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關於相似術語，請見「系統分類學」。
生物分類學（英語：biotaxonomy）簡稱分類學（taxonomy），是關於生物個體的鑑定（identification）、歸類（classification）和命名（nomenclature）的原理和方法的學科；此三要件間有相互依存的關係。生物分類學範圍包括：研究生物類群間的異同程度，闡明生物間的親緣關係、演化過程和發展規律。[1]
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要將生物分類，首先要知道生物與非生物的定義，但是我們似乎沒有辦法準確定義，以病毒來說，雖然可在其他生物體內寄生並複製，但在生物體外卻沒有一般生物的特徵如製造或攝取營養，生殖等現象。又如引起瘋牛病的朊粒（prion）可以造成感染卻無DNA成分，一直以來，DNA被視為生命遺傳物質，經由與RNA的轉錄轉譯過程，形成蛋白質，再進一步形成組成細胞的各個部分，如細胞膜、胞器等，而細胞則是我們長久以來所認為組成生命體的最小單位。
關於如何為生物命名的原則有很多國際協議，例如《國際植物命名法規》（International Code of Botanical Nomenclature，簡稱ICBN）、《國際動物命名法規》（International Code of Zoological Nomenclature，簡稱ICZN）以及《國際細菌命名法規》（International Code of Nomenclature of Bacteria，簡稱ICNB）。第四版的生物命名法規（BioCode）草案在2000年出版，它試圖在5個領域標準化命名，但現在還沒有被正式採納。《國際病毒命名和分類法規》（International Code of Virus Classification and Nomenclature，簡稱ICVCN）是屬於生物命名法規的。
傳統上，生物分為五界(kingdom)，
Copeland提出過四界說：
也有人使用三域系統說。這種分類方法是依據細胞是否有核以及細胞膜和細胞壁的差異。
另有一些不屬於上述所有分類的介於生物和非生物之間的生命形式，即只能寄生於細胞內的病毒，而它們在細胞外並不表現出活躍的生命形式。
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這個列表以NCBI Taxonomy （頁面存檔備份，存於網際網路檔案館）上的分類爲基礎[註 1]。
包含嗜鹽菌、一些超嗜熱菌、嗜酸菌等。
真菌/後生動物組除動物界和真菌外，還包含領鞭毛蟲、魚醉菌等。
即「後生動物」組。
- 等輻骨蟲綱（Acantharea），如等棘蟲。
- 放射蟲綱
- 雙滴蟲類（Diplomonadida），如曲滴蟲、賈第蟲。
- Parabasalidea
- 毛滴蟲綱（Trichomonada）
- 超鞭毛綱（Hypermastigia）
- 異葉足綱（Heterolobosea），如集胞菌。
- 眼蟲門
- 動質體目（Kinetoplastida）
- 眼蟲綱
- 隱藻綱（Cryptophyta）
- 定鞭藻綱（Haptophyceae），如球石藻、等鞭金藻、棕囊藻。
- 不等鞭毛類，除下列分類還包括輻球蟲、蛙片蟲等。
- 囊泡蟲類
- 單孢子蟲門（Haplosporidia）
- 絲足蟲類
- 根腫菌類（Plasmodiophorida）
- 粒網足蟲類（Granuloreticulosea），如有孔蟲。
- 葉足綱（Lobosea），如變形蟲（阿米巴）。
- 黏菌門
- 灰胞藻綱（Glaucocystophyceae）
- 紅藻門，如石花菜、紫菜。
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