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黑頭魚科（學名：Alepocephalidae）為輻鰭魚綱黑頭魚目的一科，主要生活於深海。
黑頭魚科其下分18個屬[1]，如下： }}
也稱作平頭魚屬。
- 大眼黑頭魚 Alepocephalus agassizii ：又稱大眼平頭魚
- 安氏黑頭魚 Alepocephalus andersoni ：又稱安氏平頭魚
- 反足黑頭魚 Alepocephalus antipodianus ：又稱反足平頭魚
- 糙體黑頭魚 Alepocephalus asperifrons ：又稱糙體平頭魚
- 澳洲黑頭魚 Alepocephalus australis ：又稱澳洲平頭魚
- 貝氏黑頭魚 Alepocephalus bairdii ：又稱貝氏平頭魚
- 雙色黑頭魚 Alepocephalus bicolor ：又稱雙色平頭魚
- 布氏黑頭魚 Alepocephalus blanfordii ：又稱布氏平頭魚
- 小齒黑頭魚 Alepocephalus dentifer ：又稱小齒平頭魚
- 底黑頭魚 Alepocephalus fundulus ：又稱底平頭魚
- 長鰭黑頭魚 Alepocephalus longiceps ：又稱長鰭平頭魚
- 長吻黑頭魚 Alepocephalus longirostris ：又稱長吻平頭魚
- 暗色黑頭魚 Alepocephalus melas ：又稱暗色平頭魚
- 歐氏黑頭魚 Alepocephalus owstoni ：又稱歐氏平頭魚
- 太平洋黑頭魚 Alepocephalus planifrons ：又稱太平洋平頭魚
- 阿根廷黑頭魚 Alepocephalus productus ：又稱阿根廷平頭魚
- 鈎鼻黑頭魚 Alepocephalus rostratus ：又稱鈎鼻平頭魚
- 特內黑頭魚 Alepocephalus tenebrosus ：又稱特內平頭魚
- 尖吻黑頭魚 Alepocephalus triangularis ：又稱尖吻平頭魚
- 暗首黑頭魚 Alepocephalus umbriceps ：又稱暗首平頭魚
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也稱作管口平頭魚屬。
- 阿拉伯海管口黑頭魚 Aulastomatomorpha phospherops ：又稱阿拉伯海管口平頭魚。
也稱作巴傑加州平頭魚屬。
- 赤道巴傑加州黑頭魚 Bajacalifornia aequatoris ：又稱赤道巴傑加州平頭魚。
- 網鱗巴傑加州黑頭魚 Bajacalifornia arcylepis ：又稱網鱗巴傑加州平頭魚。
- 伯氏巴傑加州黑頭魚 Bajacalifornia burragei ：又稱伯氏巴傑加州平頭魚。
- 亞丁灣巴傑加州黑頭魚 Bajacalifornia calcarata ：又稱亞丁灣巴傑加州平頭魚。
- 北海道巴傑加州黑頭魚 Bajacalifornia erimoensis ：又稱北海道巴傑加州平頭魚。
- 大眼巴傑加州黑頭魚 Bajacalifornia megalops ：又稱大眼巴傑加州平頭魚。
- 大口巴傑加州黑頭魚 Bajacalifornia microstoma ：又稱大口巴傑加州平頭魚。
也稱作深海鋸平頭魚屬。
- 深海鋸黑頭魚 Bathyprion danae ：又稱深海鋸平頭魚。
- 短頭淵眼魚 Bathytroctes breviceps
- 秀美淵眼魚 Bathytroctes elegans
- 中東太平洋淵眼魚 Bathytroctes inspector
- 大頷淵眼魚 Bathytroctes macrognathus
- 小唇淵眼魚 Bathytroctes macrolepis
- 葡萄牙淵眼魚 Bathytroctes michaelsarsi
- 小鱗淵眼魚 Bathytroctes microlepis
- 寡鱗淵眼魚 Bathytroctes oligolepis
- 帕氏淵眼魚 Bathytroctes pappenheimi
- 鱗頭淵眼魚 Bathytroctes squamosus
- 朱氏淵眼魚 Bathytroctes zugmayeri
也稱作依氏平頭魚屬。
也稱作細皮平頭魚屬。
也稱作異頷平頭魚屬。
- 諾氏異頷黑頭魚 Mirognathus normani ：又稱異頷平頭魚。
- 堅鰭柱光魚 Photostylus pycnopterus
- 墨西哥灣銼櫛平頭魚 Rinoctes nasutus
- 安的列斯塔氏魚 Talismania antillarum
- 智利塔氏魚 Talismania aphos
- 雙叉塔氏魚 Talismania bifurcata
- 短頭塔氏魚 Talismania brachycephala
- 布氏塔氏魚 Talismania bussingi
- 絲鰭塔氏魚 Talismania filamentosa
- 等鰭塔氏魚 Talismania homoptera
- 柯托塔氏魚 Talismania kotlyari
- 絲尾塔氏魚 Talismania longifilis
- 大西洋塔氏魚 Talismania mekistonema
- 沖繩塔氏魚 Talismania okinawensis
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