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核酸內切酶(英語:endonuclease)在核酸水解酶中,為可水解分子鏈內部磷酸二酯鍵生成寡核苷酸的酶,與核酸外切酶相對應。從對底物的特異性來看,可分為DNaseⅠ、DNaseⅡ等分解DNA的酶;RNase、RNaseT1等分解RNA的酶。一般來說,大都不具鹼基特異性,但也有諸如脾臟RNase、RNaseT1等或限制性內切酶那種能夠識別並切斷特定的鹼基或鹼基序列的酶。其中的限制內切酶又稱限制酶,可切割特定的DNA位置。
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