藤壶目本目包括五個總科、12個科,分別如下: Austrobalanidae Newman & Ross, 1976 藤壶科 Balanidae Leach, 1817 Bathylasmatidae Newman & Ross, 1971 Catophragmidae Utinomi, 1968 龟藤壶科
擬步總科Mycetophagidae Leach, 1815 細樹皮蟲科 Mycteridae Blanchard, 1845 擬天牛科 Oedemeridae Latreille, 1810 南美偽金花蟲科(英语:Perimylopidae) Perimylopidae St. George, 1939 尖顎扁蟲科
玉蟹科1896 Hiplyra Galil, 2009 Ihleus Ovaere, 1989 Ilia Leach, 1817 Iliacantha Stimpson, 1871 飛輪蟹屬 Ixa Leach, 1817 Kabutos Komatsu & Ng, 2011 Leucosilia Bell
花尾科。此科的模式属为花尾属(Anthura)。 本科包括以下属: Amakusanthura Nunomura, 1977 花尾属 Anthura Leach, 1814 Apanthura Stebbing, 1900 Apanthuroides Menzies & Glynn, 1968 Apanthuropsis
蜈蚣目本目包括以下科: Cryptopidae Cryptops Chagas-Jr & Bichuette, 2018 Cryptops Leach, 1814 Eremops Bollman, 1893 Mimops Kraepelin, 1903 Paracryptops Pocock,