不等鞭毛總門（學名：Heterokonta）舊為不等鞭毛門，是真核生物的主要演化支之一，已知的下轄物種超過10萬個物種[8]，當中大多數屬於藻類[9]，從多細胞的大型藻類海帶，到單細胞的各種浮游矽藻，這些藻類擁有多重內共生形成的多層膜葉綠體。其他值得注意的成員還有寄生性的卵菌綱，是不少植物性瘟疫的元兇，如愛爾蘭馬鈴薯飢荒及近日的櫟樹猝死病，都是由卵菌綱生物引起的。
Quick Facts 不等鞭毛下界, 科學分類 ...
不等鞭毛下界
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| 位於奧林匹克國家公園的Fucus distichus
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科學分類 
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| 界：
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色藻界 Chromista
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| 亞界：
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HAR 生物亞界 Harosa
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| 下界：
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不等鞭毛下界 Heterokonta
Cavalier-Smith, 1986
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| 傳統分類
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- 有色類（淡色藻門 Ochrophyta）（光合生物）
- Phaeista
- Hypogyristea
- Actihrysophyceae (axodines)
- Pelagophyceae
- Chrysista
- 金藻綱（Chrysophyceae）
- 大眼藻綱(Eustigmatophyceae)
- 褐藻綱（Phaeophyceae）
- Phaeothamniophyceae
- 綠胞藻綱(Raphidophyte或Chloromonadophyceae)
- Synurophyceae
- 黃藻綱（Xanthophyceae）
- Khakista
- 矽藻綱（Bacillariophyceae）
- Bolidophyceae
- 無色類（類真菌生物）
- 偽真菌總門(pseudofungi)
- 卵菌綱(Oomycetes)
- 絲壺菌綱(Hyphochytridiomycetes)
- 雙環總門(Bigyra)
- Bicosoecea
- Labyrinthulomycetes (slime nets)
- Opalinea
- Proteromonadea
- 芽囊原蟲綱（Blastocystis）
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| 異名
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- Stramenopiles Patterson, 1989[1]
- Straminopiles Vørs, 1993[2][3]
- Heterokontophyta van den Hoek et al., 1995[4]
- Stramenopila Alexopoulos et al., 1996[5]
- Straminipila Dick, 2001[6]
- Stramenipila Dick, 2001, orth. var.[7]
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不等鞭毛這一名稱指的是在其生命周期的能動階段，鞭毛蟲細胞具有兩種不同形狀的鞭毛。
不等鞭毛類的色素體有四層膜結構。通常認為牠們來自與紅藻的次級內共生。
傳統分類會把雙環總門及偽真菌總門（卵菌門）再組合成為「無色類」，與「有色類」的淡色藻門相對；但截至2020 年4月17日 (2020 -04-17)[update]WoRMS引用AlgaeBase的分類，現時傾向把淡色藻門與雙環總門及偽真菌總門並列。詳細分類如下[10]：
Vørs, N. Marine heterotrophic amoebae, flagellates and heliozoa from Belize (Central America) and Tenerife. Journal of Eukaryotic Microbiology. 1993, 40: 272–287. doi:10.1111/j.1550-7408.1993.tb04917.x. David, J. C. (2002). A preliminary catalogue of the names of fungi above the rank of order. Constancea 83: 1–30, [1] （頁面存檔備份，存於互聯網檔案館）. van den Hoek, C., Mann, D.G. and Jahns, H.M. (1995). Algae An Introduction to Phycology. Cambridge University Press, Cambridge. ISBN 0-521-30419-9. Alexopoulos, C. J., Mims, C. W. and Blackwell, M. (1996). Introductory Mycology, 4th ed. New York: J. Wiley.
Dick, M. W. (2001). Straminipilous fungi. Dordrecht, the Netherlands: Kluwer Academic Publishers. 670 p., [2] （頁面存檔備份，存於互聯網檔案館）.
- Fletcher, R.L.1987. Seaweeds of the British Isles. Volume 3 Fucophyceae (Phaeophyceae) Part 1. British Museum (Natural History, London. ISBN 0-565-00992-3
