中國科學院植物生理生態研究所，簡稱植物生理生態研究所，是中華人民共和國一家主要關注植物遺傳、發育、生理的專業研究機構，其前身是1930年1月正式創立於南京的國立中央研究院自然歷史博物館。中國科學院「率先行動」計劃將植物生理生態研究所定位為卓越創新中心[3]。
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植物生理生態研究所現有中國科學院院士9人、美國科學院院士1人[4]，正高級科技人員98人，副高級科技人員79人[5]。
1928年4月，國立中央研究院組建廣西科學調查團開展動植物標本採集和地質調查等工作[6]。次年元月調查結束，收穫至為豐富。「鑑於非聘請專家從事研究，不足以盡調查之能事，遂決定創辦博物館，以為研究及展覽之所」。1929年1月，中央研究院院長蔡元培聘請李四光、秉志、錢崇澍、顏復禮、李濟、過探先及錢天鶴七人，為博物館籌備處籌備委員會委員。當月30日，籌備委員會開會，決定定名為「國立中央研究院自然歷史博物館」，設動物部和植物部，主任為錢天鶴[7]。
1934年，國立中央研究院自然歷史博物館改名為「國立中央研究院動植物研究所」。抗日戰爭期間，動植物研究所多次遷址，自南京而至湖南衡陽、再至廣西陽朔，終定於四川北培。1944年，動植物研究所分建動物研究所和植物研究所，羅宗洛出任植物研究所所長[8][9]。究其原因，動植物研究所內植物研究人員佔比不足三分之一，而所長王家楫是動物學家，因此植物研究不受重視[10]。
羅宗洛任所長後，調整研究方向，不再局限於分類[11]，成立高等植物分類學研究室、藻類學研究室和植物生理研究室。1946年植物研究所遷至上海市岳陽路320號。隨後，研究所恢復或創建真菌學研究室、森林學研究室、植物形態學研究室、植物病理學研究室和細胞遺傳學研究室[12][13]。中華民國退守台灣前夕，植物所已成為名副其實的綜合性研究機構。
中國共產黨取得政權後，植物研究所分拆參與組建中國科學院實驗生物研究所和中國科學院水生生物研究所。1953年，實驗生物研究所植物生理研究室和昆蟲研究室分別獨立為中國科學院植物生理研究所和中國科學院昆蟲研究所，發生生理研究室繼續沿用實驗生物研究所的名稱。1959年，中國科學院昆蟲研究所上海工作站調整為中國科學院上海應用昆蟲研究所，1962年改名為中國科學院華東昆蟲研究所，1978年定名中國科學院上海昆蟲研究所[14]。
1999年，中國科學院上海植物生理研究所和中國科學院上海昆蟲研究所合併成立中國科學院植物生理生態研究所[15]。
植物生理生態研究所主要關注植物、微生物和昆蟲三大領域，研究植物遺傳多樣性、植物生長發育調控和植物與環境互作機理等重大問題，設有植物分子遺傳國家重點實驗室、中國科學院合成生物學重點實驗室和中國科學院昆蟲發育與進化生物學重點實驗室等研究機構[16]。研究所主辦的學術期刊有《Molecular Plant》和《植物生理學報》。
- 水稻高產優質性狀形成的分子機理及品種設計（2017年度國家自然科學獎一等獎，第二完成單位）[17]
- 人造單染色體真核細胞[18][19]
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- 羅宗洛（1953年－1978年）
- 殷宏章（1978年－1983年）
- 沈允鋼（1983年－1991年）
- 許智宏（1991年－1994年）
- 湯章城（1994年－1999年）
- 楊平瀾（1959年－1985年）
- 朱國凱（1985年－1988年）
- 陳元光（1988年－1993年）
- 李鴻昌（1993年－1997年）
- 許政暟（1999年－2002年）
- 陳曉亞（2004年－2008年）
- 薛紅衛（2009年－2014年）
- 韓斌（2014年－）
中國科學院分子植物科學卓越創新中心. 中国科学院分子植物科学卓越创新中心2021年部门预算 (PDF). 中國科學院分子植物科學卓越創新中心. 2021 [2021-09-11]. （原始內容存檔 (PDF)於2021-09-11） （中文）. 分子植物卓越中心2021年初部門預算總額56,211.67萬元。
国立中央研究院自然历史博物馆筹备处十七年度报告 （中文）
姜, 玉平; 張, 秉倫. 从自然历史博物馆到动物研究所和植物研究所. 中國科技史料. 2002, 23 (1) （中文）
羅, 宗洛. 回忆录(续). 植物生理學報. 1999, 35 (1) （中文）. 1943年冬，中央研究院評議會決議將原有的動植物研究所，分為動物研究所和植物研究所，並選舉我為植物研究所所長。中央研究院院長朱家驊以評議會主席名義，來信徵求我的同意。我認為這是一個機會，遂接受其聘請，於1944年4月到重慶就任中央研究院植物研究所所長一職。從此結束了大學教學的生涯。
国立中央研究院概况 中华民国十七年六月至三十七年六月. 國立中央研究院. 1948 [2019-02-01]. （原始內容存檔於2019-02-02） （中文）. 民國三十三年三月，本院第二屆評議會，舉行第二次年會於重慶，決議將動植物研究所分為動物研究所及植物研究所。聘羅宗洛為植物研究所所長，積極籌備，於五月一日正式成立，所址暫設北培。
追求卓越 中央研究院八十年 卷一 任重道远 全院篇. 中央研究院. 2008 [2019-02-01]. （原始內容存檔於2019-02-02） （中文）. 由於動植物研究所的內部齟齬，研究植物的學者始終認為遭受主持所務的動物學者欺壓，要求另外成立植物研究所籌備處，所以他請來羅宗洛（日本北海道帝國大學院博士）負責籌備。
國立中央研究院植物研究所三十四年度工作計畫提要 （中文）. 國內研究植物學之機關，如北平研究院植物學研究所，中山大學農林植物研究所，靜生生物調查所，中國科學社生物研究所等不一而足，其研究中心大都集中於植物之調查與種類之鑑定。此種工作固甚重要，但不足以代表純正植物學研究之全體，至於各所設備，除顯微鏡，標本及圖書外，罕有作近代實驗室之佈置者，本所之設置彌補此種缺陷，注重於生理學，生態學，細胞學，遺傳學等之理論探討，為達此目的計，必須排除萬難，設置若干規模粗具之實驗室。
許, 智宏. 纪念罗宗洛院士. 2018 （中文）. 抗戰勝利後，中央研究院植物研究所遷到上海，經羅宗洛先生苦心經營、招騁研究人員，到1948年植物研究所已設置植物分類、森林真菌、藻類、細胞遺傳、植物病理、植物形態、植物生理等研究室。
羅, 宗洛. 回忆录(续完). 植物生理學報. 2000, 36 (2) （中文）. 從1946年起到上海解放時為止，經全所同事的努力，我們建立了植物生理、植物形態、細胞遺傳和植物病理（只在1948年）等實驗室。
李, 家洋. 中国科学院生命科学研究六十年. 中國科學院院刊. 2009, 24 (3) [2019-06-23]. （原始內容存檔於2021-05-22） （中文） 薛, 紅衛. 中国科学院上海植物生理生态研究所专辑简介. 中國科學: 生命科學. 2013, 43 (12) （中文）
王琳琳, 張泉. 人造单条染色体真核细胞问世 我国开启合成生物学研究新时代. 新華網. 2018-08-02 [2019-08-05]. （原始內容存檔於2019-08-05） （中文）. ５０多年後的今天，我國科學家在最新一期國際科學期刊《自然》上發表論文，宣佈首次人工創造出有生命活性的單染色體真核細胞，開啟了合成生物學研究的新時代。……中科院分子植物卓越中心／植生生態所合成生物學重點實驗室覃重軍團隊以釀酒酵母為實驗對象，採用工程化精準設計方法，使用ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ９基因編輯技術對釀酒酵母１６條染色體的全基因組進行了大規模修剪、重新排列，最終「創造」了將幾乎所有遺傳信息融合進１條超長線型染色體的酵母細胞。「體檢報告」表明，雖然動了「大手術」，但「全新版」酵母細胞的生長、功能和基因表達均與天然酵母相似。
