巴賽語音系（英語：Basay phonology）為巴賽語之音系。而其音系之音位大都使用適當的Unicode符號來標示。在台灣南島語的書寫系統的訂定上，元輔音之音系表原則上都是先「發音部位」(橫列)、後「發音方法」(縱列)、再考量「清濁音」，來訂定其音系之音位架構。[1]
自1990年代之後李壬癸院士的研究提出該語與噶瑪蘭語(Kbalan)似乎較為雷同。與噶瑪蘭語在詞彙，音韻，構詞，句法，語音等方面不但對應也極相近。[2]
除大台北地區，基隆市，新北市金山區、萬里區、瑞芳區、貢寮區等外，宜蘭縣"社頭"(trobiawan,哆囉美遠)族群亦歸屬為巴賽語群。[3][4] 而宜蘭縣"里腦"(linaw)族群用語亦歸為巴賽語相近之語系。[1][5]
使用17個拉丁字母，一個二合字母/ng[ŋ]/，全部18字母。字母分為元音及輔音二大部分。元音4個（i、u、e/ə/oe、a），輔音14個（p、b→{v}、t、c、k→{q}、m、n、ng、s、z、l、r、w、y）、另加上2個輔音語音轉換字母（{v}、{q}）。因/ng/沒有用在單詞的開頭故無大寫。聲門塞音/ʔ[']/，或用撇號/'/符號、或則省略。[6] 其餘字母(d,f,g,h,j,o,q,v,x)用在增音、特殊表示，及外來語上。[7]
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巴賽語基本上有4個元音字母，14個輔音字母，1個聲門塞音符號。[6] 輔音分清濁，不分送氣與不送氣；有輕重音之語氣表現，但無類似閩南語的聲調。[8] 新北市貢寮區 babang（新社/B）及宜蘭縣trobiawan（哆囉美遠/T、社頭）二地區語音上有/b/→/{v}/及/k/→/{q}/之音變轉換。[6] 台灣南島語的書寫系統的訂定，原則上都是先「發音部位」（橫列）、後「發音方法」（縱列）、再考量「清濁音」，來訂定其書寫字母。[9] 輔音/d/,/g/,/h/,/x/，及半閉元音/e/與/o/均作增音時使用。須注意中央元音/ə/用/e/表示，須與半閉前不圓唇元音/e/有所區別。/auw/或/au/可用/aw/替代，/ai/可用/ay/替代，/eu/與/eo/可用/iw/替代，/oi/可用/uy/替代。[6]
從音變過程不但可以觀察出語種之間的連繫關係，亦可以看出語種在時間流程上之演化進程。巴賽語及噶瑪蘭語之語音關係、在音素方面，除了*p, *b, *m, *N, *w, *y, *i, *u 基本保持不變外，兩者亦有五種共同的音變。且其中兩種音變只存於巴賽語與噶瑪蘭語：(1).*j, *n 與 *N 的合併、(2).*k 的分裂為k 與q，屬於這兩種語言的共同創新音變。且巴賽語也保存了古南島語的一些語音如/bukəS>bukəs/(頭髮)等。[4][2][10]
以下列出巴賽語、噶瑪蘭語，及原始南島語（PAN/古南島語）等之語音對應關係。[11][10][12]
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1). 語音對應關係(1)：
| IPA
| p | t | k | q | β | z | ʁ | ɬ | ɮ | s | ɾ | s
| | 巴賽語
| p | t | k | h | b | z | r/l | l | /l/ | c | r | s
| | 噶瑪蘭語
| p | t | k | q | b | z | x/R | l/d | l/d | s | r/l | s
| | PAN
| *p | *t/C* | *k | *k | *b | *Z | *R | *d | *l | *s | *r | *S
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2). 語音對應關係(2)：
| IPA
| m | n | ŋ | w | y | i | u | ə/u/i | a
| | 巴賽語
| m | n | ng | w | y | i | u | e/u/i | a
| | 噶瑪蘭語
| m | n | ng | w | y | i | u | e/i | a
| | PAN
| *m | *n | *ng | *w | *y | *i | *u | *e | *a
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於1936年10月台北帝國大學人類學教授淺井惠倫對新北市三貂社(Santiago/Ki vanow-an)新社巴賽語發音人「潘氏腰」(時年75歲)進行語音記錄之研究。[13][14]。 其中一支「祭祖歌」，歌詞如下：[15]
- Sa-tzay-an na spaw ki vanow-an (三貂社祭祖歌)
原文：Naqai, ilainata punaririn imu, baki, bai kakazaui.
中文：來！祖父，祖母，咱獻酒供食予你們。
拉丁：Naqa-i! ilainata puna-ri-rin-imu, baki, bai ka-kazaui.
原文：Qamenimau punu-wanak-ake nuvayp-aku, palalamau cilakcaki.
中文：希望我兒子、孫子們平安幸福！
拉丁：Qamenimau punu-wanak-ake nuvayp-aku, pa-la-lamau cilak-caki!
陳志榮 著,"噶瑪蘭人的宗教變遷"存档副本. [2010-04-04]. （原始內容存檔於2010-06-12）.,平埔文化資訊網,2009-11-18. 李壬癸/中央研究院,"巴賽語的地位"[1][永久失效連結],LANGUAGE AND LINGUISTICS 2.2:155-171,2001. （巴賽文） SIL International,"Ethnologue report for language code: byq"[2] （頁面存檔備份，存於網際網路檔案館）,Ethnologue-Languages of the World,2011. 李壬癸(1999), 「Some Problems in the Basay Language」,台灣南島語言論文選集(第1冊),中央研究院語言學研究所,台北,2004/11,p.481. ISBN 957-01-8413-2 GPN 1009303036 （英文） 李壬癸(Paul Jen-kuei Li),"臺灣南島語言的語音符號(Orthographic Systems for Formosan Languages)",教育部教育研究委員會(Ministry of Education ROC),臺北市(Taipei),中華民國八十年五月(May 1991).
國立自然科學博物館(2001)，人口與分佈，見南島語族 [online]。台中：國立自然科學博物館。[引用於2005年1月19日]。全球資訊網網址：存档副本. [2004-12-06]. （原始內容存檔於2004-12-06）.。 行政院原住民族委員會,"原住民族語言書寫系統"存档副本 (PDF). [2017-06-01]. （原始內容 (PDF)存檔於2011-02-12）.,台語字第0940163297號,原民教字第09400355912號公告,中華民國94年12月15日. 李壬癸,"台灣北部平埔族種類及其互動關係"存档副本. [2013-03-02]. （原始內容存檔於2013-06-17）.,台灣北部平埔族種類及其互動關係,2009-11-18. Paul Jen-kuei Li ,"Origins of the East Formosans: Basay, Kavalan, Amis, and Siraya"存档副本 (PDF). [2014-02-02]. （原始內容 (PDF)存檔於2009-03-27）.,Academia Sinica,LANGUAGE AND LINGUISTICS 5.2:363-376, 2004. 拍攝者:宮本延人,"貢寮新社平埔老嫗潘氏腰"[3],人類學:臺灣原住民族:平埔族群:凱達格蘭(Ketagalan):影像-數位典藏與學習聯合目錄,攝製地點:台北州基隆郡貢寮莊新社/社名:三貂新社/行政隸屬:台北縣貢寮鄉雙玉村,攝製時間:昭和11年（1936）10月. 噶瑪蘭與凱達格蘭/藏品資料/靜態影像,"(新北市)貢寮新社平鋪老嫗潘氏腰(照片)"[4] （頁面存檔備份，存於網際網路檔案館）,國科會國家型科技計畫─臺灣大學數位典藏創新應用前鋒計畫(EPEE)/1930年代臺灣平埔族群影音資料整合應用與推廣放映計畫,2011.
- 本土信徒總檔,"訪記「北投社」凱達格蘭人潘慧耀長老"[5] （頁面存檔備份，存於網際網路檔案館）,賴永祥長老史料庫,2011年.
- 莊華堂,"巴賽風雲",唐山出版社,2007/09/01.ISBN 9789867021540
- Jack Ryalls, Susan J. Behrens,"Introduction to Speech Science--From basic theories to clinical application(言語科學概論--從基礎理論到臨床應用)"[6] （頁面存檔備份，存於網際網路檔案館）,World Publishing; 1 edition (April 24, 2003),pp.167. ISBN 978-0205291007
