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遺傳距離(Genetic distance)是用來衡量物種之間或同一物種的群體之間的遺傳分化的指標。[1]對某一基因來說,兩個群體有類似的等位基因,且頻率相似,彼此的遺傳距離較小,說明他們的共同起源比較近。
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1972年,日裔美國群體遺傳學家根井正利(Masatoshi Nei)提出了一種遺傳距離的計算方法,後來被稱為「根井標準距離」(英語:Nei's standard genetic distance)。這種方法假設遺傳差異是突變和漂變兩個因素造成的,適用於每年或每個世代的遺傳變化速率穩定的情況。在這種情況下,群體間的根井標準距離(D)與彼此分化的時間成正比,公式如下[2]:
In 1983年,約翰·雷諾茲(John Reynolds)、B·S·維爾(B.S. Weir)和考克漢姆(C. Clark Cockerham)提出了一種後來得名「雷諾茲遺傳距離」(Distance de Reynolds)的方法,假設群體的遺傳分化中沒有突變的作用,而完全是漂變導致的情況下,共祖參數(Coancestry coefficient) 可以用於遺傳距離的量度,計算為[3]:
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