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衛周胤之弟。崇禎九年（1636年）丙子科山西鄉試舉人第一名（解元）。崇禎十年（1637年）考中丁丑科進士，戶部觀政，本年六月授永平府推官，十四年考選戶部江西司主事，累官戶部郎中。[1]
崇禎十七年（1644年），甲申之變，北京城破，周祚降李自成。清軍入關後，又歸附，任吏部考功司郎中。再遷刑部侍郎。官至保和殿大學士，戶部尚書，康熙十四年（1675年）卒，諡文清。
康熙十一年（1672年），衛周祚奏請纂修《大清一統志》，稱「各省《通志》尚多闕略，宜飭儒臣修纂。舉天下地理、形勢、戶口、田賦、風俗、人才燦然具列匯為《一統志》，以備御覽」。清聖祖令禮部議奏，最終頒令修志。
曾祖衛斝，貢士；祖衛根陽，貢士；父衛嘉遇。兄衛周胤。
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