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新疆南部，又稱南疆[1]:4、南疆地區，清朝時稱回部，指新疆天山以南的地區。依現行行政區劃包括巴音郭楞蒙古自治州、阿克蘇地區、喀什地區、克孜勒蘇柯爾克孜自治州、和田地區、阿拉爾市、圖木舒克市[2]，亦有少數分法會把巴音郭楞蒙古自治州歸入東疆[3]。
此條目介紹的是新疆地理。關於南疆，請見「南疆 (消歧義)」。南疆和北疆以天山山脊線為界劃分。漢朝在南疆設西域都護府，魏晉時期設西域長史府。唐朝統治西域的安西都護府曾治南疆的龜茲，統轄「安西四鎮」。十四世紀先後屬於東察合台汗國、吐魯番汗國、葉爾羌汗國。清朝初年，南疆的回部臣屬準噶爾汗國。清朝滅準噶爾汗國，平回部。晚清時，新疆建省。1987年4月10日，中央軍委決定設立南疆軍區，為正軍級單位，負責管理南疆各軍分區及西藏阿里軍分區，歸烏魯木齊軍區建制領導。
新疆南部總面積為106×104km²，佔新疆總面積的64%。荒漠景觀面積為53×104km²[1]:6，佔全區域的½，宏觀生態穩定性差[1]:4。有世界第五大面積、中國第一大面積的沙漠——塔克拉瑪干沙漠。
沙漠、綠洲、水體三種主要景觀類型中，新疆南部葉爾羌－喀什河三角洲地區沙漠化呈降低趨勢，南部其餘各地區沙漠化均呈現增強趨勢。天然綠洲呈減少趨勢，綠洲生態局部劣變。天然綠洲與人工綠洲面積的比例從1950年代的6：1以上下降到3：1左右[1]:4。
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