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蛋白胺基酸(proteinogenic amino acids)是指在翻譯期間被生物合成併入蛋白質的α-氨基酸, 除了屬於仲胺(環狀氨基酸,舊稱為亞胺酸)的脯胺酸以外都是伯胺。「蛋白」一詞是指「蛋白質形成」。在已知的生命中,有22種遺傳編碼(蛋白質)胺基酸,20種在標準遺傳密碼中,另外2種可以通過特殊的翻譯機制來引入[1]。
相反的,非蛋白胺基酸則是指在蛋白質內找不到(如肉鹼、GABA和L-DOPA),或沒有被標準遺傳密碼編碼(如羥脯胺酸和硒甲硫氨酸)的其他胺基酸。後者通常源自於蛋白質的轉譯後修飾作用。
對於生物缺少將某些非蛋白胺基酸(如鳥氨酸和高絲氨酸)組進蛋白質內的功能,是有着很清楚的根本因素;如前面所舉的兩個胺基酸就會環化肽主鏈,並以相對較短的半衰期將蛋白質片段化。
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