奄美群島振興開発基金

振興局。總務局除了負責官房事務，還負責擬定沖繩振興開發計畫與監督沖繩振興開發金融公庫（日语：沖縄振興開発金融公庫）。振興局負責與各省廳協調沖繩振興開發計畫個別事務。 2001年1月6日中央省廳再編後，沖繩開發廳與經濟企劃廳（日语：経済企画庁）等整合成為內閣府的內部部局沖繩振興

鐵道建設、運輸設施整備支援機構 國際觀光振興機構 水資源機構（日语：水資源機構）（與農林水產省、厚生勞動省、經濟產業省共管） 自動車事故對策機構（日语：自動車事故対策機構） 空港周邊整備機構（日语：空港周辺整備機構） 都市再生機構 奄美群島振興開發基金（日语：奄美群島振興開発基金）（與財務省共管）

少年自然之家整合成立獨立行政法人國立青少年教育振興機構。另再成立國立奧林匹克紀念青少年總合中心。 獨立行政法人國立青年之家 2006年4月1日與獨立行政法人國立奧林匹克紀念青少年總合中心、獨立行政法人國立少年自然之家整合成立獨立行政法人國立青少年教育振興機構。另再成立國立青少年交流之家。 獨立行政法人國立少年自然之家