耶穌所愛的門徒（希臘語：ο μαθητης ον ηγαπα ο Ιησους, o mathētēs on ēgapa o Iēsous，英語：disciple whom Jesus loved），或是門徒、愛徒（希臘語：ον εφιλει ο Ιησους, on ephilei o Iēsous，英語：Beloved Disciple），出現於《約翰福音》之中，但是在約翰福音中，並沒有明確寫出這位門徒的身份。這是約翰福音獨有的內容，在《新約》其他的部份，不曾記載耶穌曾經使用過這樣的話。
《約翰福音》中沒有明說他的身份，基督教會傳統上相信，他是使徒之一的約翰。
耶穌所愛的門徒，在《約翰福音》中提到六次：
- 他曾參與耶穌最後的晚餐，在西門彼得的示意下，曾詢問耶穌，是誰將出賣他[1]。
- 在耶穌死前，他將他的母親，馬利亞，交託給這位門徒。在記載中，耶穌稱馬利亞，是這位所愛門徒的母親[2]。
- 在耶穌死後，信徒發現他的屍體失蹤，這位門徒是第一個進入墓穴的[3]。
- 這位門徒也是最早見到耶穌死後顯現的信徒之一，他見證耶穌第三次顯現，讓他們捕獲153條魚的奇蹟[4]。
- 耶穌第三次顯現，與眾門徒一同吃早餐。在耶穌與彼得談話時，這位門徒也在現場[5]。
- 福音書作者約翰，在《約翰福音》結尾，聲明他寫作的目的，是為了這位耶穌所愛的門徒作見證[6]。
在《約翰福音》中，提到一位曾經是施洗約翰的門徒，跟安得烈一同成為耶穌最早的門徒[7]。耶穌遭逮捕之後，彼得曾與一位門徒進大祭司的家中，探察耶穌的消息[8]。這兩個段落，提到的另一位無名門徒，可能也是指這位耶穌所愛的門徒[6]。
從二世紀開始，基督教會相信，耶穌所愛的門徒，即是指十二使徒中，年紀最小的使徒，約翰，也就是福音書作者約翰。
根據《約翰福音》，這個門徒可能是指拉撒路[9][10][11]。
根據偽經《馬利亞福音》與《腓力福音》，在其門徒中，耶穌給與抹大拉的馬利亞特別的地位。
這個說法的支持者指出，《約翰福音》的兩個章節[2][3]，是在西元2世紀才出現的，目的可能是為了把抹大拉的馬利亞，與耶穌所愛的門徒分開。
參考《約翰福音》21:4-7,這位門徒和赤身的彼得一起捕魚， 所以應該是男的。
學者詹姆斯·泰伯（James D. Tabor）認為，耶穌所愛的門徒，可能是指若瑟元配的兒子，耶穌的兄弟，公義者雅各[12][13]。
《約翰福音》13:24-25：「有一個門徒、是耶穌所愛的、側身挨近耶穌的懷裏。西門彼得點頭對他說、你告訴我們、主是指著誰說的。那門徒便就勢靠着耶穌的胸膛、問他說、主阿、是誰呢。 」 《約翰福音》19:25-27：「站在耶穌十字架旁邊的，有他母親與他母親的姊妹，並革羅罷的妻子馬利亞，和抹大拉的馬利亞。耶穌見母親和他所愛的那門徒站在旁邊，就對他母親說：母親（原文作婦人），看，你的兒子！又對那門徒說：看，你的母親！從此，那門徒就接他到自己家裏去了。」
《約翰福音》20:1-4：「七日的第一日清早，天還黑的時候，抹大拉的馬利亞來到墳墓那裏，看見石頭從墳墓挪開了，就跑來見西門彼得和耶穌所愛的那個門徒，對他們說：有人把主從墳墓裏挪了去，我們不知道放在哪裏。彼得和那門徒就出來，往墳墓那裏去。兩個人同跑，那門徒比彼得跑的更快，先到了墳墓，低頭往裏看，就見細麻布還放在那裏，只是沒有進去。西門彼得隨後也到了，進墳墓裏去，就看見細麻布還放在那裏，又看見耶穌的裹頭巾沒有和細麻布放在一處，是另在一處捲著。先到墳墓的那門徒也進去，看見就信了。」
《約翰福音》21:4-7：「天將亮的時候、耶穌站在岸上．門徒卻不知道是耶穌。耶穌就對他們說、小子、你們有吃的沒有。他們回答說、沒有。耶穌說、你們把網撒在船的右邊、就必得着。他們便撒下網去、竟拉不上來了、因為魚甚多。耶穌所愛的那門徒對彼得說、是主。那時西門彼得赤著身子、一聽見是主、就束上一件外衣、跳在海裏。」
《約翰福音》21:19-23：「彼得轉過來，看見耶穌所愛的那門徒跟着，（就是在晚飯的時候，靠着耶穌胸膛說：「主啊，賣你的是誰？」的那門徒。）彼得看見他，就問耶穌說：主啊，這人將來如何？耶穌對他說：我若要他等到我來的時候，與你何干？你跟從我吧！於是這話傳在弟兄中間，說那門徒不死。其實，耶穌不是說他不死，乃是說：我若要他等到我來的時候，與你何干？」 《約翰福音》21:24：「為這些事作見證、並且記載這些事的、就是這門徒。我們也知道他的見證是真的。」 《約翰福音》1:35-40：「再次日、約翰同兩個門徒站在那裏。他見耶穌行走，就說：看哪，這是 神的羔羊。兩個門徒聽見他的話、就跟從了耶穌。耶穌轉過身來、看見他們跟着、就問他們說、你們要甚麼。他們說、拉比、在那裏住。（拉比翻出來、就是夫子。)耶穌說、你們來看。他們就去看他在那裏住、這一天便與他同住、那時約有申正了。聽見約翰的話、跟從耶穌的那兩個人、一個是西門彼得的兄弟安得烈。 」 《約翰福音》18:15-16：「西門彼得跟着耶穌，還有一個門徒跟着。那門徒是大祭司所認識的，他就同耶穌進了大祭司的院子。彼得卻站在門外。大祭司所認識的那個門徒出來，和看門的使女說了一聲，就領彼得進去。 」
《約翰福音》11:1-3：「有一個患病的人，名叫拉撒路，住在伯大尼，就是馬利亞和他姊姊馬大的村莊。這馬利亞就是那用香膏抹主，又用頭髮擦他腳的；患病的拉撒路是他的兄弟。他姊妹兩個就打發人去見耶穌，說：主啊，你所愛的人病了。」
《約翰福音》11:5：「耶穌素來愛馬大、和他妹子、並拉撒路。」
《約翰福音》11:32-36：「馬利亞到了耶穌那裏，看見他，就俯伏在他腳前，說：主啊，你若早在這裏，我兄弟必不死。耶穌看見他哭，並看見與他同來的猶太人也哭，就心裏悲歎，又甚憂愁，便說：你們把他安放在哪裏？他們回答說：請主來看。耶穌哭了。猶太人就說：你看他愛這人是何等懇切。」
《馬可福音》6:3：「這不是那木匠麼？不是馬利亞的兒子－雅各、約西、猶大、西門的長兄（原文為兄弟）麼？他妹妹們不也是在我們這裏麼？他們就厭棄他。」
《馬太福音》13:55：「這不是木匠的兒子麼？他母親不是叫馬利亞麼？他弟兄們不是叫雅各、約西〔有古卷作約瑟〕、西門、猶大麼？」
