新潟新幹線車両センター

新幹線车辆中心（日语：長野新幹線車両センター），同月11日回送至東京新幹線车辆中心（日语：東京新幹線車両センター），同月15日开始試運轉。同年4月15至16日F5编组在上越新干线进行試運轉，并回送至新潟新幹線车辆中心（日语：新潟新幹線車両センター）與其它编组一起在新潟进行“淺間號”试车运用。

新潟新幹線車輛中心（日语：新潟新幹線車両センター），主要服務「Max朱鷺」和「Max谷川」號（「Maxたにがわ」）班次。而東北新幹線的高運量列車空缺則由8輛編組的E4系取代。 在2012年9月29日，JR東日本重編所管轄的新幹線運行時間表及採用列車，E1系也在同一時間退役。 在E1系前，新幹線

新幹線車両センター）、盛岡新幹線車輛中心（日语：盛岡新幹線車両センター） 上越新幹線 車輛基地：新潟新幹線車輛中心（日语：新潟新幹線車両センター） 北陸新幹線 JR東日本車輛基地：長野新幹線車輛中心（日语：長野新幹線車両センター） JR西日本綜合車輛基地：白山綜合車輛所（日语：白山総合車両所）

5月24日至30日车辆陆续搬入位于仙台的新干线综合车辆中心（日语：新幹線総合車両センター）。2009年6月15日开始在北上站-仙台站之间开始试运行。 2009年10月17日，在新潟新干线车辆中心（日语：新潟新幹線車両センター）开放日中，E5系公开展示。

保安裝置：ATC（DS-ATC） 車輛基地：新潟新幹線車輛中心（日语：新潟新幹線車両センター） 運轉指令所（日语：運転指令所）：JR東日本新幹線運行本部 綜合指令室 列車運行管理系統（日语：列車運行管理システム）：新幹線綜合系統（COSMOS）（日语：新幹線総合システム） 路線結構組合 路基 1%、橋樑 11%、高架橋