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萱草亞科(Hemerocallidoideae)的植物在克朗奎斯特分類法中屬於百合科,1998年的APG 分類法將其單獨分為一個科,但2003年經過修訂的APG II 分類法將這個科和刺葉樹科列為可合可分的備選科。2009年最新修訂的APG III 分類法列為刺葉樹科旗下亞科,為萱草亞科。
AP-網站 (頁面存檔備份,存於互聯網檔案館)列出萱草科有20 來個屬,其中最常見的是萱草屬(Hemerocallis)和新西蘭麻屬(Phormium)。
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