自然保護區指相關法律建立的以保護生物多樣性的環境、地質構造及水資源等自然綜合體的核心區域。
圖為愛沙尼亞珀爾瓦縣最大的自然保護區——穆斯托亞自然公園。
在自然保護區內,人類的各種活動受到不同程度的限制,以確保一區域內的保護對象保持無人為干預的自然發展狀況。自然保護區的設立必須以保護包含某個核心對象為目標,地域為陸地、水體,對象為具有代表性的生態系統、珍稀瀕危動物的天然集中分佈區、水源涵養區、具有典型代表性地質構造、地質剖面和化石資源等。
世界上最早建立的自然保護區為美國加利福尼亞州西邁山谷的紅杉樹保護區,在1864年建立。