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計算生物學（Computational Biology）是生物學的一個分支。根據美國國家衛生研究所（NIH）的定義，它是指開發和應用數據分析及理論的方法、數學建模和計算機仿真技術，用於生物學、行為學和社會群體系統的研究的一門學科。該領域被廣泛定義，包括計算機科學，應用數學，動畫，統計學，生物化學，化學，生物物理學，分子生物學，遺傳學，基因組學，生態學，進化，解剖學，神經科學和科學可視化的基礎。
計算生物學與生物計算學不同，生物計算是計算機科學和計算機工程的子領域，使用生物工程和生物學建造計算機，但是類似於生物信息學，這是一個跨學科的科學，使用計算機存儲和處理生物數據。
序列比對所研究的基本問題是兩個或多個序列間的相似性。序列比對是計算生物學的基本問題之一。對序列的兩兩比對，已經有了基於動態規劃的較成熟的算法以及建立在此基礎上的軟件包BLAST。對於兩個序列的局部比對問題，可以用史密斯-沃特曼算法來解決。多重序列的比對目前還缺乏快速並且十分有效的算法。
某些人將計算生物學作為生物信息學的同義詞處理；但是另外一些人認為計算生物學和生物信息學應當被作為不同的條目處理，因為生物信息學主要側重於對生物學中所得信息的採集、存貯、分析處理與可視化方面，而計算生物學主要側重於使用計算技術對生物學問題進行研究方面。
- 國際計算生物學會（頁面存檔備份，存於互聯網檔案館）
- 美國國家生物技術信息中心（頁面存檔備份，存於互聯網檔案館）
- NIH BISTI（頁面存檔備份，存於互聯網檔案館）
- 北京大學理論生物學中心
- 台灣計算生物學會（頁面存檔備份，存於互聯網檔案館）
- 中國科學院-馬普學會計算生物學夥伴研究所（頁面存檔備份，存於互聯網檔案館）
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