在16世紀哥倫布到來之前，洪都拉斯由眾多部族組成。
 | 此條目沒有列出任何參考或來源。 (2014年6月22日) |
哥倫布前時代
考古學家已經證明，洪都拉斯擁有一個多種族所組成的歷史。4～7世紀，洪都拉斯西部為瑪雅文明中心之一。科潘是瑪雅的主要城市，它在大約公元150年開始繁榮，在古典時代後期（公元700-850）達到頂峰。在科潘有許多雕刻的碑文和石柱。在9世紀瑪雅文明開始衰落，但有證據顯示人們仍然生活在周圍的城市附近，直到約1200年。
征服時代
1502年哥倫布到達洪都拉斯的海灣群島，為洪都拉斯與歐洲接觸之始，1524年西班牙軍隊開始征服洪都拉斯，同年淪為西班牙殖民地。1537～1539年萊姆皮拉領導3萬印第安人舉行起義，反抗西班牙殖民統治。
殖民時代
1539年，洪都拉斯劃歸危地馬拉都督府管轄。在1540年下半年，洪都拉斯開始走向發展和繁榮，得益於在格拉西亞斯建立危地馬拉都督府作為地區首府。然而，這一決定在危地馬拉和薩爾瓦多引起怨恨。1549年，首都遷往危地馬拉的安提瓜，洪都拉斯依舊是在危地馬拉都督府下的一個省。
19世紀洪都拉斯
在19世紀初，拿破崙佔領西班牙引發了在西屬美洲的起義。洪都拉斯於1821年9月15日宣佈獨立，但1822年被併入墨西哥第一帝國。1823年，墨西哥皇帝阿古斯丁·德伊圖爾維德被一場革命所推翻，墨西哥議會允許中美洲地區對前途自決。1823年洪都拉斯加入中美洲聯邦，1838年10月退出中美洲聯邦，成立獨立主權國家。1840年洪都拉斯在危地馬拉獨裁者拉斐爾·卡雷拉支持下，保守派弗朗西斯科·費雷拉建立獨裁政府。1853年以後，洪都拉斯國內的自由派和保守派經常發生政變和內戰，政權更迭頻繁。金、銀礦業遭到破壞、影響經濟發展甚鉅。從1840年代起，英國侵佔洪都拉斯東部地區和巴亞群島，修建鐵路，並取得大片土地的租讓權。
19世紀末，美國攫取了聖胡安西托地區的銀礦開採權。轉軌已經發生。
20世紀洪都拉斯
1899年，香蕉產業在洪都拉斯增長迅速，權力和平地從波利卡波尼利亞移交到塞拉利昂將軍。這標誌着幾十年來首次依照憲法移交權力。
20世紀初，美國聯合果品公司和標準果品公司霸佔北部沿海平原大片土地，發展香蕉種植園，並壟斷大部分鐵路、航運、電力和香蕉出口。到1913年洪都拉斯90%以上的對外貿易為美國所控制。香蕉產業的發展促使了有組織的勞工運動的開始。1917年首次發生了針對果品公司的罷工。這次罷工被洪都拉斯軍隊鎮壓。但第二年另外的勞工騷亂又發生在塞巴的標準果品公司。1920年，總罷工席捲加勒比海岸。對此，一艘美國軍艦被派往該地區，和洪都拉斯政府開始逮捕運動領導人。當標準果品提供了一個約為每天1.75美元的新工資後，罷工最終結束了。
1919年，伯特蘭很明顯將拒絕進行公開的選舉來選擇他的繼任者。這種行動不會遭到民眾支持以及美國的反對。在1924年1月，洛佩斯·古鐵雷斯宣佈，他打算繼續留任，直至新的選舉可以如期舉行，但他一再拒絕指定選舉日期。卡里亞斯，據報道在聯合果品的支持下，宣佈自己為總統。武裝衝突隨後爆發。2月，美國警告說，任何以暴力的手段上台的人將不會得到承認。同時暫停與洛佩斯·古鐵雷斯政府關係由於其未能舉行選舉。
在1924年的最初幾個月，情況急劇惡化。2月28日，在塞巴政府軍與叛軍之間發生激烈戰鬥。即使丹佛號航空母艦的存在和美軍的登陸仍然無法阻止大規模的搶劫和縱火。在隨後的一周，美軍在洪都拉斯海域登陸以保護美國的利益。
1925年拉巴斯·巴拉奧納繼任總統。儘管於1925年發生了由費雷拉將軍領導的另一次小規模起義，洪都拉斯開始轉向平靜。在聯合果品公司的控制下，洪都拉斯成為以香蕉種植為主的單一經濟國家，香蕉生產發展很快，到1930年香蕉出口佔世界第一位。1929年世界資本主義經濟危機使洪都拉斯經濟受到沉重打擊,群眾生活下降，人民起義不斷發生。
洪都拉斯國民黨領袖蒂武西奧·卡里亞斯·安迪諾在美國的支持和策動下，於1933年攫取政權，建立獨裁統治。1954年該國工人為提高工資、改善勞動條件和爭取參加工會的權利舉行大罷工，使美國對於壟斷資本作出某些讓步。
在1954年總罷工之後，1955年10月，年輕的軍事改革派發動了政變，組建臨時軍政府。1957年議會選舉中由自由黨的拉蒙·比列達·莫拉萊斯勝選擔任總統。1963年武裝部隊司令奧斯瓦爾多·洛佩斯·阿雷利亞諾在美國策動下發動政變，推翻了莫拉萊斯政權，並於1965年當選總統。
1969年，洪都拉斯與鄰國薩爾瓦多因1970年世界盃足球賽北美外圍賽作為導火線，發生了為時僅6日的足球戰爭，原因則為兩國的國營傳播媒體均煽動仇視對方的國民與政治，使洪都拉斯政府下令將成千上萬的薩爾瓦多勞工驅逐出境，最後導致軍事衝突。足球戰爭導致中美洲共同市場停擺12年，這是個由美國大力推動的區域整合計劃，以作為抵制古巴革命外溢的工具。
1971年國民黨拉蒙·埃內斯托·克魯斯競選獲勝，但執政不久，阿雷利亞諾又一次發動政變上台。1975年武裝部隊司令胡安·阿爾韋托·梅爾加·卡斯特羅發動政變，取代阿雷利亞諾。而1978年武裝部隊司令波利卡波·帕斯·加西亞發動政變，組成以他為首的軍人委員會。
1979年，洪都拉斯恢復文官統治。1980年4月舉行了制憲選舉以及1981年11月舉行了普選。新憲法於1982年批准。
1988年，由於受到尼加拉瓜軍隊威脅，美軍部署到洪都拉斯。
21世紀洪都拉斯
2009年11月29日，大選舉行。前國會主席佩佩·路寶成為勝利者。
2013年，洪都拉斯首都近郊一座監獄發生騷亂，造成3死、12人受傷之後，總統洛沃下令這座主要監獄實施軍事化管理。
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