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清朝治疆歷史指清朝滅亡準噶爾汗國後統治新疆這片土地的歷史。從1759年乾隆帝將這片土地命名為「西域新疆」（簡稱「新疆」，滿語：ᡳᠴᡝ
ᠵᡝᠴᡝᠨ，穆麟德轉寫：ice jecen）起，由伊犁將軍統轄，同治四年（1865年），浩罕汗國阿古柏入侵喀什噶爾、阿克蘇、烏魯木齊等地。光緒二年（1876年），陝甘總督左宗棠率軍出甘肅，於次年收復了新疆大部分地區，並從俄國手中收復伊犁。光緒十年（1884年）十一月正式建新疆省，取意為故土新歸，省會由伊犁遷至迪化縣（今烏魯木齊），到1912年清朝滅亡為止。
乾隆十年（1745年），準噶爾汗國爆發瘟疫，噶爾丹策零病死，其長子喇嘛達爾扎與次子策妄多爾濟那木扎爾爭位，準噶爾陷入內亂。乾隆十七年（1752年），大策零敦多布之孫達瓦齊在輝特部台吉阿睦爾撒納的支持下繼承汗位。不久達瓦齊與阿睦爾撒納反目相攻。因準噶爾內亂不已，原本附屬於準噶爾的各部落紛紛投向清朝。乾隆十八年（1753年），車凌、車凌烏巴什、車凌孟克率杜爾伯特部內附。次年，阿睦爾撒納率部降清，被封為親王。同時，清軍招撫唐努烏梁海和阿爾泰烏梁海。
阿睦爾撒納入朝後，將準噶爾虛實悉數稟告清廷。乾隆帝認為攻滅準噶爾時機已到，謂之「天與人歸，機不可失」，故力排眾議，於乾隆二十年（1755年）春發兵出征準噶爾。北路軍以班第為定北將軍，阿睦爾撒納為定邊左副將軍；西路軍以永常為定西將軍，鄂容安為參贊大臣，薩喇爾為定邊右副將軍。兩路大軍約於博爾塔拉會師。五月，清軍進占伊犁。達瓦齊眾叛親離，率殘部退至昭蘇之格登山。準噶爾降臣阿玉錫帶領清軍二十五人夜襲達瓦齊大營，准軍驚潰，數千人不戰自降。達瓦齊僅帶少數人倉皇南逃。六月，烏什伯克霍集斯將達瓦齊誘擒後縛送清軍，準噶爾汗國滅亡。達瓦齊被送往熱河朝覲乾隆帝，被封為「綽羅斯和碩親王」，居於京師。
清軍平定伊犁後，西征大軍陸續撤回內地，僅留少量兵力駐防伊犁、迪化等地。阿睦爾撒納野心逐漸顯露，被班第等大臣察覺。班第密奏乾隆帝，稱阿睦爾撒納暗中將投降清軍的準噶爾部落收為己有；且不用副將軍印章，而用噶爾丹策零所用菊形小印，隱然以厄魯特四部總汗自居。乾隆帝卻認為阿睦爾撒納「不過希圖肥己，不必過於苛求」。不久，阿睦爾撒納叛跡顯著，乾隆帝命班第送其赴熱河朝覲，令喀爾喀親王額琳沁多爾濟沿途護送。八月，阿睦爾撒納以暫歸治裝為藉口，以副將軍印信交予額琳沁多爾濟，潛逃至塔爾巴哈台，與其舊部相約反叛。伊犁的準噶爾宰桑錫克錫爾格等起兵響應。班第率五百人東撤，被叛軍圍困。清兵突圍不成，班第、鄂容安自剄。薩喇爾丟棄官服，換上舊時準噶爾衣冠逃出，被叛軍擒獲。乾隆帝聞訊大怒，將額琳沁多爾濟賜死，以策楞為定西將軍，發兩路大軍征討阿睦爾撒納。
乾隆二十一年（1756年）三月，策楞再次攻占伊犁。阿睦爾撒納逃往哈薩克汗國，受到右部哈薩克汗阿布賚庇護。不久，西征清軍主力撤回內地。清軍將領指揮失當，多次追擊阿睦爾撒納不得，使準噶爾各部落產生輕視之心。十二月，受乾隆帝冊封的噶勒藏多爾濟、巴雅爾舉兵反叛，攻陷迪化。駐紮伊犁的定邊右副將軍兆惠率少量清兵東撤，在庫爾喀喇烏蘇的鄂壘扎拉圖被叛軍達什策凌圍困。兆惠夜間率軍突圍，苦戰後退至迪化，得知迪化已經失陷，繼續向東撤退。途中遇雅爾哈善派出的援軍，於次年二月退回巴里坤。
乾隆二十二年（1757年），阿布賚與阿睦爾撒納反目。六月，阿睦爾撒納逃入俄國，年底染天花而死。乾隆二十三年（1758年）正月，俄國遣使告知阿睦爾撒納已死。清廷派人前往邊界驗看屍首。乾隆帝以平定阿睦爾撒納，宣諭中外。乾隆二十四年（1759年），清軍剿除了叛軍殘部及逃亡的瑪哈沁，天山北路底定。不久後又平定天山南路，將整個新疆納入版圖。
清乾隆二十二年（1757年）中國新疆回部白山派首領霍集占兄弟發動叛亂，清代文獻稱之為「平定回部」。霍集占與其兄波羅尼都出自中亞伊斯蘭教白山派和卓家族，故稱波羅尼都為大和卓，霍集占為小和卓。乾隆二十年（1755年）清軍滅準噶爾後，將被準噶爾囚禁的大小和卓釋放，並派波羅尼都招撫西域天山南路各城。不久阿睦爾撒納反叛，大小和卓乘機控制了新疆西南部一帶。乾隆二十二年（1757年），霍集占殺死清軍副都統阿敏道，舉兵自立。次年（1758年），乾隆帝發兵征討霍集占，清軍在庫車、葉爾羌（今莎車）、和闐等地與大小和卓交戰。乾隆二十四年（1759年），大小和卓兵敗西逃，經蔥嶺進入巴達克山（在今阿富汗東北部）境內，被巴達克山首領素勒坦沙擒殺，叛亂遂平。
大小和卓之亂的平定標誌着清朝全國統一戰爭的完成，是乾隆帝的十全武功之一。此役之後，西域天山南路重新納入中國版圖，清朝疆域臻於極盛。回部平定後，清廷設伊犁將軍統轄新疆各部，設總理回疆事務參贊大臣管理回部。此後的六十多年中新疆沒有發生大的動亂。
張格爾從嘉慶二十五年（1820年）三次潛入南疆發動叛亂，張格爾與浩罕國王商定，事成之後，向浩罕割讓天山南路的喀什噶爾（今喀什市），並平分喀什噶爾等城的人口和財產。
道光六年（1826年）是規模最大的一次，張格爾以禮拜其祖先麻札（墳墓）為名，利用南疆各族人民的反清情緒，集眾叛亂，先後攻占喀什噶爾（今喀什）、英吉沙爾（今英吉沙）、葉爾羌（今莎車）、和闐（今和田）等城。張格爾取喀什噶爾之後，英國派出間諜二十餘人充當顧問，訓練軍隊，提供援助。
清政府命伊犁將軍長齡與陝甘總督楊遇春、山東巡撫武隆阿、擴肅提督齊慎等調集吉林、黑龍江、陝西、甘肅、四川清軍三萬餘人，會師於阿克蘇，收復喀什噶爾等城。道光八年（1828年）初，張格爾率領五百騎兵來襲，中途發覺而反向奔逃。楊芳與伊薩克等人急馳追趕一晝夜，張格爾逃至喀爾鐵蓋山，僅剩三十餘騎，棄馬登山。遭楊芳副將胡超、段永福伏擊生擒，解至北京處死。
道光二十七年（1847年）七月底，卡塔條勒等人率騎兵千餘人從浩罕出發，突破新疆邊境的兩處卡倫，到達玉斯圖阿爾圖什（在今阿圖什市），由此向喀什噶爾進發。
以邁買的明、倭里罕為首的七和卓，糾集安集延、布魯特進犯喀什噶爾、英吉沙爾，攻占喀什噶爾回城（今喀什市），引水淹灌徠寧城（喀什噶爾漢城）。當時形勢十分緊張。清政府命葉爾羌參贊大臣率軍征討，經過了近三個月的時間，平定了這次叛亂。
同治三年（1864年）四月，庫車回民舉事，殺死辦事大臣與阿奇木伯克。因為陝甘回亂波及，數月之內，同治新疆回亂。暴動者以回族及維吾爾族農民為主，也有漢族、柯爾克孜族及哈薩克族加入。各地起事者在攻占官署及兵營後，推舉阿訇為首領，建立政教合一的割據政權。隨後，各政權之間又發生混戰與兼併。至同治四年（1865年）末，新疆大部份地方失陷，官軍僅保有塔城、庫爾喀喇烏蘇、巴里坤及哈密一帶。
此時，西北官軍主力正在平定陝西及甘肅的動亂，無暇顧及新疆。俄羅斯帝國則乘亂入侵塔城及額爾齊斯河流域，於1864年10月逼迫烏里雅蘇台將軍簽訂《中俄勘分西北界約記》，吞併了新疆巴爾喀什湖以東的大片領土。
1864年年底，喀什噶爾的起事者向浩罕汗國求援，導致阿古柏入侵新疆。1865年至1867年間，阿古柏率領浩罕軍隊消滅了天山以南各地的暴動者政權，在回疆建立哲德沙爾汗國。同治十年（1871年），俄羅斯藉機侵占伊犁。
光緒元年（1875年），清廷命陝甘總督左宗棠收復新疆，督辦新疆軍務。次年，清軍西征，收復迪化一帶。光緒三年（1877年），清軍消滅阿古柏政權，收復了除伊犁外的新疆全境，持續10餘年的新疆動亂最終結束。光緒七年（1881年），清朝通過交涉收回被俄羅斯侵占的伊犁。光緒十年（1884年），清廷下旨設立新疆省，廢除了乾隆以來的伯克制和軍府制，實行與內地相同的郡縣制。
喀什噶爾的思的克、金相印因無力攻克清軍駐守的喀什噶爾漢城（今疏勒縣），於1864年底派人邀請流亡浩罕汗國的白山派和卓後裔入境。浩罕執政者隨即派阿古柏領兵攜波羅尼都曾孫布素魯克入侵新疆。1865年9月至1870年間，阿古柏率領浩罕烏茲別克族軍隊相繼攻占了喀什噶爾漢城、葉爾羌、和闐、阿克蘇、庫車、庫爾勒等地，將天山南路各地的暴動首領全部消滅，最後控制了迪化，宣布建立哲德沙爾汗國。至清軍由甘肅進剿時，阿古柏及其浩罕軍隊占據新疆南部達十三年之久。
同治十年（1871年），俄國以防備阿古柏襲擾為由，派兵占領了伊犁一帶，聲稱「代為收復」，待中國軍隊肅清內亂時歸還，實則圖謀永久割占。
同治十二年（1873年），清軍基本平息了陝西、甘肅的叛亂，籌備恢復新疆。光緒元年（1875年），清廷以陝甘總督左宗棠為欽差大臣，督辦新疆軍務。次年，清軍收復迪化、昌吉、綏來（今瑪納斯縣）。光緒三年，阿古柏服毒自盡。清軍收復天山南路。
| 新疆建省前行政區劃圖（1820年） |
清同治四年（1865年），浩罕汗國阿古柏入侵喀什噶爾、阿克蘇、迪化等地。光緒二年（1876年），陝甘總督左宗棠率官軍出甘肅，7月入迪化，次年1月攻占和闐，收復了新疆大部分地區。光緒七年（1881年）從俄國手中收復伊犁。光緒十年，左宗棠奏請設立「新疆省」，由陝甘總督管轄，行政中心由伊犁移至迪化。新疆省初置鎮迪道、阿克蘇道、喀什噶爾道、伊塔道4道。至清末已廢除伯克制，有迪化、伊犁、焉耆、溫宿、疏勒、莎車6府，吐魯番、精河、英吉沙爾、塔爾巴哈台、庫爾哈喇烏蘇、哈密、鎮西7直隸廳、庫車、烏什、和闐3直隸州、1散廳、1散州、21縣。
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