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《被子植物APG分類法》是1998年由被子植物種系發生學組（APG，Angiosperm Phylogeny Group）出版的一種對於被子植物的現代分類法。
| 生物分類表 |
和傳統的依照形態分類不同，這種分類法主要依照植物的三個基因組DNA的順序，以親緣分支的方法分類，包括兩個葉綠體和一個核糖體的基因編碼。雖然主要依據分子生物學的數據，但是也參照其他方面的理論，例如將真雙子葉植物分支和其他原來分到雙子葉植物綱中的種類區分，也是根據花粉形態學的理論。
2003年這種分類法出版了修訂版《被子植物APG II分類法 (修訂版)》，2009年又出版了 APG III，2016年更新到 APG IV。
1970年代之後，被子植物的分類系統似乎到達一個穩定的狀態，藉助於新技術從事傳統的分類學研究，並由於此類資料的大量累積，當時仍極為常用的克朗奎斯特分類法及塔赫塔江分類法漸漸顯得過時[1][2]。加上當時許多研究，涉及了分子技術的引用，為許多分類群提供了明確的種系發生學上的數據。即使亞美因·塔赫塔江亦投注極大的心力於其系統的完善，但被子植物分類學上一個新的種系發生學的面相應被重新提出，尤其針對科與目等高階分類群的分類[1]。植物種系發生學組於是提出此APG系統。
APG (1998年)選擇相當數量的單源的亞科分類群，如此對於被子植物的高階分類極有為用。但對於此分類群的正式分類處理，與予以種系發生學上的命名實則不同，命名上當時仍存在諸多爭議[1]。APG採用了《國際植物命名法規》的方式，為科級及目級的分類群命名。
關於目級以上的分類，APG特別提出：習慣上使用的目級以上分類群概念，與命名上的優先律的命名概念經常造成衝突，在尋求平衡此衝突時，APG特別強調其處理並非依法(命名法規)為之[1]。
- Angiosperm Phylogeny Group, An ordinal classification for the families of flowering plants, Annals of the Missouri Botanical Garden, 1998, 85 (4): 531–553 [2011-06-29], （原始內容存檔於2015-11-17），retrieved 2011-06-29。
- Angiosperm phylogeny group. 2003. An update of the Angiosperm Phylogeny Group classification for the orders and families of flowering plants: APG II（頁面存檔備份，存於網際網路檔案館）. Botanical Journal of the Linnean Society 141: 399–436.PDF檔 (英文)（頁面存檔備份，存於網際網路檔案館），retrieved 2011-06-29。
- Angiosperm phylogeny group. 2009. An update of the Angiosperm Phylogeny Group classification for the orders and families of flowering plants: APG IIIArchive-It的存檔，存檔日期2017-05-25. Botanical Journal of the Linnean Society 161: 105–121. PDF檔 (英文)（頁面存檔備份，存於網際網路檔案館），retrieved 2011-06-29。
- Stevens, P. F. 1986. Evolutionary classification in botany, 1960-1985. J. Arnold Arbor. 67: 313-339.
| 生物分類表 |
基本分支如下：
- 被子植物 angiosperms :
APG系統下設分類包括40個目和462個科，下列表中開始部分是沒有分到任何一個分支內的科或目。有的科分布地域非常狹小或新分出的科，尚未有通用的漢語譯名。
- 被子植物分支 angiosperms
- 單子葉植物分支 monocots
- 菖蒲目 Acorales
- 菖蒲科 Acoraceae
- 澤瀉目 Alismatales
- 天門冬目 Asparagales
- 百子蓮科 Agapanthaceae
- 龍舌蘭科 Agavaceae
- 蔥科 Alliaceae
- 石蒜科 Amaryllidaceae
- 知母科 Anemarrhenaceae
- 吊蘭科 Anthericaceae
- 星捧月科 Aphyllanthaceae
- 天門冬科 Asparagaceae
- 獨尾草科 Asphodelaceae
- 芳香草科 Asteliaceae
- 非洲菝葜科 Behniaceae
- 香水花科 Blandfordiaceae
- 澳韭蘭科 Boryaceae
- 鈴蘭科 Convallariaceae
- 矛花科 Doryanthaceae
- 萱草科 Hemerocallidaceae
- 異菝葜科 Herreriaceae
- 風信子科 Hyacinthaceae
- 仙茅科 Hypoxidaceae
- 鳶尾科 Iridaceae
- 鳶尾蒜科 Ixioliriaceae
- 毛石蒜科 Lanariaceae
- 異蕊草科 Laxmanniaceae
- 蘭科 Orchidaceae
- 藍星科 Tecophilaeaceae
- 紫燈花科 Themidaceae
- 刺葉樹科 Xanthorrhoeaceae
- 血劍草科 Xeronemataceae
- 薯蕷目 Dioscoreales
- 百合目 Liliales
- 露兜樹目 Pandanales
- 鴨跖草分支 commelinoids
- 真雙子葉植物分支 eudicots
- 核心真雙子葉植物分支 core eudicots
- 石竹目 Caryophyllales
- 瑪瑙果科 Achatocarpaceae
- 番杏科 Aizoaceae
- 莧科 Amaranthaceae
- 鈎枝藤科 Ancistrocladaceae
- 翼萼茶科 Asteropeiaceae
- 落葵科 Basellaceae
- 仙人掌科 Cactaceae
- 石竹科 Caryophyllaceae
- 龍樹科 Didiereaceae
- 雙鈎葉科 Dioncophyllaceae
- 茅膏菜科 Droseraceae
- 露葉毛氈苔科 Drosophyllaceae
- 瓣鱗花科 Frankeniaceae
- 粟米草科 Molluginaceae
- 豬籠草科 Nepenthaceae
- 紫茉莉科 Nyctaginaceae
- 非洲桐科 Physenaceae
- 商陸科 Phytolaccaceae
- 藍雪科 Plumbaginaceae
- 蓼科 Polygonaceae
- 馬齒莧科 Portulacaceae
- 棒木科 Rhabdodendraceae
- 肉葉刺莖藜科 Sarcobataceae
- 油蠟樹科 Simmondsiaceae
- 閉籽花科 Stegnospermataceae
- 檉柳科 Tamaricaceae
- 檀香目 Santalales
- 虎耳草目 Saxifragales
- 薔薇分支 rosids
- 牻牛兒苗目 Geraniales
- I類真薔薇分支 eurosids I
- 葫蘆目 Cucurbitales
- 豆目 Fabales
- 殼斗目 Fagales
- 金虎尾目 Malpighiales
- 鐘花科 Achariaceae
- 槲樹果科 Balanopaceae
- 油桃木科 Caryocaraceae
- 金殼果科 Chrysobalanaceae
- 藤黃科 Clusiaceae
- 毒鼠子科 Dichapetalaceae
- 古柯科 Erythroxylaceae
- 大戟科 Euphorbiaceae
- 合絲花科 Euphroniaceae
- 大風子科 Flacourtiaceae
- 毛藥樹科 Goupiaceae
- 亞麻藤科 Hugoniaceae
- 香膏科 Humiriaceae
- 金絲桃科 Hypericaceae
- 包芽樹科 Irvingiaceae
- 粘木科 Ixonanthaceae
- 裂藥花科 Lacistemataceae
- 亞麻科 Linaceae
- 王冠草科 Malesherbiaceae
- 金虎尾科 Malpighiaceae
- 水母柱科 Medusagynaceae
- 金蓮木科 Ochnaceae
- 小盤木科 Pandaceae
- 西番蓮科 Passifloraceae
- 非洲核果木科 Putranjivaceae
- 羽葉樹科 Quiinaceae
- 紅樹科 Rhizophoraceae
- 楊柳科 Salicaceae
- 杯蓋花科 Scyphostegiaceae
- 三角果科 Trigoniaceae
- 時鐘花科 Turneraceae
- 堇菜科 Violaceae
- 酢漿草目 Oxalidales
- 薔薇目 Rosales
- II類真薔薇分支 eurosids II
- 癭椒樹科 Tapisciaceae
- 十字花目 Brassicales
- 疊珠樹科 Akaniaceae + 鍾萼木科 Bretschneideraceae
- 藜木科 Bataceae
- 十字花科 Brassicaceae
- 番木瓜科 Caricaceae
- 澳遠志科 Emblingiaceae
- 環蕊科 Gyrostemonaceae
- 刺枝樹科 Koeberliniaceae
- 池花科 Limnanthaceae
- 辣木科 Moringaceae
- 瘤藥樹科 Pentadiplandraceae
- 木犀草科 Resedaceae
- 刺茉莉科 Salvadoraceae
- 夷白花菜科 Setchellanthaceae
- 烈味三葉草科 Tovariaceae
- 旱金蓮科 Tropaeolaceae
- 錦葵目 Malvales
- 桃金娘目 Myrtales
- 無患子目 Sapindales
- 菊分支 asterids
- 山茱萸目 Cornales
- 杜鵑花目 Ericales
- 獼猴桃科 Actinidiaceae
- 鳳仙花科 Balsaminaceae
- 山柳科 Clethraceae
- 翅萼樹科 Cyrillaceae
- 岩梅科 Diapensiaceae
- 柿樹科 Ebenaceae
- 杜鵑花科 Ericaceae
- 福桂花科 Fouquieriaceae
- 銀鐘花科 Halesiaceae
- 玉蕊科 Lecythidaceae
- 蜜囊花科 Marcgraviaceae
- 紫金牛科 Myrsinaceae
- 假紅樹科 Pellicieraceae
- 花荵科 Polemoniaceae
- 報春花科 Primulaceae
- 捕蠅幌科 Roridulaceae
- 山欖科 Sapotaceae
- 瓶子草科 Sarraceniaceae
- 野茉莉科 Styracaceae
- 山礬科 Symplocaceae
- 厚皮香科 Ternstroemiaceae
- 四籽樹科 Tetrameristaceae
- 山茶科 Theaceae
- 假輪葉科 Theophrastaceae
- I類真菊分支 euasterids I
- 絞木目 Garryales
- 龍膽目 Gentianales
- 唇形目 Lamiales
- 爵床科 Acanthaceae
- 海欖雌科 Avicenniaceae
- 紫葳科 Bignoniaceae
- 醉魚草科 Buddlejaceae
- 腺毛草科 Byblidaceae
- 盤果木科 Cyclocheilaceae
- 苦苣苔科 Gesneriaceae
- 唇形科 Lamiaceae
- 狸藻科 Lentibulariaceae
- 苦檻藍科 Myoporaceae
- 木犀科 Oleaceae
- 泡桐科 Paulowniaceae
- 胡麻科 Pedaliaceae + 角胡麻科 Martyniaceae
- 透骨草科 Phrymaceae
- 車前科 Plantaginaceae
- 夷地黃科 Schlegeliaceae
- 玄參科 Scrophulariaceae
- 密穗草科 Stilbaceae
- 四粉草科 Tetrachondraceae
- 馬鞭草科 Verbenaceae
- 茄目 Solanales
- II類真菊分支 euasterids II
注: "+ ..." 是一種建議選擇，也可以單獨分為一科。
- 系屬不清的科：
- 蛇菰科 Balanophoraceae
- 多子科 Bonnetiaceae
- 心翼果科 Cardiopteridaceae
- 垂籽樹科 Ctenolophonaceae
- 鎖陽科 Cynomoriaceae
- 簇花草科 Cytinaceae
- 十齒花科 Dipentodontaceae
- 溝繁縷科 Elatinaceae
- 四棱果科 Geissolomataceae
- 單柱花科 Hoplestigmataceae
- 扁果樹科 Kaliphoraceae
- 洋酢漿草科 Lepidobotryaceae
- 光果科 Lissocarpaceae
- 五翼果科 Lophopyxidaceae
- 毛絲花科 Medusandraceae
- 管花木科 Mettenusiaceae
- 帽蕊草科 Mitrastemonaceae
- 盔瓣花科 Paracryphiaceae
- 五列木科 Pentaphylacaceae
- 圍盤樹科 Peridiscaceae
- 斜翼科 Plagiopteraceae
- 單室木科 Pottingeriaceae
- 肋果茶科 Sladeniaceae
- 栓皮果科 Strasburgeriaceae
- 苦皮樹科 Tepuianthaceae
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