肺孢子菌綱（學名：Pneumocystidomycetes）是子囊菌門的一個綱，只有一目、一科、一屬，是外囊菌亞門中一類比較原始的真菌，直到20世紀初才被發現，是一種類酵母菌，寄生在人類和哺乳動物的肺中，其中最早發現的是P. carinii，寄生在鼠類的肺中，於1909年發現，直到1945年才發現是P. jirovecii寄生在人類的肺中，導致人類發生肺孢子菌肺炎（PCP）。
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