遊說議員支持撥款聘公關顧問
2009年底政府額外撥款推動地區活動，屯門區有七百多萬元，除了籌辦屯門區節，亦有意外聘公關顧問公司進行「屯門定位形象推廣研究」。屯門民政事務專員張國財當日在會上鼓其如簧之舌，游說區議員支持撥款，更透露已接觸個別跨國顧問公司的意向，但這類價值僅一百五十萬元的項目，較難吸引有關顧問公司承投合約，必要時可能要轉聘本地公關顧問公司提交計劃。張國財聲言，希望日後落實形象大計之後，能夠提升地區人士參與區內事務的興趣。地區人士擔心這場公關騷爛尾收場，成為民政專員任內好大喜功的典型「政績」；就算公關顧問公司制訂了大計，又要再動用多少額外資源執行，區議會的財力，隨時虛耗到這個不着邊際、效益成疑的「假大空」[7]。
屯門民政處拒討論青山灣中心
2020年10月5日屯門區議會會議期間，有議員提出關注青山灣入境事務中心被羈留人士絕食事件，有被羈留人士不滿遭不人道對待，遂發起絕食行動並已達一百日。屯門民政事務專員馮雅慧以議程不符《區議會條例》，拉隊離場。有議員斥民政處做法可恥，並堵塞區議會會議室門口，阻止官員離場，最後有官員被迫滯留。在會議前，民政處已拒絕將該份文件上載至區議會網站。馮雅慧表示，因應時任屯門區議會主席陳樹英將文件納入議程，政府官員會即時離席，和民政處不會提供秘書服務。在馮雅慧發言期間，陳樹英一直搖頭表示不同意，亦有議員反問青山灣是否屬屯門區內。
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區議會修《會議常規》以視像開會 民政處表明有保留
2021年2月5日屯門區議會通過修改《會議常規》，賦權予主席及工作小組召集人在無法召開實體會議時，可決定以視像方式進行會議，並決定視像會議的使用程式及會議連結。第四波疫情下區議會復會後，屯門區議會時任主席陳樹英提出討論以視像會議進行會議，民政處表明對視像會議有保留。屯門民政事務專員馮雅慧辯稱，總署須考慮視像會議會否影響會議的合法性，指《區議會條例》第70條定明會議法定人數，須考慮如何計算參與會議的人數、如何記錄議員在各項議程的參與，和主席須決定會議的地點和表決方式等。馮雅慧認為，目前未有方法處理上述疑慮，所以未能支持網上會議。區議員不認同民政處的說法，立法會進行視像會議十分順利，議員質疑立法會可以用視像，而區議會則要研究，是拖延區議會召開會議的藉口。
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議員批民政處亂封區及拒溝通
2021年2月3日屯門民政事務處突襲圍封屯門豐景園第一座，居民必須禁足及作強制檢測，但最後僅發現一名初步確診患者。事後屯門區議會會議上，時任當區區議員林明恩斥當局胡亂封區和拒絕溝通，民政處職員在事前和事後均從未聯絡，在會上反問「我可唔可以要DO（民政事務專員）同ADO（助理民政事務專員）手提電話？」。對於要求加強溝通，屯門民政事務專員馮雅慧表示，在公佈強制檢測大廈的名單後，私人屋苑會由民政處作聯絡，公屋則由房屋署牽頭設立臨時檢測站。[10]
不處理屯門區議會撥款通過項目
過往屯門區議會負責審批及通過撥款，屯門民政事務處負責執行細節。自香港第六屆區議會上任起，屯門民政事務專員及民政處多次借「把關角色」不處理區議會通過項目，如稱市面有大量口罩購買為由，不處理用區議會撥款外購口罩，甚至自行去除區議會贊助名義繼續舉辦，如分區委員會活動、回歸嘉年華、國慶慶典、新春酒會和製作宣傳品等。
將屯門區議會撥款改由民政處批款
政府於2021年10月25日起，「暫停」區議會在推行「社區參與計劃」及「地區小型工程計劃項目」方面所擔當的角色。原由屯門區議會撥款的資金，改由屯門民政事務處審批。使屯門區議會處於「零撥款」狀態，沒有資源和話語權，削減區議會的功能。[6]
屯門封區只准港台進入禁區內專訪民政專員
2022年2月6日屯門良景邨良傑樓及良偉樓圍封後，未有任何公開消息。香港電台疑獲「優待」，准許在圍封範圍內獨家訪問屯門民政事務專員馮雅慧近6分鐘，期間有多名身穿保護衣人員在背後經過，《獨媒》記者只能在遠處拍攝。馮雅慧完成訪問後即返回圍封範圍內的帳篷，《獨媒》曾向傳媒聯絡要求訪問馮雅慧，但職員以馮雅慧事忙為由拒絕，又指馮之後亦不會接受訪問。被問及為何只有港台可以在圍封範圍內訪問，該職員則稱自己剛才不在場，又稱是港台自行見到馮雅慧後直接要求訪問。[11]
中央援港防疫物資被屯門民政處重覆轉交建制團體
2022年第五波新冠疫情爆發，在國家中央政府全力支援下，特區政府採購了大量醫療物資（包括快速抗原測試包、中成藥、個人保護裝備等）分批運抵，配合不同的防疫抗疫工作。屯門民政事務處將醫療物資重覆轉贈予建制團體「全港社區抗疫連線」，由於政府「醫療物資保障工作小組」已多次將物資直接送給「全港社區抗疫連線」，屯門民政處再次轉贈而不公開派發和轉交區內其他社福團體，令區內居民一直未能索取中央援港物資，也不滿物資去向不透明，浪費公帑採購及中央政府心意。
