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人類微生物群系[1][2]（英語：human microbiome）或正常菌群[3]（normal flora）、正常菌相[4]，是某些微生物與宿主在長期的進化過程中形成共生關係，對生物體無害的一類細菌。它們包括細菌，真菌，古菌，和病毒。雖然微型動物也存在於人體上，但它們通常被排除在這個定義之外。人類微生物群系具體指駐留的微生物的集體基因組[5]。
人類被許多微生物定殖；傳統的估計是，人體細菌（不包括真菌，古菌，病毒）的平均數量是人類細胞的數量的十倍，但是最近的估計將該比率降低到3:1，或者甚至降低到大約相同的數量[6][7][8][9]。殖民於人類的一些微生物群是共生性的，意味着它們共存而不傷害人類；其他微生物群與它們的人類宿主具有互惠關係[5]:700[10]。相反，一些非致病微生物群可以通過它們產生的代謝物如三甲胺損害人類宿主[11][12]。某些微生物群執行已知對人類宿主有用的任務；大多數常居微生物的作用還不太清楚。 那些預期存在，並且在正常情況下不引起疾病的，有時被認為是「正常菌群」或「正常微生物群」[5]。
「人類微生物組計劃」（英語：Human Microbiome Project，縮寫：HMP）開展了人類微生物群基因組測序項目，特別關注通常棲息在皮膚，口腔，鼻子，消化道和陰道的微生物群落[5]。在2012年發佈了初步結果時它達到了一個里程碑結果[13]。
闡明人類微生物組的問題基本上是鑑定包括細菌，真核生物和病毒的微生物群落的成員[14]。
2012年6月13日，美國國立衛生研究院(NIH)主任法蘭西斯·柯林斯(Francis Collins)宣佈了人類微生物組計劃(HMP)的一個重要里程碑[13]。該公告伴隨着在《自然》期刊[15][16]發表的一系列相應的文章，和在《公共科學圖書館》（PLoS）在同一天的幾個期刊。通過使用基因組測序技術繪製健康人的正常微生物組成，人類微生物組計劃(HMP)的研究人員創建了參考數據庫和人類正常微生物變化的邊界。
此外在外耳道、眼結膜、鼻咽腔、尿道等部位都會有正常菌群的分佈。
生物體內多數組織器官都是無菌的，正常菌群中的細菌偶爾少量侵入這些部位是能被機體的自體免疫所應付的。但如果正常菌群與宿主間或正常菌群各菌種間的平衡被打破，就會出現菌群失調，致病作用就會顯著，嚴重者引起二重感染。這種狀況往往是由於長期大量使用抗生素、免疫抑制劑等外來因素引起的。
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