德國翼龍的顱骨中線有條低矮稜脊,由軟組織覆蓋。脊飾德國翼龍的頭後方有突出的頭冠,但是桿狀德國翼龍沒有。早年並沒有發現德國翼龍的軟組織,直到克里斯多佛·班尼特(S. Christopher Bennett)在2002年發現。覆蓋頭冠的軟組織,可能是角質的表皮所構成。德國翼龍是首次發現頭冠有軟組織覆蓋的翼龍類,科學家認為翼龍類普遍擁有相似的結構[3]。
與白堊紀的其他翼龍類相比,德國翼龍沒有突出的特徵,因此牠們的分類關係經常變動。德國翼龍的命名者楊鍾健,將德國翼龍歸類於德國翼龍科[4]。克里斯多佛·班尼特則將德國翼龍歸類於翼手龍科[5]在亞歷山大·克爾納(Alexander Kellner)的2003年的系統發生學研究中,德國翼龍則是翼手龍屬的近親[6]。同年,大衛·安文(David M. Unwin)則認為德國翼龍是種原始的準噶爾翼龍超科[7][8],準噶爾翼龍超科是群以貝類為食的翼龍類[9]。
(英文)Bennett, S. Christopher. Soft tissue preservation of the cranial crest of the pterosaur Germanodactylus from Solnhofen. Journal of Vertebrate Paleontology. 2002, 22 (1): 43–48. doi:10.1671/0272-4634(2002)022[0043:STPOTC]2.0.CO;2.
(英文)Bennett, S. Christopher. Juvenile specimens of the pterosaur Germanodactylus cristatus, with a revision of the genus. Journal of Vertebrate Paleontology. 2006, 26 (4): 872–878. doi:10.1671/0272-4634(2006)26[872:JSOTPG]2.0.CO;2.
(英文)Kellner, Alexander W.A. Pterosaur phylogeny and comments on the evolutionary history of the group. Buffetaut, Eric; and Mazin, Jean-Michel (編). Evolution and Palaeobiology of Pterosaurs. Geological Society Special Publication 217. London: The Geological Society. 2003: 105-137. ISBN 1-86239-143-2.
(英文)Wiman, Carl. Über Pterodactylus Westmanni und andere Flugsaurier. Bulletin of the Geological Institution of the University of Uppsala. 1925, 20: 1–38.
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(德文)Wellnhofer, Peter. Die Pterodactyloidea (Pterosauria) der Oberjura-Plattenkalke Süddeutschlands. Abhandlung der Bayerischen Akademie der Wissenschaften. 1970, 141: 1–133.
(英文)Maisch, M.W.; Matzke, A.T.; and Ge Sun. A new dsungaripteroid pterosaur from the Lower Cretaceous of the southern Junggar Basin, north-west China. Cretaceous Research. 2004, 25: 625–634. doi:10.1016/j.cretres.2004.06.002. 引文使用過時參數coauthors (幫助)
(英文)Unwin, David M. A new pterosaur from the Kimmeridge Clay of Kimmeridge, Dorset. Proceedings of the Dorset Natural History Museum and Archaeological Society. 1988, 109: 150–153.
(英文)Bennett, S. Christopher. Year-classes of pterosaurs from the Solnhofen Limestone of Germany: taxonomic and systematic implications. Journal of Vertebrate Paleontology. 1996, 16 (2): 432–444.
(英文)Jouve, Stephane. Description of the skull of a Ctenochasma (Pterosauria) from the Late Jurassic of eastern France, with a taxonomic revision of European Tithonian Pterodactyloidea. Journal of Vertebrate Paleontology. 2004, 24 (3): 542–554. doi:10.1671/0272-4634(2004)024[0542:DOTSOA]2.0.CO;2.