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臺灣警備總司令部，簡稱臺灣警備總部、警備總部、警總，是臺灣曾設置的公共安全維護機關，隸屬於中華民國國防部，為中華民國國軍的一部分，在臺灣進入中華民國時期時便已成立。其權責職司戒嚴地區衛戍、保安、後備軍事動員、文化審核檢查、入出境管制、郵件電報檢查、電話通訊監查定位監聽等任務，因任務兼具治安（包括出入境管理）、民事防護、軍事動員及情報治安色彩，在臺灣戒嚴時期是當時八大情治系統之一（法務部調查局、國防部情報局、國防部憲兵司令部調查組、臺灣警備總司令部、國防部總政治作戰部、中國國民黨大陸工作會、內政部警政署、國家安全局）。1992年，警總改制並分為軍管區司令部與海岸巡防司令部，成為現今全民防衛動員署後備指揮部與海洋委員會海岸巡防署之前身。
中華民國在實施緊急狀態或戒嚴的地區設置警備機關，為中華民國國軍的一個分支。歷來的警備機關之名稱不一，或稱戒嚴司令部、保安司令部、衛戍司令部等，任務龐雜，但皆「支前安後」。國共內戰時，中華民國政府將全國分為若干綏靖區，設立剿匪總司令部與警備司令部。依據《戒嚴法》第二條：
- 戒嚴地域分為二種：
- 一、警戒地域：指戰爭或叛亂發生時受戰爭影響應警戒之地區。
- 二、接戰地域：指作戰時攻守之地域。
- 警戒地域或接戰地域，應於時機必要時，區劃佈告之。
戒嚴地區之任務由當地部隊（剿匪總司令部、軍政長官公署、綏靖公署等，常以剿總為最高單位）劃分警戒區與接戰區（綏靖區，中華民國政府遷台後改稱「作戰區」），並由警備部隊於警戒區實施軍事管制。但警備單位之設立因係為臨時性軍事任務編組，無明確法源，僅依賴軍事命令設立；因此解除《臺灣省戒嚴令》及廢除《動員戡亂時期臨時條款》後，警備總部成為黑機關，後來繼承之「軍管部暨海岸巡防司令部」也成為黑機關，直到海巡三法及相關法令通過後才解決。典型情況下，一個警備司令部下管若干警備區，警備區下會依行政區劃分而設立數個警備分區。
作為戰區警戒地之臺灣，亦設有「臺灣省警備總司令部」，最早為接受日本投降而設立於重慶。1945年9月，臺灣省警備總司令部於重慶市成立，任務是負責遣返日本在台戰俘、接收台灣與維持台灣治安，首任總司令為陳儀[1]。這是警總的最早前身。1947年，更名為臺灣全省警備總司令部，由彭孟緝中將出任總司令，正式於臺北市辦公。第一號命令是《臺灣省戒嚴令》。
臺灣警備總司令部將臺灣全境分為5個戒嚴區：
中央政府在1949年退守臺灣後，當時由數個軍事單位（臺灣防衛總司令部、臺北衛戍總司令部、臺灣省保安司令部、臺灣省民防司令部）負責臺灣內部安全，因各單位事權重疊、功能矛盾，為統一事權，當時中央政府高層乃將幾個單位在業務、人員進行合併，成立「臺灣省警備總司令部」兼「臺灣軍管區司令部」。1949年初，臺灣全省警備總司令部改為臺灣省警備總司令部，由陳誠任總司令，彭孟緝為副總司令。5月20日，臺灣省警備總司令部宣布全省戒嚴[2]:8922。1949年9月1日，臺灣省警備總司令部奉令裁撤，分別成立東南軍政長官公署及臺灣省保安司令部[3][4]，任命彭孟緝為保安司令。
1950年12月23日，臺灣省保安司令部為加強社會秩序管制，訂定《臺灣省取締流浪兒童暫行辦法》，以台北市為試驗區，由臺北市警察局及憲兵第四團會同辦理。[5]
1958年5月，臺灣防衛總司令部、臺灣省保安司令部、臺灣省民防司令部及臺北衛戍司令部合併編成「臺灣警備總司令部」，以原臺北衛戍司令黃鎮球上將為臺灣警備總司令；陸軍總司令部戒嚴業務移交警備總部。8月，任黃鎮球為總統府參軍長，黃杰上將接任臺灣警備總司令。[6]:91
1964年7月1日，國防部調整後備軍人動員體制，裁撤國防部動員局，成立臺灣軍管區司令部；臺灣軍管區司令由臺灣警備總司令兼任，高司機關雙全銜為「臺灣警備總司令部、臺灣軍管區司令部」。
1977年，國防部實施「靖安一號」專案，憲兵司令部納編原警備總部北、中、南三個警備營為憲兵第239、240、241營。
1991年，動員戡亂時期終止，時任國防部部長陳履安反對時任臺灣警備總司令周仲南上將之提議，周仲南提議將警總改制為參考以色列編制的「安全防衛司令部」。國防部藉周仲南出國考察之際，在1992年8月1日發佈命令，將警總改制為海岸巡防司令部（簡稱「海巡部」），全銜為「台灣軍管區司令部暨海岸巡防司令部」。1992年，全銜刪除「台灣」兩字。
2000年，海巡部將部分業務移至新成立之行政院海岸巡防署，全銜改為「軍管區司令部」，之後又經過多次改制，成為今日之國防部後備指揮部。以歷史沿革而言，後備指揮部繼承警總之歷史，海巡署則被視為新司法警察單位。
| 歷任 | 任期時間 | 姓名 | 籍貫[7] | 備註 |
|---|---|---|---|---|
| 臺灣（全）省警備總司令部 | ||||
| 第一任 | 1945年9月1日—1947年5月9日 | 陳儀 | 浙江紹興 | 臺灣行政長官兼任。 1947年2月28日，發生二二八事件。 |
| 第二任 | 1947年5月10日—1949年1月4日 | 彭孟緝 | 湖北武昌 | 1947年春季，全銜改為「臺灣全省警備司令部」。 |
| 第三任 | 1949年1月5日—1949年8月31日 | 陳誠 | 浙江處州 | 1949年，全銜改為「臺灣省警備總司令部」。 1949年4月6日，發生台大與師範學院四六學潮[8]。 1949年5月19日，發生基隆中學事件[9]。 1949年7月13日，發生澎湖七一三事件[10]。 1949年8月，「臺灣省警備總司令部」裁撤。分割重組成「東南軍政長官公署」及「臺灣省保安司令部」。 |
| 臺灣省保安司令部 | ||||
| 第一任 | 1949年9月1日—1949年12月20日 | 彭孟緝 | 湖北武昌 | |
| 第二任 | 1949年12月21日—1953年4月15日 | 吳國楨 | 湖北建始 | 臺灣省政府主席兼任。 1952年12月29日，發生鹿窟事件[11]。 |
| 第三任 | 1953年4月16日—1954年6月6日 | 俞鴻鈞 | 廣東新會 | 臺灣省政府主席兼任。 1954年，發生吳麗水案（台南市委會郵電支部案）[12]。 |
| 第四任 | 1954年6月7日—1957年8月15日 | 嚴家淦 | 江蘇吳縣 | 臺灣省政府主席兼任。 1954年，發生郭廷亮匪諜案（孫立人兵變案）[13]。 |
| 第五任 | 1957年8月16日—1958年5月14日 | 周至柔 | 浙江臨海 | 臺灣省政府主席兼任。 |
| 臺灣警備總司令部 | ||||
| 第一任 | 1958年5月15日—1958年8月14日 | 黃鎮球 | 廣東梅縣 | 1958年7月，臺灣防衛總司令部、臺灣省保安司令部、臺灣省民防司令部及臺北衛戍司令部併編成立「臺灣警備總司令部」。 |
| 第二任 | 1958年8月15日—1962年11月30日 | 黃杰 | 湖南長沙 | 黃埔一期，1949年曾率軍轉戰西南進入越南，被法國殖民地政府囚居富國島4年，堅貞不屈、一心返臺故有『海上蘇武』之稱，以鐵腕樹立警總威望，使警總成為國內最具實權機構。 1960年9月1日，發生雷震事件[14]。 |
| 第三任 | 1962年12月1日—1964年6月30日 | 陳大慶 | 江西崇義 | 陳大慶在1957年國家安全局副局長任內（當年警總比國安局更具實權，國安局當年有將無兵、警總在蔣中正支持下，掌握國內情報治安實權），臺北天母發生「524」劉自然事件[15]，因調派軍隊保護美僑，防止反美群眾殺害美僑有功，任內建立警總完整組織架構、情報佈建方式、任務職掌分工，使臺灣在1960年代在安全上成為固若金湯、密不透風的銅牆鐵壁，讓警總權力達到巔峰。 |
| 臺灣警備總司令部兼臺灣軍管區司令部 | ||||
| 第一任 | 1964年7月1日—1967年6月30日 | 陳大慶 | 江西崇義 | 1964年7月1日，新編成立「臺灣軍管區司令部」。 |
| 第二任 | 1967年7月1日—1970年6月30日 | 劉玉章 | 陝西興平 | 黃埔四期名將。大陸時間率軍在湖南與共軍血戰七天、亦曾征戰南北，綽號：劉光頭，劉玉章戰功彪炳，評價多為耿直、誠實。任內發生「陳玉璽案」[16]、「柏楊案」[17]、「彭明敏潛逃事件」[18]、「民主台灣聯盟案」[19]、「泰源事件」[20]...等。因政戰勢力與科員勢力高漲使內部文化發生變化，已無法充分主控警總。 |
| 第三任 | 1970年7月1日—1975年4月6日 | 尹俊 | 湖南邵陽 | 黃埔七期，在1949年12月金門古寧頭戰役中，率國軍與共軍拼刺刀血戰三天的國軍英雄，任內承平無事。 |
| 第四任 | 1975年4月7日—1978年5月31日 | 鄭為元 | 安徽合肥 | 1977年11月19日，發生中壢事件[21][22]。 |
| 第五任 | 1978年6月1日—1981年11月30日 | 汪敬煦 | 浙江杭州 | 中央軍校十六期，任內政治事件多秋。 1979年12月10日，發生美麗島事件[23]。 1980年2月28日，發生林宅血案[24]。 1981年7月3日，發生陳文成事件[25]。 |
| 第六任 | 1981年12月1日—1989年12月4日 | 陳守山 | 福建南安 | 首位臺籍（半山）[26]總司令。 1982年，發生二二八受刑人案[27]。 1987年，發生岩灣絕食事件、綠島監獄事件[28]。 1989年，發生鄭南榕自由時代周刊案[29]。 |
| 第七任 | 1989年12月5日—1992年8月1日 | 周仲南 | 江蘇鹽城 | 1990年7月21日，發生907事件（閩平漁5540號事件）[30]。 1991年7月21日，發生閩獅漁事件。 1991年11月16日，發生郭廷亮命案[31]。 |
| 後備司令部 | ||||
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| 警總的官兵臂章：三環分別代表「警備、治安、動員」，三個環節互扣，相輔相成，共同發揮整體力量，以確保警總任務順利進行。 | |
| 海岸巡防司令部的官兵臂章：中間為龍形徽紋（而非麒麟）。此龍實名為「應龍」，根據《廣雅》記載：「有鱗曰蛟龍，有翼曰應龍，有角曰虯龍，無角曰璃龍。」而應龍是上古時代幫助軒轅黃帝擊敗蚩尤的一頭黃金雙翼神龍。 | |
 |
海洋委員會海巡署的制服臂章。可以看到代表警察的鴿子、海關的天秤與海巡部的應龍。 |
| 後備司令部和後備旅臂章。上方為篆體的「後備」二字。 |
我們是警備鬥士，我們是反共中堅， 治安、民防、動員、警備任務要完成。
敬袍澤，愛百姓，負責任，同敵愾， 鞏固復國基地，支援戰鬥前線；
思同心，行協力，志互勵，學相勉， 鞏固復國基地，支援戰鬥前線。
各地區警備司令部依各縣市別，下轄若干警備分區指揮部，例如台北縣為台北警備分區指揮部，台中縣為台中警備分區指揮部，餘各縣以此類推。新竹和嘉義警備分區指揮部未冠以縣市別。而警備分區指揮部多由團管區司令部兼，這意謂著也有下兼警備分區指揮部的團管區司令部，例如：臺北市團管區司令部。警備分區指揮部兼團管區司令部組織架構之下，設有警備科、動員科、後管科、警備後備營、勤務排等單位，各科科長為中校編階。
警備分區指揮部下設之警備科，相當於陸軍裡的作戰科。裡頭有個戰情中心，設有警備值日、動員值日和政戰值日，也就是說這三個科處的參謀軍官要輪流排值日，排到的人，整天都待在裡頭，所以裡面有三張床。警備科對外負責掌握警備分區內之治安事項，排定山、海防之督導，對內則負責勤務排之教育訓練，以及自衛戰鬥演習。這個科裡頭有許多憲兵官科的軍官。警備分區警備科下轄警備所，所長少校編制，單位性質屬派出之戰情中心，亦肩負督導海防班哨、警察漁港駐在所之責，駐地一般為陸軍海防營營部。警備所下轄有警備站，依海防連設置，駐地多為海防連連部。1990年警備所站改制為警備據點，仍由警備科管轄。
後備營為各警備分區下轄之基幹營架構，平日只有幹部，包含正副營長、營輔導長、五位正副連長及輔導長，於後備動員時召集後備軍人組成作戰力量。山地地區有另設山地後備連。
橋隧連是警備總部擔負全國重要鐵公路橋樑、隧道（臺北市聯外公路橋樑例外，由國防部憲兵司令部臺北憲兵隊負責；但鐵路橋樑仍由警總橋隧連負責）安全防護專責部隊，其前身係四個警備總隊轄下負責橋樑隧道守備的直屬中隊。依1983年警備總部《防堡字第０七二一號令》，對鐵路三百公尺以上、公路六百公尺以上之橋樑、隧道，計八十七座，以一０三個班駐守，計使用七個中隊，兵力一七０四員。1984年「鵬程專案」後，橋隧中隊改組整編為橋隧警備連並改隸各地區警備司令部管制。
橋隧連直屬各地區警備司令部（狀況三生效時依固安作戰計劃改由所在地的陸軍各作戰區管制），下設四個排，連長係少校缺，全國共計七個橋隧連，分屬四個地區警備司令部，除南警部外，各轄兩個橋隧連。
1990年12月9日 「橋精演習」生效，裁撤一０二、二０一、三０一、四０二等四個橋隧連，併重新調整另三個連的編制與部署，計裁九四三員同日生效。餘下三個橋隧連於1992年再以兩階段方式裁撤，4月1日裁撤三個橋隧連的十八個班哨，7月1日裁撤三個橋隧連的連部及十二個班哨，至此橋隧連走入歷史。橋隧安全守護任務，由內政部警政署奉令接手辦理，鐵路部分移交內政部警政署鐵路警察局採機動巡邏方式防護，公路部分則由各縣市警察局轄區派出所/分駐所負責巡邏。
（一）橋隧警備第一０一連：1984年由 警備第一總隊直屬中隊+總隊部 混編改組而成，連部位於 宜蘭縣蘇澳鎮中山路一段264巷底（營區土地多為私人所有，營舎早已拆除，現為空地～附近居民的停車場），1990年12月9日「橋精演習」後之編制為205員，13座班哨，每班編制11～13員。責任區：宜蘭縣轄內臺灣鐵路管理局北迴線、宜蘭線之重要橋樑及隧道守護，1990年12月9日「橋精演習」調整部署向北接收橋隧一０二連位於台北縣舊草嶺隧道北口、三貂嶺隧道南口、福住隧道北口之台鐵宜蘭線三個班哨。1992年4月1日裁撤四個班哨，同年7月1日裁撤連部及所剩九個班哨。
（二）橋隧警備第一０二連：連部位於 新竹市崧嶺路122號 客雅山莊（後改為 新竹大陸人民收容中心，簡稱新竹靖廬，現由內政部移民署使用中）。責任區：基隆市、台北縣市、桃園縣、新竹縣市轄內之重要鐵公路橋樑及隧道守護。1990年12月9日「橋精演習」裁撤，同日台北縣境內 草嶺隧道北口、三貂嶺隧道南口、福住隧道北口 三座班哨移交予橋隧一０一連。
橋隧警備第二０一連：由 警備第二總隊直屬第二中隊改編而成，連部原位於台南縣官田鄉台鐵拔林車站旁的拔林營區，1985年底遷至高雄市金獅湖旁的覆鼎金營區（營舍早已拆除重建，現為高雄市後備指揮部，地址：高雄市三民區武功巷52號）。責任區：曾文溪到屏東林邊溪之重要鐵公路橋樑守護，因台南、高雄、屏東為平原地形，所以僅有橋哨班，無隧道班。1990年12月9日「橋精演習」裁撤。
（一）橋隧警備第三０一連：前身為 澎湖獨立警備第十一大隊第三中隊，1980年年中自澎湖西嶼移防花蓮縣玉里鎮玉里國中旁之玉里南營區，整訓後編成警三總隊直屬中隊，擔任橋隧警備任務。1984年7月1日「鵬程專案」改編為橋隧三０一連，並將連部由花蓮縣玉里鎮玉里南營區遷至 台東縣關山鎮崁頂路的崁頂營區（三軍共用營區～砲兵基幹營、潛龍台、橋隧連連部，營舎已於2009年拆除）。責任區：從台十一甲線的台東大橋班到台鐵花東線的光復隧道北口班，1990年12月9日「橋精演習」裁撤，同日將台鐵花東線光復隧道的光復南口、北口兩個班哨移交予橋隧三０二連。
（二）橋隧警備第三０二連：連部曾分別在 花蓮縣新城鄉三棧社區、花蓮縣鳳林鎮（營舎已拆除改建為 鳯林鎮戶政事務所）、花蓮高工旁的警興營區，後於1989年由警興營區遷至東警部內。責任區：從花蓮縣和平到壽豐間之重要鐵公路橋樑隧道守護，1990年12月9日「橋精演習」調整部署向南接收橋隧三０一連位於台鐵花東線光復隧道南口、北口兩個班哨。1992年4月1日裁撤五個班哨，同年7月1日裁撤連部及所剩五個班哨。
（一）橋隧警備第四０一連：由 警備第四總隊直屬第一中隊改組整編而成，連部曾分別在苗栗縣銅鑼鄉 台鐵銅鑼車站旁、台中縣后里鄉后里馬場旁的七星崗營區、三義鄉大安溪橋旁的鯉魚潭班哨（現由三義鄉鯉魚村辦公室、鯉魚社區守望相助隊使用中），1991年遷入中警部內。責任區：北起中港溪，南迄大甲溪。1992年4月1日裁撤四個班哨，同年7月1日裁撤連部及所剩三個班哨。
（二）橋隧警備第四０二連：由 警備第四總隊直屬第二中隊改組整編而成，連部位於彰化縣二水鄉 台鐵二水車站附近（營舍早已拆除，原地改建，現為 彰化縣二水鄉立托兒所，地址：彰化縣二水鄉山腳路二段64巷17號）。責任區：北起大甲溪, 南迄八掌溪。1990年12月9日「橋精演習」裁撤。
1964年4月20日奉國防部《明智字第０一四七號令》訂定公佈「臺灣地區鐵路公路沿線橋樑隧道防護細則」，1992年9月25日奉國防部《伸信字第六五二八號令》發佈廢止。 施行期間多次檢討派駐標準，臚列如下：
一、橋隧連，對於下列標準之橋隧，須派出部隊駐守，其兵力通常為一個班。
（一）鐵路橋樑隧道，長度在300公尺以上；公路在600公尺以上者。
（二）易遭破壞，且附近無其他橋樑或道路可資繞越又不易開設便道者。
（三）檢修困難者。
二、同一河川之橋樑、或綿亙連接之隧道在300公尺半徑內，可以一個駐守部隊兼顧。
三、凡未派隊駐守之鐵路、公路沿線橋隧，應由附近之警備分區負責游動巡邏。或由各縣市警察局指揮民防隊隊員機動巡邏；或督導附近居民負責監護。
橋隧連所管制的橋樑，以橋墩或橋支架物的左右兩側最外邊起算，50公尺內不得有任何人為植栽或建築物。橋墩300公尺內，禁採砂石或採礦。
1.哨兵手中不離槍，監視前後左右方。
2.裝具攜帶須齊備，儀容姿態要端莊。
3.鐵路橋隧火車走，勸阻行人莫亂闖。
4.守護橋隧若損壞，最快方法告站方。
5.還要派人兩端去，插起紅旗將燈亮。
6.攝影測繪須核准，危險物品勿攜放。
7.油管通信和電力，兼護方法要週詳。
8.橋墩三百公尺內，禁採砂石或採礦。
9.路局員工來作業，驗證登記是應當。
10.發現可疑人和物，仔細盤查莫擅放。
11.遇有歹徒施破壞，相機捕捉或槍傷。
12.嚴守崗位盡責任，加強警備安後方。
1.我為橋隧警備第OOO連派出之衛兵，位置於此。
2.我的任務為糾察出入營區官兵服裝儀容不整、逾時歸營及禮節不週者，並查驗出入物品及執行人車出入管制，維護責任區內安全。
3.通行於油庫附近人車應特別注意。
4.敵空襲（降）就地監視並回報連部轉達上級、通知友軍。
5.連絡方法晝夜均為電話、電鈴或哨音。
1.我為橋隧警備第OOO連第O排第O班派出之副哨衛兵，位置於此。
2.我的任務是維護營區安全、應變突發狀況、反應緊急事故、管制人員出入。
3.我的監視區域為前至大門入口一線，後至圍牆一線。
4.敵空襲（降）就地監視並回報排部轉達上級、通知友軍。
5.連絡方法晝夜均為電話、電鈴或哨音。
台灣警備總司令部於台灣本島曾經設有四個警備總隊，分別為警備第一總隊、警備第二總隊、警備第三總隊、警備第四總隊，負責警備區域內之山防、海防、河防和橋樑隧道守備任務。另於澎湖置有獨立警備第十一大隊、獨立警備第十二大隊，擔負澎湖海防守備任務。四個警備總隊和兩個獨立警備大隊均直屬警備總司令部。總隊長係上校編階，大隊長及獨立警備大隊長則係中校編階。
由於直屬總部，所以各警備總隊的轄區未必與各地區警備司令部轄區相同。
警備學校前身為警備總部幹部訓練班，成立於1958年12月1日，原址於台北縣新店市大崎腳營區，亦即青溪山莊（就在法務部調查局展抱山莊的斜對面），主要任務為培育警備幹部，為配合建軍及任務發展需要，於1981年7月16日，奉國防部核定將位於台北縣淡水鎮忠莊之前國防部情報學校編配台灣警備總司令部，至1983年6月1日與幹訓班併編（幹訓班同時裁撤），並於同年11月1日正式定名為警備學校。軍事院校應屆畢業生分發抽中警總學生，畢業前須先至警備學校接受分科教育，以便瞭解警備、保安、特檢、特調、漁事等警備總部戒嚴時期之工作，以及台灣軍管區司令部負責之後管、動員任務。
1991年5月1日動員戡亂時期終止，一年之後，台灣警備總司令部於1992年8月1日零時裁撤，警備學校校名則奉國防部1993年5月7日令更名為後備動員管理學校，隸屬軍管區司令部，並配合預算年度自1993年7月1日生效迄今，負責培育全軍之動員後管專業幹部。2002年3月1日軍管區司令部為因應國防二法施行，更名為後備司令部，後備動員管理學校校名及組織架構均維持不變，繼續負責後備司令部各級幹部教育訓練及後備幹部訓練工作及代辦地方各級役政、警政、戶政與動員作業相關幹部訓練任務。
警備總部所屬警備開發總隊，原定名稱是警備生產總隊，成立於1961年7月16日，裁編於1975年。目的在於負責台灣東部公有土地之開發及一般設施之興建，以養成待退除役官兵之就業技能。在作戰時以警備任務為主，非作戰時以開發任務為主。警備開發總隊之編成人員，來自於不適服現役之陸海空軍士官兵，此處指的自然是大陸來台的士官兵，且以陸軍士官兵為主。為此，陸軍特別成立輔導總隊，並於1961年首次撥交警備開發總隊510員，並以八個中隊缺員編成就緒。其後之第二批和第三批，均各撥交警備開發總隊1500員。警備總部共有兩個開發總隊，其中警備開發第一總隊位於花蓮縣吉安鄉光華村，其成員退伍後多定居於此，亦多與阿美族女性締結連理。警備開發第二總隊則位於台東縣台東市知本，從修築利嘉溪堤防，開發荒地，一路演變至今日之行政院國軍退除役官兵輔導委員會台東農場知本分場。
警總蛙人部隊，簡稱海上隊，編制於各警備總隊，負責執行近岸海上警備任務，義務役士兵為三年役期，完成海軍陸戰隊屏東龍泉營區新兵訓練後分派警總再接受九個月專長訓，「鵬程專案」後改隸各地區警備司令部。1986年9月16日零時起，移交國防部軍事情報局，隸屬軍事情報局海上工作隊，但仍受警總作戰管制，亦仍執行原任務。
台灣警備總司令部繼續執行戒嚴令，直到1987年7月14日，時任中華民國總統蔣經國頒布總統令將戒嚴令取消。1991年4月30日，總統李登輝宣布動員戡亂時期終止。警總隨後於1992年8月1日零時改制為海岸巡防司令部和軍管區司令部。
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1949年，因第二次國共內戰失利，中華民國政府退守來臺。1949年5月19日時任臺灣省政府主席兼臺灣省警備總司令陳誠發佈臺灣省戒嚴令實施全面戒嚴，警總以軍事機關取代中華民國警察及中華民國國家安全局，以軍事作戰任務編組擔任治安以及情治任務，戒嚴地區實施軍管，以軍法為治理基礎，實施違警罰法，雖然戒嚴後期，隨著社會穩定，直接移送軍法案例較少，但「和平時期人民不受軍法審判」仍為抨擊戒嚴與警總管制之焦點，最廣為人知的，各地公共電話，均貼有「破壞公共通訊設備者，以軍法審判」之小字條。面對軍事統治，警備總部被反對人士認為是秘密警察單位而非軍事單位，以軍事保安之名，對臺灣人思想控制，並大興文字獄，引發白色恐怖。除了對異議人士進行約談逮捕外，更實行黑名單及返台加簽制度，禁止一些對中國國民黨不滿之人進入臺灣。
警總有三大工作：「軍事性、政治性與社會性」。憲兵往往支援警總任務。
憲兵支援警備總部兩大工作如下：
（一）警備：計有警備作戰、海岸警備、山地警備與衛戌作戰。
１. 在警備作戰方面：主要運用憲兵之都市戰鬥性、情治、特戰力量，執行反滲透、反騷亂、反突擊、反破壞等任務，以確保國家安全。
２. 海岸警備：以海防班哨之強化，建立海岸警備，嚴密檢查管制，採取「點」之守備，「線」之巡邏，「面」之攔截，並加強海防督導，貫徹執行。
３. 在首都衛戌作戰方面： 以全面治安為基礎，憲兵採取警衛、安全、反騷亂等措施，以維護領導中心拱衛臺北市中樞安全。
（二）保安：主要工作為情報蒐處，肅奸防諜與治安維護。
１. 情報蒐處：基於維護國家安全與社會治安需要，以後備軍人及憲兵情報蒐集情資，供上級整理研判、運用，以利保安任務達成。
２. 肅奸防諜：主要採取肅奸防諜調查機構功能、偵防措施，防止敵人滲透，發掘潛伏敵人，檢肅顛覆活動，摘奸發伏，淨化內部，確保國家安全。
３. 治安維護：本於「消患於未萌，弭禍於無形」為最高原則，與各治安機關合作剷除治安病害，如取締流氓黑幫、查緝非法槍彈等 。與處理治安事件，如非法遊行滋事、破壞社會秩序等，以及選舉治安維護、保安檢查等工作，以期淨化治安環境，維護社會安寧。
這時，警總保安處成為臺灣八大情治機關之首，即使解嚴後，到了海巡部時期，保安處改編為情報處編制，惟安全情報蒐集則轉以反走私、反偷渡、反滲透為主。
所謂文化審檢部份，則以對大眾傳播媒體、出版品檢查與限制最為反對人士批評，1979年~1985年，政戰特遣隊依國防部命令支援警備總部政六處進行專案查緝及佈點工作，解嚴之後此類任務則轉由行政院新聞局負責。
另外就是入出境管制，保安處在機場、港口指揮軍憲警防止非法入出境，所謂黑名單就是針對此業務，此業務後轉為警察、海關以及移民署執行。
另外海岸管制與反走私、反偷渡治安任務，解嚴後則衍生海岸巡防司令部。
1987年7月15日，為時38年的戒嚴時期正式告終，軍管解除，隨著臺灣實現民主化，中央政府開始減少監控人民，警備總部的重要性開始減低，治安任務開始陸續移交內政部警政署......等警察單位（如：保安警察總隊、各縣市警察局）、海關、憲兵、調查局。1992年8月1日零時，因應動員戡亂時期終止，裁撤「臺灣警備總司令部」，新設海岸巡防司令部。
中華民國第16任總統擬參選人郭台銘於2023年5月9日指出，警備總部應該要回歸，里長要去受軍訓、因為開始要打巷戰。[39]
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