重疊基因(Overlapping genes),亦作「多重編碼」(dual coding),是指兩個或兩個以上的基因共享一段DNA序列的現象[1]。重疊基因的存在使得一段核苷酸序列可以編碼一種以上的表達產物。重疊基因使一段DNA序列翻譯出的mRNA能被不同的讀框閱讀,或者使一個基因的反義鏈的某一部分能成爲另一個基因的正義鏈的一部分。科學家已在細菌,病毒,甚至真核細胞/真核生物中發現了重疊基因的存在[2]研究表明,在細菌中,基因組中有三分之一的部分含有重疊基因[3]。
如圖所示,Φ174噬菌體基因組中具有重疊基因