傑佛遜和伯爾同獲73張選舉人票，按照憲法將由眾議院從二人中選擇一人成為總統。
約翰·亞當斯也成為首位連任失敗的美國總統。
雖然眾人皆知傑佛遜是總統候選人，伯爾是副總統候選人，但是眾議院由聯邦黨控制。傑佛遜從1789年開始就強烈反對聯邦黨，聯邦黨人想藉此機會報復，因此多數聯邦黨眾議員投票給伯爾。結果聯邦黨控制的八個州有六個投票給了伯爾。（眾議員投票選舉總統時，每州只能投一票。）民主共和黨人控制的七個州都投票給了傑佛遜。剩下的兩個州是佛蒙特和馬利蘭州：前者支持二人的議員數相同，因此投下棄權票；後者有5名聯邦黨議員和3名民主共和黨議員，但其中有一名聯邦黨投票給傑佛遜，因此該州也棄權。
從2月11日到17日，眾議院進行了35輪投票，結果都是傑佛遜8票，伯爾6票。雖然傑佛遜獲得相對多數，但是憲法規定要獲得二分之一之絕對多數（至少9票）才能當選，構成僵局。
前任財長亞歷山大·漢密爾頓也是聯邦黨人，他這時起了關鍵作用，積極遊說聯邦黨籍眾議員將票改投傑佛遜，因為選出「一個有着錯誤原則的人」（指傑佛遜）總比選出「一個沒有原則的人」（指伯爾）要好[3]。最後，在2月17日舉行的第36輪投票中，傑佛遜當選。
在漢密爾頓的遊說下，在第36輪投票中，特拉華州、馬利蘭州和佛蒙特州三州的聯邦黨眾議員改投棄權票。這使得特州從支持伯爾改為棄權，馬州和佛州從棄權改為支持傑佛遜。同時，南卡羅萊納州四名議員均改投棄權。結果傑佛遜獲得10州支持，伯爾僅4個州，另有2州棄權。傑佛遜獲得了絕對多數。
更多資訊 傑佛遜, 伯爾 ...
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傑佛遜
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伯爾
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棄權
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| 第1-35輪投票
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8
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6
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2
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| 第36輪投票
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10
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4
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2
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關閉
下表列出詳細結果，三個數字的順序為傑佛遜-伯爾-棄權。
更多資訊 第1輪投票, 第2-35輪投票[a] ...
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第1輪投票
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第2-35輪投票[a]
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第36輪投票
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| 佐治亞州[b]
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傑佛遜
(1-0-0)
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傑佛遜
(1-0-0)
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傑佛遜
(1-0-0)
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| 肯塔基州
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傑佛遜
(2-0-0)
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傑佛遜
(2-0-0)
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傑佛遜
(2-0-0)
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| 新澤西州
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傑佛遜
(3-2-0)
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傑佛遜
(3-2-0)
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傑佛遜
(3-2-0)
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| 紐約州
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傑佛遜
(6-4-0)
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傑佛遜
(6-4-0)
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傑佛遜
(6-4-0)
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| 北卡羅萊納州
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傑佛遜
(9-1-0)
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傑佛遜
(6-4-0)
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傑佛遜
(6-4-0)
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| 賓夕凡尼亞州
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傑佛遜
(9-4-0)
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傑佛遜
(9-4-0)
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傑佛遜
(9-4-0)
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| 田納西州
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傑佛遜
(1-0-0)
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傑佛遜
(1-0-0)
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傑佛遜
(1-0-0)
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| 維珍尼亞州
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傑佛遜
(16-3-0)
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傑佛遜
(14-5-0)
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傑佛遜
(14-5-0)
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| 馬利蘭州
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棄權
(4-4-0)
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棄權
(4-4-0)
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傑佛遜
(4-0-4)
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| 佛蒙特州
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棄權
(1-1-0)
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棄權
(1-1-0)
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傑佛遜
(1-0-1)
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| 特拉華州
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伯爾
(0-1-0)
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伯爾
(0-1-0)
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棄權
(0-0-1)
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| 南卡羅萊納州[c]
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伯爾
(0-5-0)
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伯爾
(1-3-0)
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棄權
(0-0-4)
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| 康涅狄格州
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伯爾
(0-7-0)
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伯爾
(0-7-0)
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伯爾
(0-7-0)
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| 麻省
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伯爾
(3-11-0)
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伯爾
(3-11-0)
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伯爾
(3-11-0)
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| 新罕布什爾
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伯爾
(0-4-0)
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伯爾
(0-4-0)
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伯爾
(0-4-0)
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| 羅德島州
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伯爾
(0-2-0)
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伯爾
(0-2-0)
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伯爾
(0-2-0)
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關閉
第2-35輪投票的結果並非完全一致，此處選取的是其中較有代表性的結果，但各州支持的候選人在第2-35輪投票中保持不變。
佐治亞州原本應有2名議員，但因詹姆斯·瓊斯的去世導致投票時第二個議員席位空缺，故只有1名議員參與投票。
南卡羅萊納州原本應有6名議員，但因湯瑪斯·薩姆特因病暫時缺席以及亞伯拉罕·諾特中途離職，故只有4-5名議員參與投票。
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