後土御門天皇暫停,連天皇也逃難到當時將軍足利義政的室町第,一住就是十年,一直等到土御門殿修好才得以回宮。 戰亂暫告平息後,天皇得到關白一條兼良等人的協助,希望恢復朝廷的儀式,雖然天皇對這此非常熱心,但是最後還是未能如願以償。1500年,後土御門天皇在失意中過世,身後還因為皇室經濟狀況十分困窘,遺體停放在宮中一個
京都御所裏(日语:里内裏)」(「里」指的是平安京的町)。 之後在元弘元年(1331年),北朝首代天皇光嚴天皇即位,以里內裏之一的土御門東洞院殿(日语:土御門東洞院殿)做為居所,這便是京都御所的雛型。當時占地僅有1町四方,經過足利義滿擴大用地、以及織田信長與豐臣秀吉的整建,遂有現今所見之規模。明德三年(南朝元
瑞鳳殿達忠宗遵從政宗的遺言,在翌年(即寬永14年,1637年)十月為政宗建立御靈屋(おたまや,即靈廟),並命名為「瑞鳳殿」。瑞鳳殿由本殿、拜殿、唐門、御供所、涅槃門等部份組成,顯現了桃山文化的華麗建築特色。昭和6年(1931年),瑞鳳殿被指定為日本国寶。 然而,太平洋戰爭末期的昭和20年(1945年)7月
大炊御門信子御門信宗的猶子,宮中上「伊与」之号。嘉吉二年(1441年)生儲君成仁親王(後土御門天皇),作为准后居住正親町東洞院殿,称为「東洞院殿」。後土御門天皇即位後,因为生父地位低,没有获得女院之号。文明十三年(1481年)七月廿六日授嘉乐门院称号。長享二年四月廿八日(1488年6月8日),大炊御門信子以七十八岁之寿,去世。
源在子土御門天皇让位给皇太弟守成親王。建历元年(1211年)12月,源在子出家。承久3年(1221年)承久之乱,後鳥羽、土御門两位上皇流配。土御門上皇在承久之乱前一年和源通親孫女源通子生下邦仁王(後後嵯峨天皇),在子於土御門殿養育邦仁王。承久之乱,在子家庭没落,生活艰苦。