後水尾天皇（日語：後水尾天皇／ごみずのおてんのう Go-mizuno'o Tennō；1596年6月29日—1680年9月11日），日本第108代天皇（1611年5月9日—1629年12月22日在位）。諱政仁（日語：政仁／ことひと Kotohito）。
後水尾天皇是後陽成天皇第三皇子，母親為女御近衛前子。他於1611年接受後陽成天皇的讓位。原本後陽成天皇有意將帝位禪讓給他自己的弟弟八條宮智仁親王，因此後水尾天皇與其父之間關係並不和睦。
後陽成天皇的讓位是出於德川家康的意思，由於幕府初建，需要朝廷的權威做為後盾，而朝廷則需要幕府的金錢援助，只好屈從幕府威勢下。1619年，後水尾天皇因為寵愛的女官已生下一子一女的事被傳到當時將軍德川秀忠那裏，引起秀忠強烈不滿。1620年，由於朝廷迫於對德川家金援的需要，天皇不得不迎秀忠之女德川和子入宮。
寬永四年（1627年），發生紫衣事件，朝廷為了財政，事先未同幕府商量，允許禪門大德寺和妙心寺僧侶數十人穿紫衣袈裟。但是幕府制定僧侶之諸出世法度、京都大德寺及妙心寺之紫衣敕許無效，讓朝廷很沒面子。寬永六年（1629年），將軍德川家光竟派他的乳母春日局前往面見天皇，由於春日局無官無位卻前往面見天皇（春日局的義兄是朝廷公卿、武家傳奏三條西實條，而且春日局的父親是明智光秀的部下齋藤利三，前任丈夫是大名稻葉正成），被天皇認為是奇恥大辱，覺得幕府無把他的權威放在眼裏。同年，憤怒的天皇無預警讓位給才只有七歲不到的皇女興子內親王，是為明正天皇。此舉是為了昭顯德川幕府想效仿從前藤原一族以天皇外祖父的身分干預朝政的野心，由於德川和子只有四名女兒活至成年，此舉同時也斷絕了再次產生流有德川血統的天皇的可能性，因為皇室自元正天皇以後形成了不成文慣例：未婚皇女一旦即位便終身不嫁。
後水尾天皇退位後，以太上法皇身份行院政。往後幾位天皇的母親，與德川家沒有血緣關係，因此在過世以後才追贈女院身分，而幾位女院的父親的授官儀式也是在極秘之間進行，可見幕府對朝廷有所壓力。後水尾天皇致力於和歌，曾命令臣下編撰《類題和歌集》。1653年，指示興建修學院離宮，是目前日本皇室佔地最大的離宮。作有《伊勢物語御抄》。此外他篤信佛教，曾拜中國福建渡來人隱元禪師為師父。後水尾天皇於延寶八年八月十九日（1680年9月11日）過世，享年八十四歲，安葬於月輪陵。
後水尾此一諡號，是後水尾天皇生前親自指定的諡號，來自平安時代的清和天皇。清和天皇別號水尾帝，清和天皇的後任是其子陽成天皇，陽成天皇因行事荒唐而被廢。後水尾天皇與父親後陽成天皇不和，他稱父親為「後陽成」，而自稱「後水尾」，隱然有父子關係逆轉之意。此外，當時幕府德川氏自稱是清和天皇的後裔（清和源氏），故「後水尾天皇」這個名號也隱然有壓倒德川氏的含意。天皇於生前指定諡號，在以往鎌倉時代的後嵯峨天皇，室町時代的後小松天皇也有先例。
家族
系譜
| (107) 後陽成天皇 | (108) 後水尾天皇 | (109) 明正天皇 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 近衛信尋 | (110) 後光明天皇 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| （高松宮*）好仁親王 | (111)（花町宮*） 後西天皇 | （有栖川宮*）幸仁親王 | 正仁親王 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 一條昭良 | (112) 靈元天皇 | (113) 東山天皇 | (114) 中御門天皇 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 職仁親王〔有栖川宮家〕 | （閑院宮）直仁親王 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 吉子內親王 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
在位期間年號
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