長崎総合科学大学

大學。全部學院均位於長崎市內。長崎市還有活水女子大學（日语：活水女子大学）、長崎外國語大學、長崎純心大學（日语：長崎純心大学）、長崎綜合科學大學（日语：長崎総合科学大学）四所私立大學。 由於長崎市多山的地形和道路寬度普遍較窄，使得路面電車和巴士等公共交通機關在長崎

大學（日语：長崎ウエスレヤン大学）、長崎外國語大學、長崎純心大學（日语：長崎純心大学）、長崎國際大學（日语：長崎国際大学）、長崎綜合科學大學（日语：長崎総合科学大学）六所私立大學。 長崎縣內鐵路交通主要由九州旅客鐵道（JR九州）承擔，但也有島原鐵道、松浦鐵道、長崎

福冈工业大学（日语：福岡工業大学） 福冈齿科大学（日语：福岡歯科大学） 福冈女学院大学 福冈国际大学（日语：福岡国際大学） 保健医疗经营大学（日语：保健医療経営大学） 早稻田大学大学院 佐贺县 西九州大学（日语：西九州大学） 长崎县 活水女子大学（日语：活水女子大学） 长崎综合科学大学（日语：長崎総合科学大学）

后的学制改革中，第三高等学校剩餘的部分（大學預科）併入京都大学。 京都大學的淵源最早可追溯至文久元年（1861年）在長崎創立的養生所，後更名為長崎精得館。原設於江戶的開成所（今東京大學）因明治維新的混亂未能如計劃遷移至此。慶應四年（1868年），新政府決定在大阪設立舎密局（後來的理學校），於明治二年

名古屋専門学校（名城大学） 小西写真専門学校（東京写真短期大学→東京写真大学→東京工芸大学） 川南高等造船学校→長崎造船専門学校（長崎造船短期大学→長崎総合科学大学） （官立）中央気象台附属測候技術官養成所→中央気象台附属気象技術官養成所（運輸通信省に移管・中央気象台研修所→気象庁研修所→気象大学校）