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扁桃體（tonsil）舊名扁桃腺[註 1]，是人和兩棲類以上動物，鼻後孔的頂壁或咽與口腔、鼻腔交界處黏膜下淋巴上皮組織所集成的團塊的通稱，因人類張口最容易察覺的齶扁桃體外形像扁桃一樣而得名。
扁桃體是重要的淋巴器官，其產生的淋巴細胞和抗體可對付入侵的各種致病微生物（包括細菌、病毒、寄生蟲等），有抗細菌、抗病毒的防禦功能，是人體免疫系統的第一道防線。
科學家發現，扁桃體菌群與腸道菌群類似，其微生態失調可導致局部免疫激活並誘發全身免疫反應。[1]
扁桃體分為四大群：
- 齶扁桃體（palatine tonsils）張口後肉眼可見，位於咽峽的側壁，軟齶兩側前後柱，即舌齶弓和咽齶弓之間，呈扁卵圓形，表面蓋着粘膜上皮，底面包著纖維被膜，與咽壁的肌層聯繫很鬆，容易分離。
- 舌扁桃體位於舌基部。
- 管扁桃體位於耳咽管周圍。
- 咽扁桃體（又稱腺樣體）位於鼻咽部上背側，進入青春期會逐漸萎縮。
扁桃體屬免疫活性器官（immunocompetent organ），是人體的免疫系統的一部分，主要的作用是幫助身體對抗感染；但只活躍於3至10歲左右，對成人免疫功能的地位降低，成人切除扁桃體通常並不會增加感染機會。
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