基因污染（英語：Genetic pollution）指對原生物種基因庫非預期或不受控制的基因流動。
長期以來，保護生物學以及自然保護提倡者用基因污染這一術語來形容從家養的、野生的、非本土的或入侵物種到野生本土物種的基因流動。[1][2][3]這一術語之後被用來形容從基因工程（GE）物種或轉基因生物（GMO）到非GE/GM生物的基因流動。[4][5]
環境學家傑里米·里夫金（Jeremy Rifkin）於1998年寫了一本名為《生物技術的世紀》的書，「基因污染」這一術語因此而為大家熟知。[6]人為使兩個基因不同的物種交叉培育的過程成為雜交。這一過程會產生基因滲入。轉基因生物通過與野生植物或動物雜交而使其基因散佈到自然環境中，里夫金用基因污染來形容這種非預期的過程可能存在的風險。[4][7][8]
目前，聯合國糧食和農業組織定義「基因污染」的用法為：
- 「基因資訊不受控制地擴散到自然狀態下並不存在此種基因的生物基因組中。（通常被稱作轉基因）」[9]
自從2005年英國遺傳學監督機構（GeneWatch UK）和國際綠色和平組織（Greenpeace International）推出「轉基因污染註冊表」之後，該註冊表記錄了有意或無意推出轉基因生物所引發的事故。[10]
通過對於四種不同作物為期10年的研究沒有發現轉基因生物比相應的傳統作物更具侵略性或更頑強。[11]基因污染經常被引用的一個例子是在墨西哥的瓦哈卡，廣為人知的從基因工程玉米到傳統玉米的轉基因。奎斯特（Quist）和差佩拉（Chapela）的報告由於研究方法的原因一度受到了質疑。[12]首次發表這一研究的科學雜誌表示，「現有的證據不足以評判原報告的發表情況。」[13]近期對於原有研究的重複試驗得出結論：轉基因玉米於2003和2004年在墨西哥南部消失了。[14]種植基因工程玉米是為了增強植物的抗倒伏性以及解決世界的糧食危機。然而這些目的在公眾中引起了爭論，人們開始擔心基因工程的最終產品所製造的食物的安全問題。[15]
2004年在美國俄勒岡州附近進行的針對多種轉基因的匍匐翦股穎所進行的田間試驗顯示，轉基因及副性狀（草甘膦除草劑抗性）可以通過風傳播授粉傳播給當地不同的翦股穎品種，其傳播範圍可達距研究點14公里的距離。[16] 2007年，生產轉基因翦股穎的斯科特公司（Scotts Company）同意支付美國農業部（USDA）50萬美元的民事賠款。美國農業部指控斯科特公司「2003年俄勒岡州田間試驗操作沒能確保抗草甘膦的翦股穎及其後代都不能在自然環境中長期存活。」[17]
而在農業、林業和畜牧業方面，「基因污染」用來形容基因工程物種和相應的野生原物種之間的基因流動。[4] 長期以來，保護生物學以及自然保護提倡者用基因污染這一術語來形容從家養的、野生的、非本土的或入侵物種到野生本土物種的基因流動。[1][2][3]例如，TRAFFIC這一國際野生動物交易監控網絡是用來確保對於野生動植物的交易不會威脅自然保護。他們促進了人們對於入侵物種的引入所帶來害處的關注，因為這些物種可能「與本土物種雜交，從而導致基因污染」。[18]聯合自然保護委員會（JNCC）是英國政府和國際自然保護組織的法定顧問。這一組織致力於維持和增強生物的多樣性並宣傳引入入侵/非本土物種的弊端。他們認為入侵物種：
- 「將會改變基因庫（通過被稱作『基因污染』的過程），並且這將是不可逆轉的改變。」[19]
基因污染對於某些瀕危動植物的威脅尤其嚴重，因為這些動植物只存有較少的數量。非洲的野生狗就是其中一例。由於野生物種與家養狗的雜交，這些野生狗不但失去了棲息地，而且與家養物種之間產生了基因流動，致使它們的保護情況嚴重惡化。[20]
無論是基因污染還是類似的術語（如「基因惡化」、「基因淹沒」、「基因併吞」、「基因侵略」）都是具有爭議的科學術語表達。海默（Hymer）和森博洛夫（Simberloff）認為這些術語：
「暗示了雜交物種比親本物種適應性差，這種情況不需考慮在內，又或者『純』基因庫有內在價值」。[21]
他們建議稱來自入侵物種的基因流動為「基因混合」，這是因為：
- 「『混合』不一定存在價值判斷。我們把它用在這兒以表示降低或提高物種適應性都有可能的基因庫混合。」[21]
像帕特里克·穆爾（Patrick Moore）（綠色和平組織創始人和前成員之一）一樣的環境學家懷疑「基因污染」這一術語是否更具政治性而不是科學性。這一術語被認為會激發主觀情感而不是呈現客觀事實。[22]
http://query.nytimes.com/gst/fullpage.html?res=9E0CE1D81638F930A25751C1A965948260&sec=health&spon=&pagewanted=2],「Although wolves and dogs have always lived in close contact in Italy and have presumably mated in the past, the newly worrisome element, in Dr. Boitani's opinion, is the increasing disparity in numbers, which suggests that interbreeding will become fairly common. As a result, genetic pollution of the wolf gene pool might reach irreversible levels, he warned. By hybridization, dogs can easily absorb the wolf genes and destroy the wolf, as it is, he said. The wolf might survive as a more doglike animal, better adapted to living close to people, he said, but it would not be what we today call a wolf.」 Potts B. M., Barbour R. C., Hingston A. B., Vaillancourt R. E. (2003) Corrigendum to: TURNER REVIEW No. 6 Genetic pollution of native eucalypt gene pools—identifying the risks. Australian Journal of Botany 51, 333–333. doi:10.1071/BT02035_CO
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