夏尔·德·洛林他成為吉斯家族的最高領袖,持續對抗新教徒及王太后凱薩琳的陰謀手段,並撫養幾個年幼的侄兒,如第三代吉斯公爵、路易二世(英语:Louis II, Cardinal of Guise)、馬耶納公爵。1560年代天主教改革的特倫托會議期間,夏爾扮演了重要角色,有助於教會的革新運動。1569年在他的撮合下,
亨利一世·德·吉斯在布卢瓦进行谈判,雖然其弟吉斯樞機主教(英语:Louis II, Cardinal of Guise)不斷警告他國王可能有陰謀,但他還是落入亨利三世精心設計的陷阱,國王卫士當場將他與吉斯樞機(英语:Louis II, Cardinal of Guise)斬殺。因為公眾偶像的亨利一世被卑劣手段無辜殺
查理·德·波旁是吉斯的亨利與天主教聯盟就擁立查理,使其還俗為君,不承認信奉新教的亨利四世。 當吉斯的亨利與其弟─吉斯樞機路易二世(英语:Louis II, Cardinal of Guise)在布盧瓦三級會議期間被法王亨利三世刺殺後(1588年12月23日),查理樞機被亨利四世逮捕,關押在豐特奈勒孔特城堡。
夏尔·德·吉斯1585年憑藉功勳當上勃艮地總督之後,在神聖聯盟的重要性與日俱增。 1588年當其大哥「刀疤的吉斯」與三弟吉斯主教(英语:Louis II, Cardinal of Guise),鴻門宴般地被法王亨利三世給刺殺後,馬耶納成為吉斯家族的族長,也被推舉為神聖聯盟的領袖,從勃艮地起兵前往巴黎,接管了這個
亨利三世 (法兰西)of the Barricades)。亨利三世被迫逃往沙特尔,在其母的建議與調停下,亨利三世發布詔書接受了神聖聯盟的大部分要求──讓波旁家族中信仰天主教的查理樞機为王位繼承人、赦免吉斯的亨利並任命其為大元帥。 同年12月23日,吉斯的亨利与其弟吉斯樞機(英语:Louis II, Cardinal of