢監察辦公室、後勤服務中心。
國家重點實驗室有衛星海洋環境動力學國家重點實驗室。
自然資源部重點實驗室有衛星海洋環境動力學國家重點實驗室、國家海洋局海底科學重點實驗室、國家海洋局海洋動力過程與衛星海洋學重點實驗室、國家海洋局海洋生態系統與生物地球化學重點實驗室、國家海洋局第二海洋研究所工程海洋學重點實驗室。
- 張振國（1966年1月 - 1983年8月）
- 余國輝（1983年8月 - 1994年9月）
- 蘇紀蘭（1994年9月 - 1999年1月）
- 王康墡（1999年1月 - 2001年11月）
- 張海生（2001年11月 - 2013年12月）
- 李家彪（2013年12月 - 至今）
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