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工程科學系（英語：Department of Engineering Science），簡稱工科系。是綜合性大學的一門科系，隸屬於原子科學院、工學院或電資學院的學系，涵蓋核能工程、材料工程、機械工程、電機工程、資訊工程等系所基礎課程的整合性科系。
| 國立清華大學工程與系統科學系 | |
|---|---|
| 類型 | 學系 |
| 地址 |  中華民國臺灣省新竹市新竹市東區光復路二段101號 |
| 建立日期 | 1964年 |
| 隸屬 | 國立清華大學原子科學院 |
| 系主任 | 巫勇賢 |
| 教師數 | 40人（2017年8月） |
| 學生數 | 669人（2017年3月） |
| 大學部 | 405人（2017年3月） |
| 研究生 | 264人（2017年3月） |
| 博士生 | 106人（2017年3月） |
| 網站 | http://ess.web.nthu.edu.tw |
| 國立成功大學工程科學系 | |
|---|---|
| 類型 | 學系 |
| 地址 | 中華民國臺灣臺南市 臺南市東區大學路1號 |
| 建立日期 | 1965年 |
| 隸屬 | 國立成功大學工學院 |
| 系主任 | 潘文峰 |
| 教師數 | 23人（2017年8月） |
| 學生數 | 536人（2017年3月） |
| 大學部 | 230人（2017年3月） |
| 研究生 | 306人（2017年3月） |
| 博士生 | 44人（2017年3月） |
| 網站 | http://www.es.ncku.edu.tw |
| 國立臺灣大學工程科學及海洋工程學系 | |
|---|---|
| 類型 | 學系 |
| 地址 | 中華民國臺灣臺北市 臺北市大安區羅斯福路四段1號 |
| 建立日期 | 1972年 |
| 隸屬 | 國立臺灣大學工學院 |
| 系主任 | 丁肇隆 |
| 教師數 | 28人（2022年8月） |
| 學生數 | 417人（2017年5月） |
| 大學部 | 183人（2017年5月） |
| 研究生 | 234人（2016年10月） |
| 博士生 | 47人（2016年10月） |
| 網站 | http://www.esoe.ntu.edu.tw |
目前台灣擁有工程科學系和研究所的大學有：
而其中除了成功大學工程科學系一開始便稱作工程科學系，其餘校系皆為後來改名而成，如清大工科系原名為核子工程系，而台大工科系原為造船工程系。
工程科學系於世界各地諸多大專院校均有設立，例如哈佛大學、麻省理工學院、北京大學等校。
擁有三種含以上不同領域之工程師及研究員人才，可說是最常代表工程科學系的工作者及服務內容，如：
- 機械工程：從事機構設計、模擬分析、研發工程師、半導體設備及製程（整合）工程師、廠務工程師等。
- 電機工程：從事IC設計、自動控制、網路通訊、半導體工程師等。
- 資訊工程：從事程式撰寫、研發軟體、系統整合、網頁設計等。
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