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次單元疫苗（英語：Subunit vaccine），又稱亞單位疫苗、次單位疫苗，為疫苗的一種，次單元疫苗只含有病原體中具有抗原性的部分，也就是可以誘發免疫反應的抗原。[1][2]
不像減毒疫苗或不活化疫苗含有完整的病原體，次單元疫苗只含具有抗原性的部分，例如蛋白質、多醣或胜肽，因此不會有導致疾病的風險，而較含有完整病原體的疫苗安全且可靠。[3][4] 其它的優點還有次單元疫苗是受到廣泛認可的技術；缺點則是製造過程較某些疫苗（例如RNA疫苗）複雜，而且可能需要佐劑和追加注射，也需要時間去試驗哪種抗原能誘發最好的免疫效果。
「蛋白質亞單位」是單一蛋白質分子，其與其他蛋白質分子共組形成蛋白質複合體。
生產蛋白質成分的亞單位疫苗有兩個方法，其一是直接從病毒中分離出特定的蛋白質，且將之單獨給藥，稱作裂解蛋白亞基疫苗（全稱裂解提純製程的蛋白亞基疫苗）；這種技術的缺點是：被分離的蛋白質可能會變性，且提取出的蛋白純度無法達到100%，會留有可能導致過敏的雜質，但相對較為節約研發成本（但仍較未提純的裂解滅活疫苗工序多）。其二是將來自目標病毒或細菌抗原的基因，插入另一種病毒或酵母基因中，（前者稱為病毒載體；後者稱為酵母載體，如乙肝疫苗）甚或插入減毒細菌基因（細菌載體）中，藉由它們來製作「重組蛋白疫苗」（全稱基因重組製程的蛋白亞基疫苗）[註 2]的重要組分。基因重組蛋白亞單位疫苗不含基因（核酸），核酸只在製作過程中出現，在成品中最多存有痕量。
經基因組修飾後的「重組載體」可以表達抗原，此抗原為一個或多個蛋白質亞單位，接着從載體中提取抗原。重組載體產生的抗原對接種者幾乎沒有風險，因此重組蛋白疫苗如同其他亞單位疫苗一樣成功。目前此法用來試着開發新疫苗，來針對難以接種預防的病毒，如針對伊波拉和愛滋病毒的疫苗開發。
蛋白亞基疫苗有時會演進為病毒樣顆粒疫苗。病毒樣顆粒（VLPs）是模仿真實病毒顆粒的蛋白質，並不含病毒基因組，所以無感染性但仍具免疫原性。「病毒樣顆粒疫苗」一般就是組裝成病毒衣殼天然形狀的蛋白質。
HPV疫苗是典型的病毒樣顆粒疫苗，由72個L1蛋白五聚體（故共有360個L1）組成足球後射入人體。值得注意的是，該L1蛋白的組裝是自發的，不需要人工過多參與。
以(胜)肽為成分的亞單位疫苗，是採用肽而不是全蛋白質。
此類疫苗的例子是：Vi莢膜多糖疫苗（ViCPS），用來預防傷寒；而「Vi抗原」是一種腸道沙門氏菌的莢膜多糖，其由一條長糖鏈和一個脂質相連組成。
這種「莢膜疫苗」對於引發兒童免疫反應往往較弱，最好將多糖與類毒素連接來製備「結合型疫苗」藉以提高效力。
由於多糖的免疫原性與蛋白毒素比相對較低，常常將多糖抗原與類毒素結合以增加其免疫原性。一般地，結合(型)疫苗是一種將弱抗原與作為攜帶體的強抗原相結合之疫苗，以利免疫系統對弱抗原產生更強的反應。
例如，7、13、15、20及尚未臨床的24價肺炎鏈球菌疫苗均是細菌表面多糖與模擬白喉（或破傷風）蛋白毒素的類毒素結合而成的疫苗，而23價肺炎鏈球菌疫苗則屬於普通多糖疫苗。一般認為不足一齡的嬰兒不具備完整的對單獨的多糖抗原產生有效免疫的能力，因此美國將任何應用於嬰兒的PPSV23疫苗視作無效。
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