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中國科學院植物生理生態研究所，簡稱植物生理生態研究所，是中華人民共和國一家主要關注植物遺傳、發育、生理的專業研究機構，其前身是1930年1月正式創立於南京的國立中央研究院自然歷史博物館。中國科學院「率先行動」計劃將植物生理生態研究所定位為卓越創新中心[3]。
1928年4月，國立中央研究院組建廣西科學調查團開展動植物標本採集和地質調查等工作[6]。次年元月調查結束，收穫至為豐富。「鑑於非聘請專家從事研究，不足以盡調查之能事，遂決定創辦博物館，以為研究及展覽之所」。1929年1月，中央研究院院長蔡元培聘請李四光、秉志、錢崇澍、顏復禮、李濟、過探先及錢天鶴七人，為博物館籌備處籌備委員會委員。當月30日，籌備委員會開會，決定定名為「國立中央研究院自然歷史博物館」，設動物部和植物部，主任為錢天鶴[7]。
1934年，國立中央研究院自然歷史博物館改名為「國立中央研究院動植物研究所」。抗日戰爭期間，動植物研究所多次遷址，自南京而至湖南衡陽、再至廣西陽朔，終定於四川北培。1944年，動植物研究所分建動物研究所和植物研究所，羅宗洛出任植物研究所所長[8][9]。究其原因，動植物研究所內植物研究人員佔比不足三分之一，而所長王家楫是動物學家，因此植物研究不受重視[10]。
羅宗洛任所長後，調整研究方向，不再局限於分類[11]，成立高等植物分類學研究室、藻類學研究室和植物生理研究室。1946年植物研究所遷至上海市岳陽路320號。隨後，研究所恢復或創建真菌學研究室、森林學研究室、植物形態學研究室、植物病理學研究室和細胞遺傳學研究室[12][13]。中華民國退守台灣前夕，植物所已成為名副其實的綜合性研究機構。
中國共產黨取得政權後，植物研究所分拆參與組建中國科學院實驗生物研究所和中國科學院水生生物研究所。1953年，實驗生物研究所植物生理研究室和昆蟲研究室分別獨立為中國科學院植物生理研究所和中國科學院昆蟲研究所，發生生理研究室繼續沿用實驗生物研究所的名稱。1959年，中國科學院昆蟲研究所上海工作站調整為中國科學院上海應用昆蟲研究所，1962年改名為中國科學院華東昆蟲研究所，1978年定名中國科學院上海昆蟲研究所[14]。
1999年，中國科學院上海植物生理研究所和中國科學院上海昆蟲研究所合併成立中國科學院植物生理生態研究所[15]。
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植物生理生態研究所主要關注植物、微生物和昆蟲三大領域，研究植物遺傳多樣性、植物生長發育調控和植物與環境互作機理等重大問題，設有植物分子遺傳國家重點實驗室、中國科學院合成生物學重點實驗室和中國科學院昆蟲發育與進化生物學重點實驗室等研究機構[16]。研究所主辦的學術期刊有《Molecular Plant》和《植物生理學報》。
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