跳岩企鵝從前是企鵝目企鵝科冠企鵝屬下的一個物種，但近年研究主張將其分為兩個不同的種，包括：
- 南跳岩企鵝（Eudyptes chrysocome），分佈於南半球大多數地方，有兩個亞種；
- 北跳岩企鵝（Eudyptes moseleyi），超過80%在特里斯坦-達庫尼亞群島及戈夫島，剩下的則在阿姆斯特丹島及聖保羅島
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