欧洲神翼龙属齿的演化支但均不含颌骨本身。以下分支图遵循欧洲神翼龙描述者之一克尔纳及其同事2019年的系统发育分析。其中将欧洲神翼龙归入古魔翼龙族(英语:Tapejarini)作为其它三个属:凯瓦神翼龙、古神翼龙及雷神翼龙的姐妹群。 描述者遵循对古神翼龙科食性的早期观点,猜测欧洲恐龙具有食果动物(英语:Frugi
翼龍目美神翼龍屬(英语:Caupedactylus) 始无齿翼龙属? 华夏翼龙属? 中國翼龍屬? 懷特龍翼龍屬(英语:Vectidraco) 古神翼龍族(英语:Tapejarini) 包科尼翼龍屬? 凱瓦翼龍屬(英语:Caiuajara) 歐洲神翼龍屬(英语:Europejara) 古神翼龍屬 雷神翼龍屬
單窗孔類美神翼龍屬(英语:Caupedactylus) 始无齿翼龙属? 华夏翼龙属? 中國翼龍屬? 懷特龍翼龍屬(英语:Vectidraco) 古神翼龍族(英语:Tapejarini) 包科尼翼龍屬? 凱瓦翼龍屬(英语:Caiuajara) 歐洲神翼龍屬(英语:Europejara) 古神翼龍屬 雷神翼龍屬
翼手龍亞目美神翼龍屬(英语:Caupedactylus) 始无齿翼龙属? 华夏翼龙属? 中國翼龍屬? 懷特龍翼龍屬(英语:Vectidraco) 古神翼龍族(英语:Tapejarini) 包科尼翼龍屬? 凱瓦翼龍屬(英语:Caiuajara) 歐洲神翼龍屬(英语:Europejara) 古神翼龍屬 雷神翼龍屬
兔蜥科美神翼龍屬(英语:Caupedactylus) 始无齿翼龙属? 华夏翼龙属? 中國翼龍屬? 懷特龍翼龍屬(英语:Vectidraco) 古神翼龍族(英语:Tapejarini) 包科尼翼龍屬? 凱瓦翼龍屬(英语:Caiuajara) 歐洲神翼龍屬(英语:Europejara) 古神翼龍屬 雷神翼龍屬