中国环境史论述中国自然生态景观的改变，探讨历史上人与生态环境间的互动关系[1]:107、104。中国改造和利用自然的程度，在前现代世界几乎无出其右[2]:336；其改变环境的程度，很可能比世界上任何一个国家对环境的改变都大，基本理念是开发自然，为人所用[3]:28。
中国历史上生态环境整体的趋势为持续恶化，至1970年代末期环保意识抬头才开始改善。历史上其变迁速度越到后来越快，变迁最剧烈的是大片森林的消失，其次是草原的缩减与沙化，以及淡水湖泊面积缩减或完全湮没[4]:105。随著中国人口增加，3000多年来的垦殖活动增加了耕地面积，却大量破坏了森林，引起沙漠面积扩大和湖泊面积缩小，生态环境严重恶化[4]:2；中国人清除森林和原始植被，将山坡变成梯田，把低谷开垦成农田，修堤筑坝，叫河流改道，让湖泊迁移，并为了经济发展而破坏野兽的栖息地。经历这番开发和改造后，到清代，可称为“自然”的净土所剩无几[2]:333。在20世纪后期，工业化与消费文化的崛起，加速了自然环境的变迁[5]:1。
从春秋战国起，早期中国官府会保护逐渐减少的森林资源，有时是为了加以垄断。从唐代到清初，中国是地球上生态最有弹性且最富资源的国家，也是生态最多样的政体[6]:43-44。在唐代，林地日渐私有化；到宋代，在长江下游和西部部份地区木材开始短缺，人们开始造林。近300多年，中国出现森林危机[2]:91。从18世纪起，木材在很多地区都严重短缺，包括岭南地区；人们集中栽培速生树种，有时甚至卖掉尚未成熟的树木以图利[2]:90。人工造林在过去的一千年间，渐渐取代了中国南方大部份的天然森林[7]:309。中国古代原有众多湖泊，后来许多湖泊湮灭，从地面上消失，尚存者的湖面面积，也较以前大为缩小[4]:89。
从明中叶起，由于人口激增，中国人对环境造成的总压力跟著快速增加[8]:73，明清两代人口遽增的同时，土地资源短缺，普遍滥垦滥伐，使森林和湖水面积都不断缩小，造成水土流失[9]:49，生态环境恶化，导致历史后期水灾和旱灾的增加[4]:123。中国生态环境恶化最严重的时期，是清中叶乾隆、嘉庆两朝（1736—1820），这一时期粮食的亩产量亦告下降[4]:124。农业人口的增长，将多数生态景观改造成农田，觅取野生资源的机会越来越少[7]:318，农业生态系统比野生生态系统往往简单得多，一般依靠少数几种物种，容易受干旱、虫害等灾害的影响[7]:304。精耕细作的农业所到之地，就是大象等野生动物退却之处[2]:89。
史前
农业发展前，人们为生计而狩猎，或从森林、草地或湿地中采集食物，对环境影响非常小。狩猎采集者也许会用火来清除森林中的矮树丛以让新草长出，吸引鹿群来觅食而更易于猎杀，但森林还是会保留下来。约一万年前，随著农业的扩张，森林开始让位于农田[5]:1、31。新石器时代早期，人们种植黍类，同时捕鱼、狩猎和采集野生植物[7]:50。在中国北方和南方，农业几乎同时出现，南方种植的是一年生野生水稻，北方则是两种稷。在8000至7000年前，稷的种植发原于黄土高原渭河流域的半干旱稀树草原[5]:32、41、48，在农业生产之前，该区的原始植被是森林和草原，约有30%的土地是森林。黄土高原的黄土性质松软，在农业发展的早期，农耕器具笨拙而不坚利，黄土最易于耕植，所以黄土高原成为人类早期发展农业的主要地区[4]:34、32。在华中和华南，水稻沿者河塘湖岸或在淡水沼泽里生长，在洞庭湖周边，野生水稻尤其丰富，为新石器时代人们所采集。在公元前5000年，水稻种植已广泛分布于长江流域、台湾和华南，定居式农业群落在中国中南部广泛存在并确立下来[5]:35-36。
公元前6000至前5000年，关中地区农民开始烧地以耕种，人们不会一直耕种同一块土地，而是会在每一片土地上耕种几年，然后抛荒数年再来烧地耕种。由于土地资源丰富，村民可以长期休耕，毋需给田地施肥[7]:70、79。农业耕作随著迁徙的人群先向北扩散，然后向东进入覆盖森林的黄河流域和华北平原[5]:48。虽然人口稀少，但人类已减少了平原上动物的多样性。在关中以西森林覆盖的山区，动物的多样性显然高于平原地区。大型鱼类越来越少见，村民较多使用渔网而减少使用鱼叉[7]:72、84。人口日益增长，开始过度开发可以狩猎或采集的资源，迫使人们更加依赖谷物。随著农业发展，人们学会种植更多植物，饲养和驯化更多动物[7]:86、50。大约在公元前6000年前，野猪在黄河和长江流域被驯化为家猪[10]:159。公元前5000—前3000年，即仰韶文化时期，黄河流域中部的人们开始大为依赖驯化的动植物，人们越来越依赖牛、羊、马等驯化物种，可以开发此前难以利用的旱地[7]:75、90。农人一开始焚草开荒，使用石锄和石锹翻开土地，随著黄土高原农业日益发展[5]:42、46，日益增加用火和耕作，导致水土流失[7]:94，土壤侵蚀，增加了黄河携带的泥沙量，进而抬高了河床和河岸，导致华北平原的洪泛区范围更加扩大[5]:46。
定居农业需要清除森林以便开荒种地。农耕增加食物供给，人口因而增加，需要开垦更多土地。仰韶文化的人们逐渐发展出一套清除森林、开垦农田的方法，起初在村落附近的森林开辟一块土地就够了，但时间一长，随著技术进步与人口增加的压力，更多的森林遭毁灭。用石斧伐木太费时费力，放火焚烧森林则既不可控制，也相当危险，当时人们运用一种通过环剥树皮来清除单棵树木的方法，即从树干上剥掉一圈树皮，阻此从根部吸取水分和养分向上输送，让树木自然枯朽。这种方法可以精确清除指定数量的树木[5]:31、49。村民清理聚落周围的大部份森林，以备柴火和耕种，湿地也在减少[7]:80-81。在长江流域和黄土高原，两个农业系统滋养了越来越多的人口，由于不进行休耕，用来畜养牲畜的牧场则越来越少。不过，新石器时代的农民始终没有大范围改变环境，到公元前2000年，中国北方村落的数量大概有1000个，村落一般只住有数百人，占地不大[5]:45、50，分散在各处，为野生动植物留下充足的空间[7]:75。
商代
商朝具有广袤的领土和稠密的人口，聚落范围西北部的边界，与今天51厘米（20英寸）降雨量的地区边界一致。此雨量线以西以北的地区都是不适宜耕种的草原和沙漠。商文明所辖土地，从以橡树为主的落叶阔叶林，向南一直延伸至混合了落叶林与亚热带森林的长江流域[5]:56、62，主要农作物包括两种稷、水稻和桑树，开始将华北平原转变为农田，但当时这里仍有大片的森林来提供各种猎物[5]:59-60，老虎、象和犀牛都生活在森林中。中国北方大部份仍是茂密的森林，只是中间有些小块农田，当时约共有400—500万人口居住在华北平原，粮食产量大概每亩一石，意味著中国方应有约10,000平方千米（4,000平方英里）至13,000平方千米（5,000平方英里）的橡树森林被清除。被清除的土地通常会位于森林中间，以便于狩猎。至于安阳等大城市周围乡野的土地，基本都被清理用作农田[5]:63-65。商朝人砍伐森林，方法是一棵一棵地清除，而非焚烧整片森林，以免引起危险和浪费燃料[5]:66。甲骨文中也有焚林的记述，往往与狩猎相关。焚林可以清除天然植被，以便农耕；林火可以把野兽逐出森林，易于猎捕；焚林驱逐禽兽，耕种者获得安全，作物也免受野兽践踏[4]:4。
商代人们建立了城池，并进入了青铜时代。铸造青铜需焚烧大量木材用以开矿、冶炼和铸造，大大影响周遭环境。当森林耗尽时，该座矿山也就被遗弃；铜和锡运抵都城的铸造场后，需要更多木材来提炼[5]:53、56。殷商中心位于洪水多发的平原与太行山之间排水相对良好的地区[7]:131，都邑常迁徒不定，因为殷人是游耕经济，每隔若干年后地力减退，产量下降。当时人民没有良好耕具，只能用火焚的灰烬做肥料，种植农作物，因为不用耜或犁翻耕土地，只利用地表一层的肥力，不出几年地力耗尽，产量下降，农民不得不迁徙另辟新田，这是原始农业的长期休耕制[4]:5-6。商朝在泰山西部及南部有巨大的围猎场，商人不仅捕获鹿、狐狸、狼和獾等温顺的猎物，也能追到大象、老虎和犀牛等大型野兽[2]:35。在人口较稠密的河南低地，农田和家养食草动物逐渐占据了大型哺乳动物的栖息地，人类的牧群逐渐取代了土生土长的动物群[7]:138、98。家养畜群的扩大，减少了野生动物可用的土地，导致了原始牛和野马的灭绝，也导致当地成为东亚第一个大型动物永久消失的地方[7]:100、138。在公元前1000年晚期之前，大型野生哺乳动物从华北低地消失，只在周围人口稀少的山区生存[10]:169。
周代
西周的核心区域位于渭河流域，这是中国旱地农业最先发展的地方。黄土易于耕作，可以年复一年地种植而毋须休耕[5]:84。周人农业逐渐进步，不再迁地长期休耕，而在原耕地短期轮流休耕，多用三年一循环的休耕制，休耕二年，田中任由野草杂木生长，然后用火焚烧田中的次生植被，利用其灰烬为肥料，来年耕种，开始下一循环。这时所焚之林绝大部份是平地的而不是山区的森林[4]:7。渭河为周人提供新鲜水源，而建造房屋和取暖用的木材则可以从南面的秦岭得到。封建制度下，在受封的土地上周人清除森林开辟农田[5]:84-85，以城邑为中心点，一层一层地放火焚烧林地，按人口需要扩展农田，农耕带外围则任由其生长野草及次生灌木，作为牧区， 最外围则是未烧到的林地，留作防卫林及辖区的边界线[4]:7。周人同时把黄土高原上的游牧民从草原驱赶出去，在那里开垦和耕种，当耕地不足时，砍伐丘陵地带的森林[11]:84-85。
在周朝初期，华北平原以至渭河流域仍有大片未开垦的土地，清除森林的范围，从华北平原上商朝的核心地带向东、东北和西北扩展。在东面的黄河冲积平原地势平坦，森林茂密，由于黄河会定期泛滥，这里原本不适合于务农和建造城池，城池只能建在河道南北的高地上。周人用石犁或木犁来开垦土地，拉动石犁出于人力或牛只。黄土地极易受侵蚀，周人会在农田上起垄以减少土壤侵蚀[5]:85-86。周人并不敬畏森林，也没有致力于保护森林[2]:52。随著黄土高原上森林和草原的消失，泥沙流失量增多，黄河逐渐变成黄色[11]:85。周人并渐渐发展出一种思想，认为人类应主宰和控制自然，正确的自然秩序应由人类来主宰环境，野生动物则应被驱赶。在公元前1000年左右，象的活动范围已不再遍布中国，而是向南退到了淮河流域[5]:87-88、73。
早期封建制度下，封国占有一定的领土，其馀的土地则不归任何人管辖[7]:173，山林川泽原是公共开放的空间[11]:51。到东周，随著国家控制范围扩张，政府任命官员对偏远地区的资源开发活动征税[7]:173，为了富国强兵而独占山林川泽，设置关税[11]:51。春秋时代，土地是统治者所有，在封建制度下，诸侯国中的名山大泽归天子所有。山林川泽资源的利用，有时间的限制而无使用者的限制，山林川泽之利是统治者与人民共有的，但使用必须在一定的时间[12]:16-17。各诸侯国很重视山林保护，有严格的林政法规，而且因地多人少，人民破坏山林的动机并不强烈[4]:20。春秋时代中期之后，君主把山林泽薮变成家产，向使用山泽资源的人征税[13]:487，入山采伐林木的人要向政府纳税，等于寓禁于征。林政法令是防止滥伐，山林开放采伐有季节性。逾期入山采伐，或是斩伐不该斩伐的树木，称为“窃木”，要受处罚。有的山林是完全封禁的，违令者刑罚更重[4]:20-21。南方楚国的森林比中原诸侯的多。在公元前6世纪，在今山东东北部沿海地区，森林已很稀罕了[2]:56、51-52。公元前500年左右，铁器开始出现，很快用于农业和制造铁犁，而最初使用铁器农具的是吴国[5]:89、91。
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到公元前4世纪，冶铁技术已在长江流域广泛传播，北方诸侯随之亦开始大量制造铁器。冶铁场需要木材烧成木炭，供给熔炉熔炼矿石，木材相对于矿石而言更为稀缺，大范围的森林砍伐和环境破坏相当常见[5]:91-92、89。在人口稠密的地区，各城邑的外围林地已全部消失，各诸侯辖区农田彼此接壤。因过度砍伐木材，大国国都附近出现濯濯牛山[4]:7。约前300年时，人们已经彻底改变华北的土地，孟子曾批评对牛山森林的采伐。为了增加收入，各国君主纷纷开辟荒地与森林为农田以招募农人，吸引移民，扩大农业人口的规模[5]:8、90。在战国时代，挖掘灌溉河渠是常见的做法，如秦国建造郑国渠，从泾河注入洛河，长126公里，引水灌溉和冲刷淡化泾洛之间的盐碱地，使荒芜之地变成良田[7]:234-235，完成了关中地区的农业垦殖。战国时期诸国争相控制森林、湿地和矿产，任用官吏管理和征税，以此增强国力[7]:242、288。商鞅变法使山林川泽之利成为国君所专有，设有掌理山林川泽税的官员[12]:18。国家占据了曾是共有资源的森林池沼，对领土内自然生态的控制远超以往[7]:301。
关中盆地东部由于农业扩张，水土流失开始加剧。在华北平原人口稠密的地区，农耕区里的牧场越来越少，人口挤占了牛、羊等食草家畜的生存空间，只留下狗、猪和鸡之类可以生活在人类居住地的动物[7]:105、193。周人开发河道沿岸和排水不畅处的湿地，使麋鹿和獐这两种在湿地栖息的动物最终从黄河流域消失。随著耕地的开发，低地上的鹿群越来越少，其他大部份土地被用来放牧牛、绵羊和山羊[7]:113-114。到了战国末期，华北低地的大型野生动物已所剩无几，原始牛、野马和野生水牛最终都灭绝了。从此华北低地的大型动物仅见于国君的苑囿[7]:119、242。北部的秦、赵、燕三国向北方拓展领土，占领了北方的半干旱农牧区，然后向游牧区进一步推进[7]:204，将游牧民族赶出牧场，并筑起长城防御他们的攻击。中原国家需要草原上的资源，尤其是骑兵所需的马匹和放牧用的草场。面对中原的进犯，匈奴结成联盟加以反击[5]:96-98。
战国时代人们逐渐认识到，自然的恩惠不是无止境的，需要适时维护以防止耗尽资源与食物。孟子著重土地管理，认为应实施保持水土的措施，主张王室和富人应过一种有节制的生活，以免耗尽资源。约在公元前250年编成的《管子》指出自然资源是有限的，成功的国君应严格规限资源开发，以免枯竭。不过出于战争的压力，保护资源的政策在各国难得成功[5]:127、125、93。
秦汉
秦汉所创立的农业帝国模式，成为随后两千年中绝大部份中国王朝组建国家的方式。秦朝政府工程浩大，为了供应修建咸阳宫殿和长城所需的木材，内蒙古高原和附近山中的森林都遭到破坏[5]:74、100，秦朝并开发南方的森林[2]:58，使用刑徒来采伐汉江流域上游的森林[7]:292。秦汉政府修建道路，将整个帝国联结在一起，促进了南部、西南部和西北部的农业发展，越来越多的环境为人类所改变。汉代华北平原农业增产，人口显著增长，公元2年全国人口达到6千万，自然的生态系统被农业生态系统所取代[5]:107、110、112。汉代人们知道犁耕翻土及粪田施肥，不需休耕来恢复地方，刀耕火种的粗放耕作制度几乎完全绝迹[4]:9。农田的扩张摧毁了华北平原上的大片森林，到汉朝中期，华北平原的森林基本已砍伐殆尽，唯有太行山和秦岭还维持森林覆盖的面貌。山东半岛上曾被森林覆盖的山丘，已种遍了果树等经济林木[5]:99、111-112。从前中国北方多元化的人居与自然环境，这时已变得单一化了。炼铁场持续破坏森林，在西汉，曾有炼铁场因伐尽了附近山坡上的树木，以致山体垮塌，掩埋了百多人[5]:132、92。
秦国国家垄断山林经营，统一六国后，下令全国“无伐草木”[4]:22，订有限制胡乱开采自然资源的法律，以保护帝国的资源得以再生[11]:56。秦朝有负责管理森林池沼的官吏，他们应对火灾、非法伐木，以及对野生动物的滥捕。国家逐渐控制了山区，对种树造林进行监管和课税[7]:290、308-309。法令上山泽国有，不允许人民长期占有，农业不必向山区发展[4]:16，一般农民不能自由进入山泽林薮。秦汉政府也订立法例禁止人民在指定的月份伐木，统治者还划分出全年都禁止砍伐木材和侵入的苑囿，当中最大的当数长安南边的上林苑[13]:501、494。西汉盐铁专卖之后，山林川泽的禁令更加严格，但仍定时开放人民采伐，特殊情况下政府也会临时短期弛禁[4]:22。秦始皇在咸阳城旁边有个巨大的皇家猎苑，而汉武帝则在与长安城相连的地方修建了范围更大的上林苑，这些猎苑类似自然保护区，里面有山有水，有野生动物、珍稀植物与宫殿。人们意识到无节制的采收对野生食物带来的恶果。秦汉政府也有保护环境的措施，制定名为“月令”的法律，当中规定“毋竭川泽，毋漉陂池”（意即不要使池塘干涸）和“毋焚山林”，但人们并无严格遵守，认为农业发展远比保护环境更为重要[5]:118、127。
为了攻击匈奴，汉武帝动员了超过1250万人，摧毁了匈奴和五个中亚王国，汉军士兵推进到中亚内陆和戈壁沙漠的边缘。中原原本没有多少可用于畜养动物的牧场，汉武帝为了建立骑兵，在西部和北部边境建立了36个牧场，约3万名奴隶派遣到这些牧场负责养马。为了彻底解决匈奴问题，武帝要将占领的匈奴土地从草地变为农田，由汉人耕种和定居。多达百万的汉人从华北平原迁到河西走廊，并由此拓展到塔里木盆地。拓殖和草原环境改造计划相当仔细[5]:101、103：首先建成军事瞭望塔，随后在水源和可耕地的附近，选址修建驻防市镇，由军民将当地开垦成农田，然后建造房屋，配备家具和农具，安置迁移来的汉人，并开始耕作。随著拓殖和屯田计划的进行，军事统治让位于文官管理，整个地区并入汉朝版图。汉武帝在河西一面以军队屯驻，一面移民实边，设置河西四郡及35县，当地人口大增[4]:11。
汉武帝经营河西和屯田政策，加速了河西地理生态环境的恶化[4]:11。在汉代早期，甘肃走廊畜牧业昌盛，有广大的草地，沙漠很小[14]:389，河西走廊内大部份原是草原绿州，水草丰盛，祁连山上有广大的森林。而屯田区位于沙漠边缘，森林本已稀少，屯田活动没有扩植防风林，而是先砍除树木。有时上游屯田区大量用水，影响下游水源洪给，以致河流改道，原有绿洲荒芜消失，终于变作沙漠。如高台县的骆驼城和安西的锁阳城，都受河流人为改道的危害，土地逐渐沙化。沙漠边缘的野草植被原是天然阻滞风沙的屏障，农作物则株与株之间留有大量空隙，难以阻滞风沙，加上农作物在秋季收割，一年中约有一半时间地面完全裸露，而冬季正是风沙最盛之时，屯区农田无任何植被来阻滞风沙，导致沙漠内移。更不幸的是，汉朝国力衰弱时停止了移民实边的政策，人民自屯垦区撤走，旧有的屯垦区变成大面积的抛荒，地面长期裸露，连农作物对风沙的微弱阻滞也没有，劲风便挟带大量沙粒长驱直入，侵向内地，沙漠便逐年扩大[4]:41、12，被犁开的草地开始风蚀和沙漠化，带来持久的环境破坏和种群灭绝。农田没有汉人的维护和水源时，曾经是草原的地方就会变成荒漠，而不会自行回复为草原。在塔里木盆地，汉人开发了绿州而非草场，长远来看这种方式更具有可持续性[5]:104-105。
西汉时为发展农业，清除覆盖黄河中游沿岸的草地；为满足都城对木材的需求，黄河上游的温带森林被砍伐，结果土壤侵蚀[2]:27。黄河流域周围的土地已被清理出来用于农业和冶炼，大量黄色泥沙流入河中，黄河水中据云含有约60%的泥沙[5]:115，黄河变色，开始被称为“黄”河[2]:27。冬季时河水流动缓慢，泥沙在河床中堆积，河床每年都抬高，平均速度是1个世纪大约0.91米（3英尺），洪水泛滥的风险因此增加[5]:116，在前186至公元153年间，黄河堤坝大约每16年决堤一次[2]:28，前168年、前131年、前39年及前29年都溃堤，到公元11年发生历史性的决口，造成黄河改道[5]:116-117。
汉代人们较少到南方发展，原因是当地天气湿热，不适于北方汉人种植的谷物（稷、大麦、小麦）生长，南方原生的多种致命疾病也让北方人却步。这时汉人还没有学会怎样将南方潮湿的环境，改造成高产的稻田[5]:132。在岭南的低地地区，壮族人种植水稻，在同一块土地上年复一年地耕种，而居住在丘陵地区的瑶族则采取刀耕火种的游耕方式，两次焚烧草木之间要等上20—25年。而在沿海和海南岛的黎族则采取更为散漫的粮食种植方式[15]:55-56。
魏晋南北朝
311年的永嘉之乱造成北方人口大减，大量汉人南迁长江流域下游避乱。中国北方迎来了一波又一波的游牧民族，许多汉人则退居到山上的坞堡里[5]:136-137。在4—5世纪时，中国北方有数百个坞堡，地广人稀，大量土地抛荒，汉人和非汉人的统治者都设法让农民重新耕田。入侵者设法抓获汉人农民，再把他们围禁到自己占领的安全地带去，集中到征服者的都城附近。将人掳走后，那些占领的土地即遭遗弃[5]:138-139。伊懋可指出，由于牧民南移，华北的草原和森林重生，黄河决堤次数降至每50年一次或更少[2]:28；马立博（Robert Marks）则认为，北方的森林并没有再生和恢复，因汉朝时大片森林已坎伐殆尽，几乎没有留下种子来源；土地上一直有军队穿行来去，使连灌木丛也难以生长。游牧民族带来食草动物，之前汉人的耕地变成数百万匹马和羊的牧场，羊群啃光植物，抑制树木和灌木丛的再生。老虎的活动空间大幅收缩，其栖息地和食物来源都遭破坏，以致开始攻击人类并食人[5]:140、192。
永嘉之乱中，数十万以至百万的汉人逃向南方长江流域，甚至继续深入到达南海（广州）[5]:142。汉人赶走南方土著，在此定居。南方土地河湖密布，有茂密的森林覆盖著山地和丘陵，原本并不适宜开展农业，长江三角洲和杭州湾地区还不适合人类居住。（战国时越国定居在地势较高的丘陵、斜坡高地或冲积扇上，而不是沼泽和河谷低洼地带。）那些低地充斥苦咸水，水域面积与水位高度都波动很大，处于地势较高平原上的人可以耕作，身处低洼平原及沿海沙地的人们则从事盐业和渔业。当时的门阀世族，从长江下游开始，投入大量人力物力，逐渐将南方土地改造成水稻田，用农田代替森林和沼泽[5]:145-147。为了确保水稻生长，汉人在耕种前需把土地充分整平，在田地周围筑起围堤，并配有水闸来排水和灌水。汉人能排乾和驯服低洼土地，整个长江流域的河谷地区都经过改造，开发稻田以外，结合以能控制洪水的堤坝，大规模地改造了南方潮湿的环境[5]:147-149。在长江下游，新的定居点位于地势较低的平原和河谷，那里适合种植水稻，农田之间则是茂密的山林，居住著蛮、僚、俚和溪这类原住民，其生活方式尚未受汉族同化[5]:144。
东晋时，豪强占夺山湖川泽[12]:21，巨室大族擅占山泽，东晋于336年颁布严令禁止占有山泽，史称“壬辰之制”，但却难以有效执行，结果是豪族违法占山封水，政府无力制裁，平民百姓则无此特权，极不公平[4]:23。由于豪强占山封泽的情形难以法令严禁，刘宋孝武帝时（453—464）改例，一面重申占山封泽是侵占国有土地的行为，一面对既成事实的家产给予承认[12]:21-22，允许私人合法享有山泽的所有产权，但要按官阶等级设限。从此南朝的山林产权是国有和私有并存的双轨制，私人可以合法取得山林产权，山林开放是常态，严格封禁是特殊情况。私人获允许占有山林，在条件好的地方，人民将所占的山地改为梯田，蓄水种稻；条件不良的山地，就变成种粟的山田，沿用早期刀耕火种的休耕制[4]:23、9。
4世纪时，四川地区北部出现了佬人部落，他们栖居于沿河的低地，采取游耕方式，焚毁部份森林后，在草木灰里种植芋头和小米，直到数年后土地养分耗尽，再迁往下一片森林。佬人被汉人迫使离开低地，部份撤退到山区，大部份则选择适应了汉人的生活。在四川地区高地，彝人住在山顶具有防御工事的村庄，为了给牲畜放牧提供草场，他们在山中放火烧林。后来彝人人口渐增而迁入低地森林，仍采取烧荒的方式，改行游耕农业。遇上汉人争夺土地时，彝人则撤回山顶的堡垒[5]:187-188。
隋唐
有唐一代，北方的森林基本已砍伐殆尽[5]:184。隋唐时期，终南山大体只能供应京师的日用薪柴，即使如此，唐中叶以后连薪柴也开始不敷应用，较大的建材要取给于岚、胜诸州[4]:35。唐朝为了保护长安城免遭周围山陵水土流失之祸，并为了提高对自然环境的保护意识，颁布了法令。或许受佛教戒杀生的思想影响，唐朝也制定了限制杀生和限制狩猎时段的法令。人们认识到森林退化后果严重，但却无补于拯救中国的森林。为了供给燃料，长安干道沿线种植的大量树木都被砍倒[5]:180-181、210。中唐时期，今山东、山西（太行山）与陕西地区所有容易接近的松树已砍伐殆尽，主要用来烧取松烟以制墨[8]:79。随著河床持续升高，唐代黄河两岸都陆续建起堤坝，加高河堤需要的泥土从附近挖掘而来，增加了附近土地和河流之间的高度差。渗流将很多低洼地区变成沼泽，而由于水中含有的盐分无法排走，沿河约3.2千米（2英里）宽的带状区域都变成无法耕作的盐碱地[5]:195。
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在唐代，甘肃走廊变成主要的交通孔道和丝路的一部份，人口增加，适合的土地都被拓殖并变成耕地，结果沙漠扩大，敦煌绿州缩小，而沙漠化过程是不可逆转的[14]:389。唐代佛寺也改变了自然环境。寺院一般都建在从未开垦的山区丘陵地带，或其他未使用过的土地上。在隋代，共有4000多座大型寺院分布中南北各地，每座都监督大量农民和奴仆为其耕种土地。寺院周围也植有树木，建有花园和牧场，开垦山区土地为农田、牧场、果园和木材林，将原始森林变成各种多产的乔木林或灌木林，如茶园、果园（以橙树最为常见），并建供木材和竹子等建筑材料[5]:177-178。
在长江三角洲地区，汉人水稻种植大多局限于地势较高的区域，到9世纪时，汉人发明新的水利技术，开始有效垦殖低洼地带[5]:158。那时农民面对的主要问题是洪水泛滥，每年季风性降水给长江造成大洪水，会在中游直至入海口的范围溢出河岸，进入平原、湖泊和沼泽地带。汉人以圩田解决问题，即用土堤将农地完全包围起来，不让洪水进入，堤坝内耕地的水平高度低于环绕周围的洪水或河水，使农民在防洪的同时，能有充足的灌溉水源。不过建造圩田的工作超出了个别农户的能力，往往由富有的地主完成项目。唐代农民又推广稻田养鱼的方法，让鱼类吃掉杂草和按蚊，鱼类的粪便也增加了田地的肥力[5]:169、174。
唐代（以及后来的宋元明清）人们在山地则刀耕火种，称“畬田”，播种前必先砍木，也斩伐灌木与长草。畬田不用犁耕、不翻土，是粗放的耕种方式。砍木以后，等候下雨前夕焚烧地上草木，雨后趁灰烬尚有馀温时下种，不用灌溉，所种的都是旱地作物，如粟或黍。这种粗放的耕作方式无法维持地力，必须迁地休耕，有的是岁迁，有的是种两三年再迁，迁出后原地要七八年才能再生树木和野草，这时可以重复刀耕火种。在畬田盛行的山地，专有一批“畬田夫”，他们自己没有田产，专门四处替人刀耕火种，先约定某家某有畬田的工作，畬田夫虽数百里如期而至，且自备工具[4]:9-10。
隋唐两朝都派军南下岭南并在当地拓殖，和原住民爆发冲突。在水洼和沼泽中，空气湿度很高，寄生虫和蚊子都大量滋生[5]:158、163。地上的积水和河流洪泛之后留下的沼泽地带，使按蚊和疟疾在岭南得以流行[15]:70。在北方汉人看来，整个岭南都遍布疾疫，瘴气（疟疾）流行，热带森林则是各种寄生虫的温床。岭南的瘴气将汉人阻挡在在低洼的河谷以外[5]:162、159，当时汉人大多定居在没有瘴气威胁的广东北部和广西，而生活在河流下游地区的傣族原住民则对疟疾有一定程度的免疫能力[15]:71、73。在多次汉人军队针对原住民的军事行动中，有四份一的兵力损失于疟疾；黄巢的部队也因疟疾导致30%—40%的死亡率后撤出岭南北上。汉人在瘴气前策手无策，岭南西部以及更西的云南一直掌握在当地原住民手中。华南更彻底的环境变化，还要等到汉族人口更为庞大和密集才会发生[5]:162、160。
在唐代，岭南大部份地区仍为森林所覆盖，但高地上的原生落叶阔叶林已被烧光，继之以次生的针叶和杉树林[5]:160。当时西江、北江和东江下游都是沼泽密布而难以耕种的[15]:73。对瘴气免疫的原住民傣语族群在低地耕种，在山谷中种植水稻；而俚、苗、瑶等则在地势较高的山区从事游耕[5]:157、159，采用刀耕火种的方法，不断迁移，以农业生产和狩猎、采集相结合[15]:67。莫徭人秋收后即在高地山林中狩猎，燃烧荒草以促进新草生长，吸引鹿群来觅食，以便猎杀[5]:157。汉人和他们一样刀耕火种，在冬季干燥的月份烧掉山坡上的森林，然后很多农家一起往灰烬中播种，收获上几年，然后迁移到另一块土地重新安营扎寨，让原来那块肥力已竭的田地再去生长植物[15]:67。在南方较高的坡地上，特别是长江与西江的分水岭一带，常开辟森林来种茶。不同于一年生长的作物，茶树为土壤提供一定种度的保护[8]:80。高地上的居民也采用环剥、摘心和砍伐等方法来清除山林，在浓密的树盖中间开辟空地，让阳光照到地面，以便种植芋头等块根作物[5]:158。在河流上游刀耕火种的生产方式侵蚀了山区，导致土壤流失进入西江、北江和东江的下游地区，沉积在西江、北江和东江下游的洪泛区，成为肥沃的泥土，同时也带来洪水和疟疾的问题[15]:68。
在福建地区，原住民越人语言属南岛语系，主要以渔猎为生，可能也以刀耕火种方式种稻。闽南很多地方都是咸水沼泽，也是咸水鳄的栖息地，内陆的山峦阻挡了汉人进入这区域，因此汉人来到东南沿海要比进入岭南晚得多。到8世纪，福建地区的汉人移民开始增多，在当地建立河坝和开发稻田。汉人不仅和环境和咸水鳄搏斗，也用军力迫使越人离开山谷，唐朝设置了屯田以控制当地。很多原住民都逃到山区，馀下的则接受汉人同化；越人和咸水鳄都消失，取而代之的是汉人及其农田[5]:161。
宋代
自宋代起，南方与北方的生态条件有了相对变化。北方生态系统逐渐恶化，森林大量减少，地面失去气温调节的机能，年平均气温下降，无霜期缩短，农作物生长期随之减少。同时降雨量也日减，北方变成半干旱地区。天然植被严重破坏后，水土流失严重，加上黄土高原土壤松软，易受冲刷，于是北方大部份河流含沙量增加，造成淤积和水患，其中尤以黄河为甚，逐渐变成地上河，下游经常改道，北方平原的湖泊相继被填平，蓄洪滞洪的天然机能消失，水灾频仍。同时期南方则尚能保持生态平衡，由于气温与雨量较高，天然植物的自我更生机能较强，整个生态系统不像北方那样脆弱，恶化过程比较缓慢[4]:14-15。
中国在汉唐顶峰时期人口均超过了1千万户，在宋代则达到2千万户，即1—1.2亿人口。到1000年时，几乎整个华北平原都变成农田。到1070年代中期，太行山已失去其松树林，变得光秃秃[5]:172、217、199。宋代木材短缺，影响了钢铁工业。钢铁冶炼原本依靠木炭作燃料，但宋代蓬勃的钢铁业却因木柴和木炭短缺，以煤炭作为替代品。煤炭也开始代替木柴进入北方家庭，以供取暖和煮食。为了阻挡辽国的骑兵，宋朝在北部边境开挖了许多塘泺；为了给塘泺灌水，工匠们设法引入海水，改变河道和筑起堤坝。宋朝并让当地军民种植水稻以自给自足，但由于气候过于寒冷，这个屯田计划失败告终，塘泺则成为蚊子和黑蝇的滋生温床[5]:185、171。在辽国，在今内蒙古东部科尔沁区的草原开始沙化，当地契丹人初学农耕，耕作方法很粗放，新垦土地三五年便肥力减退，人民便去寻求新垦区，原来耕地被抛荒，地表裸露，没有植被保护，开始了风蚀的过程。金国时这一带恢复为牧场，出现一些次生草原和森林，恢复一些当年的景观[4]:47-48。
在黄河向北奔向渤海湾的这一段，宋朝努力治水，通过导流渠减轻干流压力，并加强维护堤防，有时通过深入河道建造防波堤以降低水流冲击力，有时铺设大量植被来保护河堤[5]:196。北宋政府又把黄河从今日河北与河南交界的地方往北疏导，在华北平原上形成一条河道，以为可以利用这片水淹的地形以及人工池塘阻挡辽国的入侵，但未能如愿。黄河在80年间在华北平原上继续改道，洪水经常淹没田地，传播疾病，使民不聊生。大部份沉积物都是没有营养的沙子，只会让农田变成荒地[16]:232、234。华北平原上许多小河流被沉积的泥沙所雍塞，集体改道或干涸。为了修复河堤，当地居民伐光了附近山陵中的树木和灌木，用于支撑堤坝。由于华北平原非常平坦，洪水无法排走，导致土地受涝并盐渍化，大片土地失去原来的植被。风裹挟著沙尘吹过平原，形成一个个的沙丘，湖泊和池塘淤塞，而且淤泥很快就变得非常贫瘠，很多原本肥沃的土地都变成了沙地[5]:198-199。1128年冬，东京留守为解京城之困，决开了开封以北约80千米（50英里）的黄河大堤，到1194年，洪水和淤泥最终导致黄河改道向南，侵占了清河和淮河河道，在山东半岛以南入海，在河口形成了一个新的大湖泊“洪泽湖”，这片海域也因为黄河注入而成为“黄海”。1194年黄河改道后，留在北方的那条被遗弃的河道成了泥沙之源，风起时沙尘暴肆虐整片华北地区，河道上“旷野无草，五谷不生”[5]:196、199。
北宋以前，华北平原各湖泊淤沉速度缓慢，南宋以后情形便恶化。黄河挟带的泥沙量越来越大，泛滥频率增加，很多黄河流域的湖泊都经过几次黄河泛滥而被填平。古代华北最大的湖泊是大陆泽，位于巨鹿县附近。1108年黄河向北改道，淹没巨鹿城，大陆泽也因而淤浅，湖底升高，湖面缩小。山东境内的巨野泽，在北宋时湖面仍号称有800里，即《水浒传》中的梁山泊。1019年及1077年，黄河两次决口，河水流入巨野泽。金朝时黄河向南改道，巨野泽失去水源，水去沙留，出现大量滩地，为附近居民垦种。1180年，金国政府索性遣使招徕流民，在梁山泊进行屯田。较小的湖泊则更早已淤积成平地，如山东境内的菏泽市、雷夏泽、河南境内的孟诸泽，在宋代已变为平地[4]:91-92。南宋时，负责灌溉和河运系统的官员，开始担心上游的毁林现象，并注意到盐碱化和洪涝对下游地区的影响[17]:19。
在唐宋两代，人们以排水方式来开拓长江三角洲的广大低湿平原，宋朝尤其热衷[18]:272-273。在长江三角州的低洼地带，政府组织人力物力建了很多巨大的圩田（筑堤围湖造田），增大农田面积和增加税收。从11世纪晚期到12世纪早期，长江三角洲地区以圩田方式开辟了2,000,000公顷（5,000,000英亩）以上的田地[5]:169。北宋时太湖的圩田多由驻军组织，有严密管理，禁止一般居民彷行，禁令颇严。至1112年左右开始弛禁，太湖沿边开始有民营圩田出现[4]:100。密布的水网连接起一块块的稻田，既提供灌溉水源，也成为交通网络。圩田的建立，加上早熟耐旱稻种的引入，大大增加了粮食的总产量。农民发现每年给稻田排干一次水，会提高田地的性能、肥力和生产效率。在低洼农田区，人们将圩田分成更易于管理的小地块，同时建立跨村合作的灌溉管理机制，以低洼或至如沼泽般的田地也能做到一年一排干。一年两熟耕作的范围不断扩大，越来越多的森林和沼泽转变成农田[5]:171-172。北宋时，长江下游的太湖地区土地肥沃，水灾罕见，生态平衡。南宋时当地人口大增，人民围湖造田，水灾日多。南宋政府原先鼓励人民在太湖地区广辟圩田，影响太湖蓄水量，洪水期之水无处可排，酿成水灾，南宋政府遂改变政策，恢复盗湖禁令，甚至强制废田还湖[4]:15、100-101。
早熟稻革新了宋代农业，到了13世纪，长江下游和福建许多原本水源或土壤条件并不适宜种植稻米的丘陵地区，都改造成梯田。中国稻作区东半部的地貌发生了彻底改变[5]:172。南宋梯田普遍可见，在不太高的山岭，梯田层层上筑，直达山顶。梯田虽取代了山上森林，但不致引起山坡的水土流失，又可以逐层滞留山坡流水，不使泥土被冲刷，不损生态。至于山地畬田则效果相反，畬田没有改变山地的坡度，雨水冲刷力仍强，天然植被焚除后，地面或是裸露，或是稀疏种植旱地作物，无法保持水土，对生态破坏力很强[4]:16-17。长江流域的森林许多已不再存在，只保留在长江以南的一些丘陵山区，老虎仍可在其中栖身，但习惯在低洼地方生活的大象已绝迹于长江流域[5]:192。从南宋起，南方山谷、冲积平原或三角洲平原上，多半挖掘鱼池，以残渣、垃圾和蚕粪饲养鱼苗，在每单位面积上生产更多食物[8]:82。在长江以南山中的苗族和瑶族会种植杉树以贸易图利[17]:101。另一方面，洋流将黄河新河口的大量泥沙带到320千米（200英里）外的杭州湾并沉积下来，使江苏沿海增加了土地面积和稻米产量[5]:197-198。
北宋以前，江汉平原洞庭湖水面尚在扩张中，水量甚丰，北宋时洞庭湖宽度及深度均达最高点。从南宋开始，北人南迁，粮食需要增加，人民开始围垸造田，争取肥美的湖田，湖面从此日渐缩小，水容量下降，洪水到来便泛滥成灾，堤破垸决，田陌房屋淹没[4]:93-94。同时湘江下游人口增长，农民许多都在山地刀耕火种，破坏森林，使当地山岭变成秃山。幸而湘江地区林木的再生能力强，很多地区森林被毁后，若干年月后能长出次生林。而且该区若干地带交通不便，山岭过高，开垦之人无法进入，还能保存一些原始森林[4]:15。宋朝著重拓殖四川，原住民被同化或驱赶至山林以后，汉人农民在河谷中定居下来并清理土地，到11世纪时很多地方森林都已砍伐殆尽[5]:187、159，当地很多地区都被改造，农民将山坡挖成梯田，积蓄雨水，然后种植早熟稻种。四川的森林被大量砍伐，原本隔开汉人和土著族群领地的“禁山”几乎已全无树木[5]:189-190。
宋代岭南人口持续增加，但因畏惧疟疾，他们仍留在岭南北部而不敢迁往岭南其他地方。当时疟疾大多存在于南方河流下游的冲积平原，而非上游地区。从11世纪开始，珠江三角洲成长的速度加快[5]:164-165、200，珠江的防洪工程将更多泥沙冲到珠江河口，广州以南的三角洲面积，已阻挡了从广州南望大海的视线。珠江水系上游的刀耕火种农业，做成水土流失，更多泥沙顺水流入东江、西江和北江之中。这些河流下游的冲积平原，尤其是东江与北江的交汇处，土地都是非常肥沃的。这些河流下游一般每年都会泛滥，早在809年唐朝就建造了围基，以防止南来的西江北上和北江汇合，使洪水继续涌向下游。1100年前后，桑园围工程动工，最后建成了长约45千米（28英里）的堤坝，保护约40,000公顷（100,000英亩）的土地免遭洪患[5]:201-203，创造了岭南地区农业发展的新时代。同时雷州府和东莞西部沿海地区修建防波堤[15]:74，建成了将近45千米（28英里）的海防堤，阻挡周期性的海潮和台风，增加了65,000公顷（160,000英亩）的耕地，不过沿海的红树林也因而消失[5]:203。
宋代在珠江上游共修建堤围28条，长达66024丈，保护农田24322顷。防洪堤将河流限定在固定的河道中，在雨季时，不会流出或暴溢成很多河道，让河水直接流进湾区，于是原来的洪泛区也变得宜于农耕了。由于洪泛区造成的沼泽和水洼地带的水被排干，改变了疟疾宿主按蚊的生态环境，这些地区对汉人而言不再那么危险[15]:75-76。在桂林北部山区中，密集生长的肉桂树出产桂皮香料，到约1000年时，大部份桂林的原始森林都被砍伐[5]:160。
宋代的山林产权发生全国性的变化，山林私有制受完全肯定。过往山林归属国家，人民可以利用山林资源，却不能占有及开垦。宋代平原土地几乎已全部开垦，政府允许人民合法占有山泽，于是人民开始大规模与山争地与水争地。许多山区坡地被改造成梯田，有的则改成畬田，刀耕火种。有些山区受条件所限，未能开垦成田，便改造成私人林场，养植树木；有的山区过于险峻，交通甚为不便，山主便任其闲置，只享有所有权，却难以利用。有些山区仍为国有山林，但这种林区范围日渐缩小，政府基本态度是尽可能开放山林，只选择封禁某些林区，国有山林谈不到什么管理，任人砍伐，只略收税金，称为“抽分”[4]:24-25。北宋时，在江南地区围湖造田事属违禁，称为“盗湖”；到了南宋初年，北方居民大量南渡，为了供应民食，政府正式承认围湖造田为合法，甚至以官府之力加以推动，于是围湖造田短时间内遍及江南各地，无数小湖泊很快被围垦填平，较大的湖泊也迅速缩小[4]:99。
蒙元
蒙古人屠杀民众，企图将整个中国北方变成他们的放牧场。蒙古大军所到之处，城墙和农业设施都夷为平地，水坝不复存在，用于灌溉的水渠被切断，剩下一片沼泽。粮食种子付之一炬，果树被锯倒，防护林被砍伐在地，耕地变为荒凉干燥的草场，任由风沙侵袭。直到忽必烈在位时，将北方土地变为牧场的做法才受禁止[5]:218-219。元朝建设和维护大运河，大大改变华北平原的环境，为了保持运河水量，不让河水排入黄河、淮河或长江，除了以水闸和堰坝作阻隔外，人们还要将向西流入山东半岛的小溪和河流重新定向和阻流，保证河水都注入大运河。黄河及其支流带来的泥沙会沉积在运河河里，需要定期清淤。运河与几条主干河流的交叉口都需要密集维护。政府要投入大量资源以维持运河的运作，否则其水利系统有可能崩溃，给华北平原带来洪水之灾[5]:155。到14世纪，大运河的建造改变了华北平原的排水网络，黄河流域新建的堤坝将黄河所有流水导入河床较低的淮河[3]:39。元朝比较重视江汉平原的水患，在洞庭湖禁止垸田，废田还湖，在长江方面也重开在南宋时被堵塞的穴口，使水分流，到大德年间（1297—1307），一共重开了六个穴口[4]:98。
在珠江，元朝除维修宋代时所建的旧堤围外，又新修堤围34条，堤围总长度达到320千米（200英里），保护广东约20%的耕地[5]:203[15]:76。出于对蒙古侵略者的恐惧，1273至1274年间，广东北部珠玑巷的许多居民和家族，都南逃到珠江口的一些小岛上定居下来，他们将泥沙“截留”，在沙州上开垦出新耕地，这些新开垦区称为“沙坦”或“沙田”，是因泥土淤积而形成的新地块[15]:77-78、204。当沙州逐渐升起接近水面时，人们在沙州四周投入岩石，以固定既有的沙土，并阻拦下更多的沉积物，在建成更牢固的围栏后，沙坦上就可以先种植豆类植物及继后的稻米。连串的沙坦组成了上万亩的耕地，形成珠江三角洲。同时，因蒙古入侵而被抛荒的广东北部山地被加速侵蚀，将更多泥沙从北江送到珠江口，加速了沙坦的形成过程[15]:79。在14世纪，珠江三角洲的形成进一步加速，冲积形成的沙州出现在东江入海口沿岸，香山岛逐渐与大陆连接起来[5]:201。蒙古入侵并导致广东西南沿海地区人口膨胀，在雷州半岛，人们为了开垦，大规模地砍伐热带雨林和红树林，继之以烧荒，对当地环境造成永久性伤害，许多地区都变成荒漠[15]:94-95。
明代
明代以前，长城区域仍有茂密的树林[9]:56，到明代黄土高原森林则大受破坏。明初时，山西西北的芦芽山、云中山、陕北的横山等地的森林，依然维持完好。关中秦岭、崤山等地曾受破坏的林区，也局部恢复[4]:36。明成祖定都北京后，太行山脉成为北京的森林资源供应地，大大加速了伐林[11]:91。随著皇宫及都市发展的需要，政府大规模地采木烧炭，经过长期官民无节制的开采，长城林区遭到毁灭性的破坏。明中叶以后，森林大面积的消失，大约在17世纪开始，普遍缺少燃料与建筑木材[9]:56、54。因人口快速膨胀，不断新辟农地，日常用材日增，于是情况急变，森林地带很快缩小。横山山脉和吕梁山脉的森林先后毁尽，此时京师所需的巨大建材已无法从黄河中游地区取得，必须从四川及两湖地区采集。由于破坏彻底，森林自我更新的机能几乎丧失，黄河中游地区瞩目所见都是连绵不断的秃山[4]:36。明朝虽然有禁伐的政策，但主要目的是保护皇陵的风水，或因应军政的需要，范围很小，并无真正的生态环境意识[9]:46。
在华北，大运河的开通延缓了所有大小河流的排放，沉积物不断增加，造成周期性的洪涝。由于河水含有盐份，内涝的土地很容易盐碱化，变得无法耕种，最严重的地区会变成沼泽，继而滋生蝗虫。京杭大运河进一步阻滞了流速已慢的黄河，并迫使淮河水倒灌入上游流域[5]:311、309。大运河和黄河带来的泥沙，经常堵塞淮河河口，导致洪水泛滥进入平原，频繁的洪水导致农田被沙砾覆盖，有时泥沙可达7—8米厚。一些昔日稻香鱼肥的县，已大片土地盐碱化，成为野草不生的赤地。经洪涝之后丛生的杂草，又成为蝗虫繁殖之所。由于灌溉条件不足，农业种植只限于冬小麦、高粱和大豆这几种耐旱的作物[5]:307-308。1578—1579年，明朝官员潘季驯在黄河下游治水，筑起土堤和石堤， 疏浚了河床，统一了黄河水道[2]:150。他提出“束水攻沙”的治水方法，用增高和收窄堤坝的办法加速水流[5]:312，束水于靠近河岸的“缕缇”之内，其治河工程增加了入海口的泥沙，降低了下游的坡度[2]:150-151，并将清水引入黄河冲刷河床的淤泥。1579年，潘季驯修建了横跨淮河的高家堰，将淮河和另外两条河流的清水蓄积在洪泽湖中，不断加高洪泽湖东岸的高家堰，可确保洪泽湖水位高于黄河，以便漕船通过[5]:312-313。
城市居民对木材的需求，促使山区居民专业从事于采伐和运输木材。云贵地区原本在经济上未开发，定居农业人口稀疏，居民为非汉人的原住民，到明代发展成为由汉人移民主导，日益商业化的地区[5]:222、227。西南地区的生态丰富多样，在云南最南边的西双版纳，群山起伏，河流密布，克木族人生活在丛林和竹林深处，采用刀耕火种的生产方式（一直到廿世纪），并驯养大象。西南地区原本生态系统良好，老虎和大象时常出没，森林广袤。泰语民族把一些河谷地带开垦成农田，其他民族则刀耕火种，因当地的高山和深谷人类难以到达，受到人类活动的影响极少[5]:228、232。
约自1400年开始，汉人大批来到云贵，明朝建立的卫所和军屯遍及西南各地，有25万汉人士兵开始在河谷地带农耕。原住民族群原本所使用的木制工具只能开垦河谷地带比较轻的冲积土壤，而不适合开垦森林地区的重壤土，也没有牛只拉犁。明朝则为汉人移民配备了铁犁和数以万计的耕牛，使汉人能开垦森林中的土壤。在15和16世纪，云贵开垦了数百万亩的农地[5]:232-233。在朝廷对付土著的战争中，汉人军队会放火烧山，破坏动物的栖息地。解决叛乱的最终办法，是把不同的生态环境改造成农田。在贵州，一些当地土司也领导人民从刀耕火种转向犁耕生产[5]:234-235。
黄河河套的鄂尔多斯沙漠混有不同的生态环境，有些地方纯然是沙漠，有些地方则是适合游牧民族生活的草场。这里能引黄河水灌溉，汉人也可以在此定居和农耕。在明代后期，河套地区已开凿了总计594千米（369英里）长的水渠，灌溉数千亩土地。明朝在鄂尔多斯修建长城，将草原地带与农耕社会隔开[5]:240-241；并下令驻军每年要在长城以北（至少在战略要地），焚烧50—100里宽的荒地，以使蒙古骑兵马匹得不到粮粖[14]:391，破坏草场，使蒙古牧民无法涉足，却留下沙漠化的祸根。将林草植被移作农田，也会随著土壤有机质的减少而趋于沙漠化[9]:56。
在万历年间（1573—1620），安徽的长江和其支流沿岸，已开垦出数块每一块一千馀公顷的围垦田[14]:415。华中方面，明太祖在湖北设立屯田的卫所，修缮旧有堤坝和建立新水利设施，招募移民来此开垦。这些政策一直持续至16世纪。人们在汉水南岸修建堤坝，使水流无法溢出，河床越升越高，河流也更加湍急，大大增加下游地区泛滥的风险。结果生活在下游的居民开始修筑堤坝来保护自己的居所，并进而开垦更多的沼泽和湖泊；到明代后期，整个汉水流域的水文状况已遭人类彻底改造。在15和16世纪，人们大量移居湖南，引入长江下游先进的水稻种植技术，在沼泽和滩涂的周围筑坝圩田，以作防洪和提供灌溉，将当地改造成稻田。一些早期的圩田面积非常大，可达成千上万亩[5]:271、274。徐光启已认知导致水灾的人为原因，他讉责地方上有力的家族侵占沼泽、湖泊和河岸冲积平原，将水域填土为田，增加了水灾的危险并伤及整个聚落[14]:411-412。
明朝以前，丘陵和山地只有少许聚落，大部份的梯田是沿著河岸并且靠城市。在大部份地区，丘陵和山地的开垦始于晚明[14]:405。山林私有化后，南方若干私有山林得以残存，林木被砍伐出售后，山主会设法重植造林，使之更生。在明清两代，私营林场很普遍，尤其是在南方的安徽、福建两省[4]:27-28。长江以南山区有部落专门从事杉木的培养和木材的生产[17]:207。此时公有森林资源日见枯竭，私有林场种树养木，贩卖木材，获利颇丰。山主不一定亲自经营森场，也可以出租给他人。一般而论，私营林场保护周密，造林的成活率也高，与公有树林被破坏的情形迥异[4]:28-29。16世纪中期以后，东南山地盛行种植杉树，阔叶树林变成杉树等针叶树林，山林的小动物数量减少，老虎食物不足，到平原袭击家畜的事例越来越多，原本生活在阔叶树林里的黑熊和狼等逐渐绝灭[11]:166、168。另一方面，明朝会颁令保护寺院的林地，以维护寺庙的自然环境[17]:73。
在长江流域与岭南，低地的农田越来越不敷使用，新迁入的居民为了寻找耕地，不得不深入山区，并向当地人学习各种技能。在16世纪前半叶，美洲新世界的农作物玉米、土豆、甘薯、花生和烟草传播到中国，对生态产生巨大影响。迁入江西、福建和广东交界山区的汉族人，是客家人的起源。客家人跟山区的原住民畲族融合同化，在1500年前后，三省交界的山区已成为客家的人居所，其方言与习俗都与居于低地的汉人有明显差异。客家人砍伐山地森林，广泛种植玉米与甘薯，并向外销售山区的物产，大麻、苎麻、靛蓝、茶树、甘蔗和烟草都是客家人最常种植的经济作物。自16世纪中叶开始[5]:266-267，客家人开始向中国南部和东南部各地的山区迁移，向沿河的市镇销售产品。他们也从汉族地主租种大片山地，招募贫困的畲民，以刀耕火种的方式清除森林。在16和17世纪，客家人和畲民的男性大批向北迁入江西、安徽和浙江的山区，成为流动人口，被政府称作“棚民”。他们搭建临时窝棚，开发山地并在地力耗尽后继续迁移。在江西赣江流域的山区，原本大部份土地都森林茂密，没有被汉人采伐过，直至棚民的来临。江西山区的棚民很多都是矿工、伐木工和造纸工，其食物主要来自对山边森林的刀耕火种，慢慢破坏江西山区环境[5]:268-269。
海南岛北面分布有大量珊瑚礁和牡蛎繁殖区，岛上覆盖著各种热带森林，有超过3500种植物。原住民黎族用刀耕火种的方式种植山薯和旱稻，兼以森林狩猎采集为生，由于人数较少，对生态系统的影响不大[5]:251-252。明代海南岛的耕地数量扩大了一倍，从1400年前后的约200万亩，增至1615年的380万亩，其中大部份都由汉人耕种。海南岛已被改造得适宜汉人居住。政府鼓励汉人在河谷和山区烧掉森林，不断的烧荒为热带白茅草提供了生长机会[5]:254-255。
清代
清代中期，中国森林和植被受到最严重的破坏。清代人口迅速膨胀，清初人口不过八九千万，到1776年便增至约2亿6800万，这是中国人口的第一次爆炸期[4]:51。清代前期，官方很少关心森林砍伐、荒地和湖泊的开垦，以及其他环境破坏活动[14]:399，朝廷采取积极的垦殖政策，不但以减税方法鼓励人民开垦荒地，而且对地方官施以压力，根据境内新垦面积多少而赏罚地方官。到乾隆（1736—1796）初年，不但所有废耕之地都已复耕，平原土地也都垦殖为耕地。当时各地大员纷纷进言，认为应该让人民入山开垦。1742年，清朝谕令对垦辟的山地永远免税。另一方面，自明代中叶，自外国引进了玉米品种，玉米耐旱耐低温，适合于高山种植，正好解决人口增加所造成的无田无粮问题。于是在乾隆初年掀起一阵入山垦荒的狂潮，这一大批入山垦殖的人通称为“棚民”或“寮民”[4]:52-53。清代中期的棚民人数远比明代的多，地域亦不再限于福建、江西、浙江等省，他们很少再种靛蓝，而是主力种植玉米，远播至全国14省份。大量流民开发山区的结果，是造成严重的生态恶化，使广泛地区耕地生产力下降[4]:54-56。生态环境的极限，可说结束了康熙、雍正、乾隆时期的盛世[19]:504。
清中叶百馀年间，中国的生态环境受到前所未有的致命破坏。第一，清初残留下来的一些森林大部份都消失殆尽；第二，荒山秃岭没有植被保护，一遭雨水冲刷便泥沙俱下；第三，下游河流淤塞不畅，水灾频生；第四，大量泥沙冲到平原上的田地里，使平原上的耕地缓慢地沙化，生产力下降[4]:61。在18世纪开发加速的原因是木材与燃料的需求增加、粮食作物的短缺、经济作物种植的扩大[14]:438。大量人口从人烟稠密、耕作密集的地区，迁移到西南、东北和内陆山区等边缘地区，到18世纪后半期，人口的增加促使中国人更集约地利用自然资源，森林砍伐程度严重，能源危机来临。老虎和大象等动物被排挤到最偏远的地带，一些中国人也开始意识到物种灭绝的问题[5]:330-331、8。东南部落叶阔叶林里生长著鹿、野猪、豪猪等草食动物，一向是老虎的猎物。17世纪后半期开始，这些动物生息的树林逐渐减少，老虎和人的缓冲地带消失，老虎直接窜进村落袭击家畜与人类，导致18世纪老虎大量出没[20]:538-539。到1800年时，华南虎只能在广东、江西交界和福建的几个山区勉强生存；亚洲象则被推到云南和缅甸接壤的偏远地区。到19世纪初，中国几乎已没有什么地区还未曾被人类开发，完全“自然”、尚未为人类涉足的地方少之又少，大部份土地都被耕作过。原始的自然区域范围不断缩小，剩下的主要是最偏远而最难企及的高山、深谷和地下河[5]:287、216、2。
玉米和番薯大大改变中国农民的经济环境。番薯在16世纪末传入中国，到1730年代，几乎已传遍整个中国。玉米和番薯几乎能在任何地方种植，能给山地或森林地区中的矿工、伐木工人、种烟草和靛蓝的人、采茶者等等供应粮食，促成18世纪中晚期山地和森林资源开发突然暴增[14]:418。明朝宣布许多山地和森林是封禁的领域，清政府则较少用心于控制人口，只有少数山区因为安全理由而维持禁止人们定居。到18世纪，这类地区逐渐有人非法定居，这些聚落大多不久就得官方核准，从而封禁的状态被取消。人们开始把原有的自然环境，变成只剩两种形式的土地：一种是细心维护，有生产力的私人农地，另一种是已被粗暴地开发、无生产力的公共荒地[14]:409、388。除了山田火耕与转为耕地外，刚发展的瓷器、炼铁、制纸、造船、盐、石灰等工业，为了燃料与木材用光了附近的森林，18世纪时林木燃料和木炭供应都迅速短缺[14]:400-401。许多官员和士人都察觉到生态环境恶化所带来的危机，屡次发言劝阻，但因官民为民生经济所迫，并无别计可施，于是人们只注意开发而不注意环保[9]:79。领导洋务运动的督抚则注重开发矿产和能源，视自然为可以被征服的敌人[16]:82。很少官员能思考环境问题，他们关心的主要是如何有效征收赋税，而又能照顾到农民的利益[21]:885。
清代中叶乾隆（1736—1796）嘉庆（1796—1820）两朝时，全国森林遭受史无前例的严重破坏[4]:10、26。原因有三：第—，乾嘉两朝人口爆炸，人口超过自然资源的承载力，导致生态恶化。第二，政府政策不当，大力鼓励人民垦荒，即使抛荒之地已被填满，人民只能向山区发展，而清朝没有任何实际上的山林管理政策，虽有若干山区被封禁，也是有名无实，措施未能严格执行，大量流民纷纷突破禁区，进行垦殖。入山开荒的流民，等于是在公海上捕鱼，毫无保护自然资源的意图。第三，玉米的引种。过往传统的农作物对土地要求苛刻，也不能适应高寒的山区气候，这些因素天然地保护了广大山区，限制了入山的人数。但自明代中叶引种玉米后，中国第一次有了适合于高山种植的粮食作物，导致乾嘉两朝大量流民涌进山区。这批棚民到人迹罕至的无主深山里，以最野蛮的方法破坏森林，种植靛蓝及玉米。在高坡度的山区里铲除天然植被，改种农作物，会立即导致水土流失，几场大雨就可使岩石裸露。棚民们便不断迁移，所到之处，森林一扫而净，留下一片秃山荒岭。短短100年内，境内仅存的一点森林被扫荡殆尽[4]:26-27。
在唐宋元明各朝代，畬田不及深山老林，因粟、黍等农作物不能适应山中的低温气候。但到清代情况大变，因引种玉米，有了可适应高山气候的农作物，而且因人口暴增，清政府开放被封禁的深山老林，于是出现大量棚民入山开垦，种植玉米，所到之处不限江南，即陕西秦岭亦有棚民刀耕火种。棚民人数众多，数以百万，遍及14省，以最野蛮、灭绝性的方式清除深山中的林木，开辟农田，种植玉米。这种山田没有林木覆盖，造成快速的水土流失，大雨之后，表土随水冲走，剩下裸露的岩石，田地无法再作耕种。所以棚民每三五年便要迁移，以同样方式在他处破坏森林，“食尽一山则移一山”[4]:10-11。清代中叶，黄土高原残存的一些深山老林被流民侵入耕垦，从盩厔县境内的秦岭山区，西南到洋县约300公里的深山，每年都有数万人入山垦种玉米或伐木；秦岭东端的华阴地区大都变成秃山，陇山附近牛山濯濯，云盘山的森林荡然无存，大同以北在明代尚残存的林区，至此也被破坏无遗[4]:36。为了镇压白莲教起义，清朝官员也在秦岭山区伐林，以清除深山老林中的土匪窝[17]:21。
在1750年，中国土地的森林覆盖率大约为25%[5]:335。以河南省为例，在1700年左右森林覆盖面积约占6.3%，到道光（1821—1850）朝减少至2%。学者估计，棚民每5年就破坏1亿亩的森林，连续100年就能破坏20亿亩的森林，使中国森林面积减少过半[4]:63、66。在18世纪中叶，秦岭山脉的深处，出现许多木厂、铁厂等工场，客商从地主租借土地，获得山地的经营权，招募从安徽、湖南、江西等地来此移居的棚民，从事伐木和炼铁等。他们采取掠夺式的栽种方法，从山地里把树根挖出，烧成灰撒布，种植玉米，也不施肥。坡地由于裸露，土壤容易流失，三四年后地力就会衰竭，于是他们再去租别的土地。凡是遭遇棚民开垦之后的山，几乎都变成荒山[11]:67-68。一旦原始林被砍伐，数年之后次生林可能就被砍来烧木炭，然而大多数例子中森林是永远消失了[14]:401。19世纪初位于陕西和四川边缘的大巴山，是中国本部少数仍保有原始森林的地区。迁移的农民清除土地来耕作，通常二至五年后，土地丧失肥力时，或者在水灾损害后就搬走。投资者雇用数万个伐木工人，为木材以及提供燃料给矿场、盐厂、炼铁和制纸工场等等而伐木。当便宜的木柴燃料供应耗尽后，这些工场不是关门就是以煤来代替[14]:404-405。
清朝不断大规模采办皇木，使大型木材资源日渐枯竭[9]:55，建设项目所需的木材日益稀缺[5]:321。清代宫殿所使用的大木只在偏远的山区才有，而这些地方因运输费用高昂而从没有商业性开发。皇室的征用对原始森林的冲击很大，大量木材被砍伐而且都集中于少数区域[14]:399。清代初年楠木已不敷应用，康熙帝只好用松木来代替；不过18世纪初，朝廷又可以从四川征用一些楠木。当时只有福建、湖南和四川三个省份尚可供应朝廷建筑所需的木材，清朝不得不缩减建设规模[5]:321。楠木砍伐殆尽后，只能向川北及云南深山探采。圆明园焚烧后，清朝想重建的主要困难之一，在于缺乏巨型木料[9]:55。到19世纪中期，剩馀的森林面积位于东北地区、云南、广西、海南岛等亚热带地区，以及秦岭山区[17]:226。在1850年以后，渭河流域及黄土高原因森林砍伐以致出现环境退化，山西太原府周边那些曾经树木繁茂的山峰都只剩下光秃秃的骨架，除了寺院周边，在山西省山上山下都看不到树木[5]:304。为了敉平太平天国，朝廷军队大规模于中南部的森林纵火，这是对付土匪的古老策略[8]:88。1870年代，李希霍芬提到：“从汉口到北京，所有山峰和丘陵都极度缺乏森林和灌木，呈现出一派非常荒凉的景象。”[5]:304
到晚清时，人烟日密而山林日削，即使在山区的作物也因耗损地力过甚也呈停滞，甚至衰退的现象[9]:58。森林锐减，水土流失，造成淤泥沉积和河道堵塞，曾经肥沃的土地被沉积物所覆盖[5]:304，导致自道光（1821—1850）年间起水灾频繁，并愈趋严重[9]:77。水旱二灾的频率，自汉代以来已有所增加，到清代达到了极点[8]:73-74。由于山区开发和森林面积缩小，导致野生动物减少，生态失去平衡，加上人们的捕杀，虎群逐渐绝迹，华南虎成为稀有品种；虎患却有所增加，老虎为生存，才以村民为猎物[9]:60-61。到20世纪初，华北旷野上根本没有树木或灌木，每寸可用的土地上都种植谷物，可以用于煮食和取暖的燃料不断减少[5]:309、332，木材供不应求，发生能源危机，许多人不得不将柴灶改为煤灶[9]:78。农民到处收集桔秆、干草和动物粪便用作燃料，残存的树木低矮的枝叶会被砍断，和枯枝落叶一起捡作燃料，进一步剥夺土壤的有机养分，使环境更加贫瘠。耕地的总产量降低，特别在华北和华中地区[5]:333。
中国东南部丘陵山地的原生林，为常绿阔叶林。17世纪后半期人们开始开发树林，把它变成杉木的植树造林地和苎麻的裁培地[20]:538。清代曾实施山区人工植林，但植树造林的成效，远不及采伐和毁林垦荒面积之大[9]:60。在乾隆（1736—1796）前半期，各地督抚都曾上关于鼓励植树造林的奏折，一度推行“劝民种树”的政策，但实际收效甚微[19]:509、514。严如煜、卢坤、陶澍等高官都指出森林破坏、侵蚀与水灾问题和土壤劣质的密切关系[14]:422-423。19世纪早期，省级官员开始建议，南部和东部丘陵进一步的开垦都应禁止，以减低水土侵蚀所造成的损害。这些建议特别集中于棚民问题[14]:424-425。在道光（1821—1850）、咸丰（1851—1961）年间，朝廷一再颁下禁山的谕令，终使在山区种植玉米的范围得以减少[4]:66。但清政府用以阻止农民进入禁山的权力，终究有限，禁止开发的禁令只是延缓或阻挠了开发的趋势，而非彻底拯救了荒野[21]:912。
官府和民间对林地有一些维护和管理措施，包括：1.皇家狩猎的木兰围场，2.寺院森林，3.宗族和村落的公共森林，4.农业林，5.经济林，6.原始森林[17]:3。但到19世纪后期，这些森林管理案例几乎都陷于崩溃。木兰围场在1820年后废止了秋狝，允许百姓入围垦荒；一些寺院方丈和僧人向木材商卖掉寺院的木材；原始森林也遭到砍伐。森林管理中比较成功的两个例子是农业林和经济林，如江西和福建北部的森林是由富商管理，为景德镇的官窑提供燃料，保有森林比开垦农田更有经济价值。杉树等树种因成长速度快并可提供燃料，也受到保护。在清末，福建闽江流域的居民一面伐木出售，一面补种那些经济价值最高的杉树和樟树[5]:332、343。仅存的森林或位于人力难及的地区，或禁止汉人进入的自然保留地，或少数民族地区，或是山坡上属于庙宇或墓地的小片林木[14]:403。在最险峻与最偏远的山区，例如福建西部、云南、四川西南部，以及沿朝鲜边界的长白山地区，树林残存时间最久[8]:88。
华北可能是清代全国环境退化最严重的地区，河道淤积严重，使该区河流有泛滥、改道的趋势。人类侵占河岸与湖泊，使湖泊与水塘缩小或消失；筑堤、开渠改变了河流正常的泛滥区，使河流在丰水期更危险，涝灾频发[22]:1、3。每次洪水决堤后，河水所到之处变成泽国，干涸后平原有时成为一片盐碱沙漠，难以耕种。水运系统的淤塞使整个区域在水患发生时变得更加脆弱，主要排水区和曾经作为泄洪平原的浅湖地带逐渐消失，使得降雨稍一过量就会危及当地农作物[22]:371、475。
黄河下游在1670年代快速淤积，这是由于无法入海的洪水造成河道分歧，通往海口的主河道已“仅存一线”，沉积也逐渐加厚。负责治河的靳辅为了集中水流以冲刷积沙，沿河建造土堤，被分开的下游河道再次汇合，其治河计划大致成功[23]:571-572。在1645—1855年间，黄河南部河道每1.89年就出现一次水灾[2]:28。大运河中洪泽湖开始淤积，湖床不断升高，1824年终于发生大决堤，洪水淹没江苏省东部地区，道光帝竭力遏制洪水和修复大运河。1852年，黄河干流北移，由于山东北部的新河岸正在逐渐形成之中，在19世纪后半大洪水时有发生，破坏华北平原。淮河出海口完全被截断，淮河河水只有通过洪泽湖进入长江，但这种入海方式不足以吸纳淮河的水流，河水经常溢出做成泛滥。此时清政府已无力治理淮河[5]:313、315，不能支付高昂的水利维护费用[3]:56，因内外交困，无力调集资源著手解决淮河流域的环境恶化问题，陡然放弃淮河的治理，结果淮河管理彻底崩溃，周期性发生水涝与饥荒，导致整个流域经济极度混乱[24]:279。随著朝廷退出黄河管理，华北平原的水利管理系统严重萎缩，生态平衡崩溃[3]:53、46。19世纪时，水患经常发生[22]:479；1855年黄河改道，此后不断洪涝泛滥，在直隶省南部形成了浅而宽阔的沼泽[3]:60、64。
清朝曾进行数个国营大规模沼泽排水工程，如在天津附近国有地种植水稻，结果有部份成功。反对此种计画的是一些荒地所有者和湖泊的使用者，他们一向在这些地方割芦苇、捕鸟和猎野鸟，然而，官方认为生产粮食才是最重要的[14]:414。在京畿地区，为解决淤塞问题，清朝在位于天津和保定间绵延约130千米（80英里）的两大湖泊“东淀” 和“西淀”之间，以及其南北约32千米（20英里）的地方挖掘引河，以排放淤泥，同时希望引出湖中的清水。东淀和西淀原是物种丰富的大型生态系统，是华北平原上最富于生物多样性的地区，曾生活著鹿群、狼、豹、老虎，以及各种水鸟、贝类、鱼类和龟类，当地也是候鸟迁徙路线上的栖息地。随著东淀和西淀日渐淤塞，农民开始将其开垦为农田，到19世纪后期，该地的富户已对肥沃的湖底泥进行开垦和耕作，东淀的规模也缩减到先前的三份一，并最终消失。随著水泊自然生态系统的单一农业化，人类也就失去自然膳食的蛋白质来源，只能依赖耕地出产的粮食。生态退化是农村贫困化的重要原因[5]:317、319。
在华北平原其他地区，随著更多的植被和树木被砍伐，泥沙不断淤积，洪水也日趋频繁和严重。大运河被废置后，高粱秆等燃料都变得稀缺，木材用完，农民被迫燃烧畜粪这种效果极差的燃料[5]:315-316。黄土高原方面，当地生态变迁的最严重后果就是水土流失，石山裸露，寸草不生。河流不但冲走表土，而且还要下切，河床越来越低。高原上到处都有并非常年存在的地表径流，平时干涸无水，只在夏季暴雨时节有水下流，将地面下切，形成大大小小的沟壑，并逐年加深加大，原来面积广大的平原被切割成零碎的小块[4]:37-38。清代初期，热河的山林峡谷原来有著森林和灌木草原，其南部有虎、鹿、熊等野生动物，因此承德早期成为御猎场。从18世纪起，汉人移民为了燃料和建筑材料而伐林，到20世纪初，除了如武陵山那样与世隔绝的深山老林及蒙古高原上的山岭，几乎所有的原始森林都消失[25]:252-253。移民的采矿和农耕活动，迅速改变热河的林木环境，木兰围场也向买地的人开放。到19世纪末，清朝最终决定将猎场对农业开放[25]:258。
明末清初的战争，使湖北的水利控制系统难以为继，堤坝受损，很多地区被淹没达数十年之久。1680年代起，清朝投入大量资源重建汉水的堤防，其后地方富户私人筑坝圩田，进一步限制了江水的自然流动。在江汉平原，因堤坝失修而导致的决口日益增多，水灾越来越多，到18世纪时，有些田地已变成永久性的涝区；在19世纪，洪水淹没更多地区，当地农民开始种植那些能在汛期洪水来临前成熟的作物或水生植物，有些人则索性放弃农耕，转而从事渔业。在湖南，洞庭湖一直吸纳长江和湖南一些河流过剩的水量，到秋冬二季长江水位下降时再释放出来，洞庭湖这一功能使长江保持稳定[5]:272、320。清代围垦洞庭湖的高潮再起，康熙年间（1662—1722），政府不但不禁止，反而鼓励开发垸田，免除新增垸田的税收，结果围湖造田引发水患问题，地方官员纷纷上奏建议废田还湖，于是1748年清朝颁下禁垸令[4]:94，禁止新建堤垸或在高地围垦湖泊，但谕令普遍被忽视，私人的垦荒仍然继续[5]:275。当时人多地少，禁垸令难以生效，洞庭湖的围垦活动在半开半禁的状态下持续进行[4]:94。
在18世纪，湖南省人口激增，到1800年增至1700万人，建设了大量非法的私人堤坝，结果洞庭湖陷入堤坝的包围，在清代有围堤600处，湖面缩小的速度加快[9]:52。19世纪时，洞庭湖由于开垦与淤积增加，以致湖面越来越小，湖底越来越高[14]:427，不仅湖泊的容量急遽下降，往往淤浅，而且含沙激增，一遇汛期便洪水下泄，泛滥成灾[9]:52，导致更严重的洪水，到19世纪时酿成多次严重水灾[5]:274，长江平均每四年就发生一次水灾[9]:52。加高堤防虽可以保护某些地区，却将水灾转移到其他地方，特别是变得低洼的旧围田。因为大量增加的淤泥沉积，在19世纪下半叶时，湖的大部份已被开垦，总共有一千多块地，加起来五百馀万亩[14]:427、415，到光绪（1875—1908）时，洞庭湖面积只剩下5400平方公里[9]:52。
自16世纪起，江西的棚民逐渐向湖南迁移，砍伐洞庭湖周边山区森林，进一步加剧了低地的洪水。到19世纪中期，湖南许多地方的清理和开垦已接近极限，人们为了获得耕地，伐尽山上树木，排干所有沼泽，森林被耗尽所有资源。在山野地区，1720年代时还是虎豹横行的，到1760年代这些野生动物已经消失。泥沙从裸露的山坡滑入河流，继续流进洞庭湖，导致湖床升高和更多的洪水。19世纪初，官员更清晰地意识到生态危机，魏源指出洞庭湖周边的堤垸虽或可以保护当地圩田免于洪灾，但洪水会继续向下流，危及长江下流几个人口最稠密的省份[5]:274-275。
清代长江下游，稻作、丝、棉生产都接近极限，生产的提高和农业集约化，往往是藉著侵占水道和水流平缓的地区。人们也开发丘陵，最初报酬相当高，但山林资源很快就耗尽了，自然界不可挽回地贫瘠化：森林破坏、表土侵蚀、河川系统破坏，使集约农业无法长期在丘陵上维持，并且威胁到谷地的农业生态，这种环境的恶化破坏了生态和社会系统的弹性。直到18世纪，江南一些几百公尺高的陡坡和一两千公尺的山峰，还是一片荒野[26]:350-351，仍有一些盆地和河谷尚未被开发，虽有棚民在明代已迁入当地，但人数尚少[5]:276-277。但在18世纪出现新的开发丘陵的方式，逐渐侵害它的恢复能力[26]:351。因人口压力，部份河谷地带的汉人被挤出成为棚民，大量进入和开垦山地，使长江下游的山区环境大受破坏。他们主要种植需要较少劳动力的玉米；在砍伐原始森林，并将木材出售给或充作燃料后，棚民开始种植需要大量肥料的玉米，耗尽了山区土壤一二百年来积蓄的肥力，导致土壤板结而无法继续耕种后，棚民接著迁移到另一片森林重复这一过程[5]:277-278，开垦并焚烧另一块山地[26]:361。中国东部和南部变得树木稀少，丘陵侵蚀，而水灾和旱灾不断威胁著在河谷密集的聚落和作物[14]:388。
到18世纪中叶，山区棚民非常之多，“满山相望”[5]:278，“深山之中，几无旷土”，这种生产技术破坏了当地及下游地区的土壤和水资源[26]:361-362，导致山地生态环境严重退化，土壤缺乏腐殖质和酸性，以致灰壤化或砖红壤化，一切农作物都无法生长，土地经常被抛荒。随著山区水土流失，泥土和沙石从山上冲刷下来，毁坏平原和河谷上的良田[5]:278。煤矿可改善燃料短缺，但开矿导致森林消失和土壤侵蚀，浅层煤矿的开采也会把矿渣污染传布到灌溉水道和农田中，土壤侵蚀和水污染都增加下游农业的风险[26]:365。人们藉著围田及开辟梯田创造新的田地，过往的荒地经由采用新作物和新技术而投入生产，甚至在丘陵土地也已经达到开发的极限[26]:352-353。在山丘上，矿场与手工业作坊遍布，人们加速采取木材、竹子等资源，而山坡则被清理出来种染料和纤维作物等经济作物，以及新的粮食作物如玉米、番薯。山区资源的开采超过自然的再生或再造林能力，木材越来越少且越来越贵。有些商人租下山坡地，雇工割草，当作烹调的燃料出售。在19世纪初，据说柴薪卖得和珍贵的肉桂木一样贵[26]:355、357-358。18世纪景德镇的衰落，可部份归因于周围地区森林的消失、木炭柴薪的严重缺乏，以及水运因河川淤塞而退化。在19世纪中叶以前，有些地方由于过度砍伐竹子和楮树，造纸业亦开始没落[26]:370、359。
1740年以后，政府已意识到低地的过度开发，可能进一步促发洪水[21]:904。许多官员建议控制、暂停或放弃开垦那些水道压力特别大的地方[26]:375。到19世纪初，当地人和官员都了解环境所受的破坏。在土地变得日益贫瘠的同时，一些大地主还在把湖泊、水塘和滩涂变成耕地，在太湖、南湖和镜湖等地区不断筑堤圩田，导致湖泊面积缩小，增加了旱灾和水灾的可能性[5]:278-279。稻田的开垦也到了极限。在明初，宁绍平原上有199个湖泊，而到20世纪前，除了44个被完全填平的以外，那些仍然存在的湖泊，面积和贮水能力都减小，几乎没有空间可供新围田。水边围造的新水田，使另一些田地不能直接受到灌溉；灌溉水的需求上升而蓄水功能却降低，这增加了水旱二灾的风险[26]:356、365-366。自19世纪初起，清朝官员开始禁止在长江下游的山区和水边作进一步开垦，禁止人们种植玉米，以能保持土壤的作物来取代，并逐出短期迁入丘陵地区的劳工，但许多命令实际上无法执行，成效甚微[26]:377、380。受威胁的棚民进一步加强对山地资源的开发[5]:279。
人们在福建、浙江、安徽南部的山区大量种茶，虽然茶对环境的影响比一年生作物温和，但茶树丛也不像森林植被那样能抓住土壤，茶园在大雨下会被严重冲刷[26]:359。渔业方面，浙江沿海的舟山群岛是重要的鱼类养殖场，到19世纪后期，鱼类存量渐趋耗尽，渔民所用渔网越来越细密，捕获的鱼也越来越小[5]:344-345。
华南的一些地区是中国环境退化最严重的地方。明代中叶以后，客家人迁移到华南各地山区，他们意识到山区环境的脆弱性，会补种树木，以弥补那些被砍伐和卖到下游地区的木材。然而到清代，陆续有汉人出于人口压力而从低地被排挤到山区，他们在砍伐树木之后，种植玉米和烟草之类对养分要求很高的作物，官方禁令对制止森林砍伐和土地退化，几乎没有什么效果[5]:321。在两广，人们难以找到新耕地，开始深入山区，烧掉树林，修筑水坝，在珠江三角洲为形成新的沙坦而修筑堤坝，很快就阻断了河流的正常流向[15]:273。华南各地农民习惯于每年旱季，放火焚烧自家附近的山坡，以驱逐蛇、老虎和盗贼，这种做法毁灭了绝大部份木本植物，使森林变成草地。一种非常坚韧的茅草会到处生长，并扼杀其他植被，这些茅草也无法阻止暴雨导致的山体滑坡[5]:321-323。1700年时，岭南有一半土地被森林覆盖，但此后开垦与烧山活动加剧，大片的森林消失。19世纪初，广东只有北部的南岭地区还有老虎，到19世纪中期，人们居住的地区已几乎没有森林了，华南只剩下10%土地仍有森林[15]:324-325、328。人们为求燃料和饲料，到山上捡拾一切草和树枝，“山被剥得寸草不留，甚至连草根都常被掘起”[8]:76。森林减少使洪水之灾增加，破坏更大[15]:327。
台湾岛上原有的植被并不都是森林，也有很多草地，到处生长著鹿群。当地原住民大致可分为山区（高山族）和平原（平埔族）两大族群，并不善于农耕，主要以狩猎采集为生，人口密度很低，必要时也进行刀耕火种的农业[5]:258-260。17世纪时，台湾汉人仅定居于西南一隅，岛上自然环境仍保持原始景观[27]:303。在17纪末的台湾，行人在郊野中完全被野生植物淹没[16]:72。18世纪起，汉人移民渐多，岛上鹿场渐被开辟作农田，鹿群数目大减；瘴气也不再是严重威胁。在1720年左右，彰化以南平原之地已经开垦，彰化以北则大多是平林旷野[27]:307、314、318。台湾土地开发活动大都发生在低海拔地区，即平原、盆地或河谷，开垦运动并没有触及森林的核心[28]:1021。随著汉人客民的增加，耕地的开垦逐渐向山区扩张。清政府试图把汉人和原住民分隔开来，在1722年立石为界，禁止汉人进一步向高山族原住民的领地迁移[5]:260-261，定出一条分隔汉人和原住民的“番界”，番界通常位于平野与山区的邻接处，其设立颇能有效阻挡汉人入山伐木[28]:1021-1022。
出于人口压力，清政府最终让步，不再禁止汉人开垦原住民的土地[5]:261。当时清廷伐木的目标仅在樟木，没有必要爬入高山，台湾森林并未大量耗损[28]:1027、1031。到19世纪时，台湾西部平原已经和福建和广东地区非常相似，大量鹿群已消失，森林被清理，汉人定居农业取得胜利[5]:262。1875年，沈葆祯废除禁止越入番界的禁令，此后20年间，一般汉人付费后，可以自由地利用山林资源[28]:1032。1880年代后期，清政府推行各种“开山抚番”措施，打破过去汉番隔离的状况，让农民发展茶树和樟脑种植业[5]:262。为了熬制樟脑，汉人往山里砍伐樟树，而砍伐过的樟木迹地通常也被移作耕地，森林损耗也就无法挽回。不过在乙未割台之前，樟脑的产量还不算很大[28]:1041、1043。
在海南岛，汉人缓慢而稳定地迁入，到18世纪时，甘蔗和水稻成为海南岛的两大输出品。汉人把岛上五指山地区留给了生黎，该地成为最后剩下人迹罕至的荒野[5]:256-257。
清朝占领西南前后，商人和政府的伐木和开矿（铁、铜、银、锡等）对环境造成很大的破坏[14]:397。18世纪初，清政府更积极地采取拓殖政策，更多汉人迁入云南。雍正帝有意获取西南地区的矿产和木材，采用改土归流的政策，汉族士兵继续从土著处获取土地。美洲作物的引入，以及从客家人和棚民那里学到的开垦技术，使汉人活动不再限于河谷地带，而是可以深入西南漫山遍野的森林[5]:279、235。他们迅速砍伐树木，到19世纪初，滇南的深山密林几乎已经消失，取而代之的是密集的农作物和山上的茶林。矮小的茶树却不足以阻挡雨水和保护土壤。在18世纪中期，云南的铜矿开采发展达到顶峰，炼铜需用柴炭，滇铜盛时年产一千馀万斤，即需木炭一亿斤以上，结果矿山附近的山林伐尽，燃料的枯竭比矿藏的衰竭来得更快；而老林伐尽，生态破坏，又加重了水患[5]:280-281、237。
清朝决意把东北部的故土封禁起来，以维持满族的战斗力和对本民身份的认同，通过修筑和种植“柳条边”把汉人隔离在东北地区之外。尽管满人也在一些河谷从事农耕，但东北大部份地区都覆盖著原生松树林，遍布野生动物，包括东北虎、棕熊、水貂、鲟鱼和鹳，还有生长在森林的人参。清政府从东北采买各种食物，到18世纪初开始出现供应短缺[5]:245-246；松子和松果从前很容易采集到，到18世纪后期，要取得松子和松果的唯一办法却是砍倒树木。1822年以后，旗人已无法再捕获到熊和豹运往北京[5]:247、302。嘉庆（1796—1820）以后，汉人移民的屯垦区深入至松花江上游，吉林已大量从事农业[9]:57。1860年后，清朝改变政策，“移民实边”以增加税收，汉人开始大量迁入东北，到清末东北人口激增至1700万[5]:340，使当地得到进一步的开发，范围扩及黑龙江，东北地区原始森林大为耗损[9]:57。当东北和西伯利亚因铁路建设而开发时，中国订下一个条约以供应枕木，并设立了二家林业合资公司，这标示著东北的森林资源开始以现代的方式开发，主要由俄国和日本公司来进行[14]:403。
清朝西北部的草原缩小，被改变成耕地并且沙漠化的速度加快[14]:388。康熙（1662—1722）以后，垦殖向山区扩张，使陕西、甘肃、青海、宁夏地区的森林遭遇不可逆转的破坏，导致水土流失、生态失衡，物种退化，以致灭绝。后果之一是陕、甘、宁北部草原的沙漠化，加上战乱与烧荒，清朝用兵西北时，下令焚烧草场来制敌取胜，严重破坏生态环境，形成横跨内蒙、陕西、宁夏的毛乌素沙漠[9]:74-75。内蒙古的科尔沁沙地和鄂尔多斯高原最初覆盖著草地和森林，在清朝中期，土地大规模开垦，沙漠化开始发生。18世纪中叶，清政府引进“移民实边”和“借地养民”的政策，陕西北方明长城以南一百里内的沙漠渐次形成[14]:390-391。在19世纪末20世纪初，清政府和蒙古贵族将科尔沁地方原本用作放牧的自然草原卖给汉人农民，结果经过几年的农垦后，表层松散的土壤被吹走，而风蚀作用将耕地变做沙漠，牧场也趋恶化，牛群只能安顿在不断缩小的地方。1900前后，清廷允许甚至是鼓励汉人去蒙古地区殖民，以加强国防和增加岁收。许多蒙古人也变成农民[14]:394-396。
在西北，乾隆帝击溃了准噶尔汗国，使准噶尔人几乎灭绝，准噶尔地区成为空白的空间，留待汉族农民、满族旗人和回民等移民再行充填。通过屯田，中国军队将草原上肥沃和有水源的土地改造成农田；若有融雪形成的河流，塔里木盆地绿州周围的沙漠土地也被开垦，从1760—1820年间，有超过一百万亩的土地开垦为田。这些草原在被犁耕过以后，很可能造成水土流失和草原的荒漠化，难以恢复原貌[5]:248、250。新疆的天然树林分布于阿尔泰山和天山一带，由于管理不善，任人采伐，茂密的森林大片地消失[9]:76。在干燥和半干燥地区，开垦土地完全依赖修筑灌溉水道，这些虽然有益于农田，却有损邻近地区用水者[14]:412。新疆地区采用坎儿井的灌溉方式，把山上融化的雪水运送到农水里，使沙漠得以繁荣[16]:77。1840年代初，林则徐在新疆建立灌溉水道，使天山山脉的水都流到有良好灌溉组织的区域作为农业使用，但工程也限制了此区的水资源利用，有害于既存的农地和牧地[14]:413。在河西走廊地区，清中叶时，众人入祁连山砍伐；森林消失后，山上的积雪失去荫蔽，春暖后雪立即融化，水流无处收纳，形成水灾，秋天用水之际又无水可用。故河西地区自清中叶以来，水灾及旱灾的次数都大增[4]:12。
在清代唯一没有出现环境退化的人类农业生态系统，是成都周围的四川盆地。当地农业精耕细作，也细心栽培树木，包括竹子、油桐、桑树、杉树、漆树和各种果树。当地气候潮湿，植被繁茂，成都平原一直也有良好的灌溉系统，秦代建成的都江堰水利工程仍然运作良好。当地每个农场都有自己的一小片竹子、杉树、棕榈树、油桐、漆树或果树林；岷江沿岸也生长著很多树木，绿意盎然[5]:324-326。青藏高原的许多地方原本都长有森林，千百年来，这些原始森林被藏民清除，代之以可以喂养牛羊、具有高度再生能力的低矮植物，如禾科植物、丛生植物以及匍匐植物。在适度放牧下，形成种类丰富、高约及膝的低草植被。这些植被能保持水土，故此森林虽被清除，但山坡并没有变成不毛之地，而是成为藏民放牧畜群的草场，也避免了水土流失和把生态问题带给下游的四川盆地[5]:326-327。
中华民国大陆时期
在20世纪早期，毁林以及由此造成的严重水土流失和土地盐碱化，成为中国贫穷落后的主要因素之一[17]:2。中华民国很快就意识到森林资源枯竭的问题，在1914年颁布《中华民国森林法》，呼吁各省制制定造林计划，但当时政府无法把计划真正实施。蒋介石认识到木材的经济价值，设立了全国植树节，并在福建建立苗圃以提供树苗。植树造林政策在闽江沿岸的绿化中略有成效，但1937年抗日战争爆发后，国民政府的造林工程就无以为继[5]:343-344。鄂尔多斯高原的沙漠持续扩大，特别是在民国头十年内，绥远的农地增加了四倍[14]:390。1920年代时，汉人大量移居蒙古，山中猎物、松树和羊群都越来越少[16]:107，改变了草原生态。到1930年代，汉人把宜于放牧的土地都开垦出来，表层良好的土壤被大风吹走后，剩下只有沙子[5]:341。1930年代，岭南地区的森林亦已被砍伐殆尽，只有1%—5%的土地是森林[15]:35-36。
在东北，农业聚落从南边扩张，在1914年，有四分一的东北荒地被开垦[14]:393。迁往东北的汉人大多留在辽东半岛的农业区，没有进一步深入北部和山区的旷野和森林。到1930年代，东北地区尚有一半宜耕地尚未开垦，但汉人也没有保护森林，只是缓慢地伐林。20世纪初，俄国和日本对东北地区的森林作出史无前例的最广泛破坏[5]:341-342、301，在日本人的统治下许多森林被清除，包括广大的樟树森林[8]:101。在1930及1940年代，日本从东北掠夺了7000万立方米的木材，占当时中国全部木材储量的十分一[5]:301。东海渔业方面，民国初年，渔民年复一年在同一近海渔场捕捞，导致地方性的渔业资源的枯竭，所产鱼类日渐瘦小。日本拖网船在黄海上过度捕捞，减少了中国捕鱼船的渔获量[29]:73、77。渔民使用有很细筛目的张网，捕获了大量幼鱼和鱼卵，导致近海鱼群的衰竭[29]:91-92。到1930年代，舟山群岛黄鱼渔场的生产力明显下降。面对日本人的竞争，中国渔民尽可能地捕鱼，而没有考虑保护资源。1940年代抗日战争期间，中日两国渔业都出现大幅下滑，鱼群暂时获得休养生息[29]:114、166。
民国时期，自然灾害发生的频度和规模都远超过往任何一个朝代，环境恶化尤其是主要水系的淤积是史无前例的，几个世纪以来对森林的滥伐、土地的密集开垦和对河流的过度控制，累积的后果造成空前的环境问题。20世纪前半叶大规模自然灾害的死亡人数，超过了近几个世纪的任何时期。黄河河堤时常决口，长江于1931年发生特大水灾。1930年代粮食产量比清代时的有所减低，河流系统的恶化进一步抑制生产力发展[22]:423、431。洞庭湖面积急剧减少，长江沿岸的洪灾则增加，因此导致了五省受淹、几百万人丧生的1931年长江大洪水[16]:155。国民政府试图创办集中统一的机构治理淮河，于1927年成立淮河水利委员会[24]:280。但1930年代国民政府实现淮河水利计划的能力，受制于地方资源控制困难，有几项工程虽已完成，但比原先的设想规模更小且更慢。1938年蒋介石下令炸开于花园口附近黄河南岸的大坝，加剧淮河下游的困难情形，并摧毁了此前兴建的大部份水利工程[24]:284-285。
抗战初期，为了减慢日军前进速度，蒋介石下令在1938年6月9日挖开郑州东北面的黄河大堤，使洪水倾泻到淮河、洪泽湖和大运河流域约7万平方公里的土地上[5]:346，洪流一路向东南奔涌汇入淮河，最终分散成一条条狭窄、浅浅的支流注入淮河，淹没淮河东西两侧的土地。洪水淹没了豫东45%的村庄，沉淀了大约一亿吨的淤泥，造成河南、安徽和江苏80多万人死亡，近400万人流离失所[30]:38-39。洪水退去后，泥沙掩埋了大片的耕地，无法耕种。在一些洪泛地区，黄河泛滥抬高了地下水位，导致被掩土地盐碱化[30]:82、85。盐碱化摧毁了幼芽，阻碍作物的生长和减少收成。饥荒中人们以树叶和树皮充当食物，使树木进一步减少[30]:220、170。数年之后，黄河河道仍然有变，大量农田都淤积著河水和泥沙。到1946年，黄河终于回到了北面的故道[5]:346。在战后，河南人们砍伐了所有小树木和灌木，收集一切稻草作为燃料出售。决堤之后，许多河南难民逃到陕西，国民党和共产党在当地都尽力开垦土地，从1937年到1945年，整个陕西森林面积从25%减少至16%[30]:225、191。在国民政府的安置下，2.5万名难民到陕西黄龙山一带开垦荒地，到1942—1943年，又有20万人迁到黄龙山垦区。难民清除当地的树木、灌木和草，种植谷物、玉米、马铃薯和荞麦，几年间就出现水土流失和耗尽土壤养分[5]:347。
中华人民共和国
在1950年，中国大陆土地的森林覆盖率，缩小到5%—10%[5]:335（一说8.19%[9]:60）。以人均水平而言，中国大陆的森林资源在全世界160个国家中排第120位。以海南岛为例，1950年时，岛上剩下25%的地区仍有森林覆盖，在其后20年中，政府的发展计划使森林占地比例下降到7%[5]:364、258。1949年以后，中国大陆有四次大规模的森林砍伐：1.大跃进；2.“以粮为纲”和文革期间的“学大寨”运动；3. 1980年代解散农业集体化并引入家庭联产承包责任制；4. 1990年代国有林场和国家自然保护区以森林资源牟利。中国大陆农民将前三次伐林称为“三大伐”。大跃进中，炼钢炉大约有60万座，所需木炭全都是通过砍伐当地森林而提供[5]:376。人们为了给小型冶铁炉提供燃料，毁坏大片森林[17]:4，土法炼钢政策消耗了中国大陆10%的森林[31]:48。文革时期，政府公开认为森林是使用土地低效率的方式，应让出土地来种植粮食或果树，政府也提出“以粮为纲”，向荒山要粮，结果大面积森林被毁，特别是在云南、四川等西南省份[5]:377-378。过去长江中游水流清澈，但因四川盆地剩下的林地大量人为侵害，到1960年代晚期则全年都相当污浊[8]:75。
在改革开放初期，耕地和林地都转移到承包合同的农户手中，为了伐木造房，在南部和西南省份发生严重非法砍伐森林的事件。在1981—1985年，单是建筑房屋就消耗了1.95亿立方米的木材，相当于一年林木的全部生长量[5]:379。在1980至1990年代，由于筷子、家具、纸张的巨大需求，木材产量直线上升。在1900年代中期，在全国140个林区中，有25个的树木砍伐殆尽，有61个砍伐速度超过恢复速度[31]:58。1992—1998年，国有林业公司运用重型机械和电锯，在四川西部、长江源头、云南西北部、秦岭和黑龙江流域大片砍伐山林，将木材变卖。1998年长江发生大洪水后，中国国务院宣布禁止四川西部的森林砍伐，随后禁令扩大到其他地区。然而中国大陆仍在快速开发和消耗森林资源，自然环境仍旧在不断退化[5]:380、369。在20世纪末，人均木材储量大约是每人10立方米，仅是世界平均值的八分一[2]:22。随著中华人民共和国加入世贸组织，日本、台湾的一些跨国公司也涉足中国大陆的林木采伐业，在21世纪初，中华人民共和国成为世界上最大的木制品出口国[31]:57-58。
中国大陆森林主要存在于东北地区北部、云南西南部，川西与藏东交界、鄂西与川东北交界、福建中南部以及秦岭山脉。保存到20世纪晚期的佛寺，也大多保持宁静气氛和周边的森林。此外有两处山区的人们种植林木：在浙江与江西交界的山区，商人植树卖给景德镇窑厂作燃料；在湖南南部及两广北部山区，苗民和汉人都会在砍木后补种树木[5]:364、180。为了解决环境退化问题，中华人民共和国开展了很多植树造林工程，政府开始在荒地和山坡上造林，但成效不大[5]:392、365，树苗的实际成活率低于30%。最早1950年代开始的沿海防护林体系建设，旨在稳定沿海省份荒芜的海岸山地[5]:366、393。大跃进时期开展水土保持运动，种植大规模的防风林带，但只有30%的防风林活下来[3]:214。出于造林运动或自然再生，大跃进后树林慢慢有所复苏[32]:185。在1960年代，种植树木的计划大都并不成功，超过一半以上的树因缺水而种不活。活下来的树，多因当地农民为了得到燃料与建材而遭劫掠[8]:75。毛泽东时代的造林和保护工作，使森林覆盖率增至12.7%[5]:366。
1980年代的太行山绿化工程建设收效甚微；另一项长江中上游的造林工程始于1990年代中期。1980—2000年间，森林覆盖率攀升至18%，这是因为私有产权制度确立促进了造林工作，也由于三北防护林这一巨大工程[5]:393、366-367。三北防护林是中国大陆规模最大的绿化工程，在黑龙江到新疆总面积3700万公顷的干旱草原上开展造林工作，从西部的喀什地区直至东部的大兴安岭，覆盖面积达400多万平方公里。然而实际森林面积远低于官方公布的数据，如1979年的实际数字要比公布的少三分之一，数十万亩的树苗无论是死是活，都被算作森林覆盖面积。三北防护林工程希望制止沙漠继续向东南方蔓延并进入华北地区[5]:393、367，但那些新种植的树木成活率很低，地下水位也在严重下降[33]:360，三北防护林地区仍持续发生荒漠化，令人怀疑这项工程最终是否能取得成功[5]:394。1999年起，中华人民共和国政府推行“退耕还林”措施，把农地转变为森林，向受影响的农民提供补贴并付予植树费，但其计划有时由于树种选择不当而造林失败。总体而言，退耕还林计画下中国大陆森林覆盖率从2000年的20%增加到2020年的近23%，重新造林面积约为2400万公顷[34]:243、183-184。
中华人民共和国政府统计数字下的森林，常常是由单一树种构成，而不是像天然林那样的多树种混合。单一树种的的树林，无论是松树、杨树、桉树或橡胶树，都更像人工林，无法支撑野生物种的生存。如在云南用橡胶林来取代热带雨林，虽然可以供应有价宜的橡胶，却破坏了长臂猿的栖息地。这样的植被虽然也可以保养水土和实现碳封存，但很少有动物能在其中健康生长[5]:366。目前状况是树多森林少。各种造林工程种植了大量树苗，但即使成功长大，也更像是农场而非森林。据报在东北国有林地区，人工种植了大约350万公顷的森林，同时由于封山育林，有410万公顷的次生林得以恢复。然而这类森林绝大部份是人工林，很难实现保护生物多样性。奖励农户植树的措施所收获的也大多是经济型林木（如果树），而不是重建健康森林[5]:393-394。
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一些政府官员有意建立森林保护区和野生动植物保护区，1956年最早成立的鼎湖山保护区位于广东肇庆。1980年代，保护区数目迅速增加，1990年代起，一些原始或为濒危物种栖息地的地区被划为自然保护区[5]:389、2，到2004年已达2000多个，占陆地总面积近14%。最重要的森林保护区大多是南方的佛寺。在中华人民共和国自然保护区中，最受国际关注的是专用于保护大熊猫的自然保护区，如四川平武县的王朗国家级自然保护区。虽然中国大陆建立了两千多个自然保护区和越来越多的“国家公园”，但很多其实没有真的运作，有些国家公园根本没有护林员[5]:389-390。自然保护区没有国家配套资金的支持，其中三分一都只是“纸上的公园”，没有实质上的标识与边界，很多负责管理保护区的官员都住在县城而非保护区里。由于缺乏资金，管理员都“发展自己的产业”，生态旅游引来了对野生动植物的非法盗采盗猎，修建公路干扰了当地的生态系统，仅有的资金用于建造宾馆。管理员甚至与公司订立合同，开发保护区的资源，例如将湖泊和沼泽改造成鱼虾养殖场。森林继续被砍伐，老虎受到非法捕猎。保护区优先保护游客，很少抓住盗猎的罪犯。保护区域往往设置得太小，伐木、修路和养鱼把保护区的生态系统分割得支离破碎，成为四面楚歌的孤岛[5]:391-392。
中共所承继的，是一个已严重退化的自然环境。1950年时，几乎所有耕地都缺乏一些关键的营养物质，特别是氮。农民已没法给耕地补充氮肥以提高粮食产量，不但不能为工业化提供盈馀资金，连养活不断增长的人口都成问题[5]:328、334。大跃进期间，华北等地的农村极为贫瘠，连老鼠都找不到，华北平原的自然环境已极为退化和贫穷，已没有栖息地来维持任何野生动物的生存。野生物种的消失，意味著整个自然生态系统的崩溃。农业生产力无法大幅提升的原因之一，是化肥的短缺，1949年时，中国大陆只有两家化肥厂，之后又建设了几家化肥厂，但化肥一直供不应求[5]:362、353-354。1972年，美国尼克松访华后，签署的第一份商业协议，就是为中国大陆引进13套世界最大规模生产氮基合成化肥的合成氨装置。到1980年代，中华人民共和国发展出自建化肥厂的能力。大量使用化肥，促使农产量大幅增加。在1976年以前，中国大陆粮食总产量的确有所增加，其代价是向更加边缘地区拓展农业，以及进一步破坏森林、草原和水域[5]:361、352。从1949—1980年，中国大陆耕地总量增加了50%，达到1.2—1.3亿公顷，新增耕地主要来自东北和云南的森林，以及内蒙、甘肃和新疆的草原。在这30年中，新垦耕地的数量，几乎相当于从汉代到宋代所开垦土地的总数，土地的开垦导致环境的退化[5]:354-355。
大跃进时期的水利建设效率不高，引发涝灾和土地盐碱化等问题，水库和灌渠的兴建阻碍了排水，由于土壤中水的饱和，盐和其他矿物质被析出地表，给土壤肥力带来灾难性影响。由于排水不畅，华北平原2/3的灌溉土地都受到盐碱化的威胁。河北、河南和山东的耕地一度有190万公顷到320万公顷发生盐碱化[3]:216、238。沙漠和严重退化土地占全国土地面积的1/4，1970年以来，沙化的速度提高了一倍。通过植树造林和退耕还草，政府努力遏制沙化，但效果不如人意。全国有30%的人口生活在受沙漠化影响的地区。在1990年代后期，华北每年平均发生35次沙尘暴[31]:9、60。
1950年代的农业集体化和大跃进，都加速了草原的退化。在1965年，退化草地面积达到100多万公顷。文革时，政府提出以粮为纲，华北、西北的草原即使没有灌溉设施，都用于耕作，随著大风对土壤的侵蚀，那些新开垦的农田很快变成沙漠[5]:384、378，以粮为纲的政策，致使大面积的草原被毁于开荒活动。牧民本身也破坏草原，五口之家的牧民，每日要烧沙蒿草5至8公斤作为生活燃料，一年内等于破坏10—16亩固定草原，据估计，中国大陆沙化面积总额的28%就是牧民烧草的结果。1980年代与1950年代相比，全国产草量下降30—50%，于是牲畜营养不足，大量死亡。在河西走廊和鄂尔多斯高原，都有严重沙漠化的现象[4]:40、42。由于过度开垦和放牧，草原面积不断缩小，在1970年代年均损失量为约1560平方公里，到1990年代增加至2460平方公里。到2000年，中国大陆超过四分一的陆地都变成荒漠。1980年代，国际市场对羊绒需求暴涨，牧民开始用山羊取代绵羊。与绵羊只吃草不同，山羊吃草时还会把灌木的根茎也一起吃掉﹐这是草原荒漠化的一个主因[5]:383、386。
2002年，政府颁布《中华人民共和国草原法》以制止沙漠化，但成效不大，移动沙丘依然增加，野生动物则在减少。2000年后，国际市场对麻黄草需求急增，草原牧民因而扩大种植麻黄草，甚至放弃放牧，麻黄草的种植结果加剧了植被消耗和荒漠化。在内蒙古，游牧生活方式其实更适应当地草原与沙地相混杂的地形，但蒙古人传统的游牧生活正在消失，绝大多数人都不再养马了[5]:386-388。自1950年以来，环境退化使草原面积减少了30%—50%；在21世纪初，在大约4亿公顷的草原中，90%以上已经退化或过度放牧，50%以上有中度到深度的退化，导致生物多样性的减少，降低涵养水源的能力[31]:59。
中华人民共和国政府提出的第一份大河水利计划，就是淮河计划。从1950年开始，计划开挖上游水库，在中下游加固堤坝，在下游提高蓄洪和排洪能力[24]:286。1950年夏季淮河发生洪灾，毛泽东号召一定要把淮河修好，掀起一场治理淮河的群众运动，号召“要高山低头，叫河水让路”，此后7年政府动员数百万农民，用铁锹铲走土方，清理了通向大海的170公里河道，挖掘和建设淮河进入长江的新入口、蓄洪的水库和防洪的堤坝，但到1954年当地还是发生大洪水[5]:397、314。工程最初的任务只是排洪，但后来政府认为应把水蓄积起来用于灌溉，在淮河的支流上增建了很多土坝以形成水库，结果在整个淮河流域一共建设了大约4000座水库[5]:397-398。但大跃进及以后时期淮河工程质素欠佳，1975年，修筑于大跃进时期的两道大坝崩决，1991年淮河大水灾，都表明一些河流设施低于规格[24]:287。1975年8月，淮河流域发生世界史上最具破坏性的水库垮坝惨剧，在暴雨后，淮河两条支流上的水库大坝漫决，洪水席卷所到之处，一座座村庄荡然无存，下游的分洪区无法吸纳大量洪水，堤坝也纷纷倒塌，形成一个近160千米（100英里）长的湖泊，1100万人受灾，8万多人死亡[5]:400。
1954—1955年的黄河治理计划目标宏大，在黄河干流、支流及黄土高原的沟壑中，修建大大小小的水库，以达到防洪、灌溉、发电和治沙的目的。1957年，黄河三门峡大坝开工建设[3]:154、204，三门峡工程成为党具有战天斗地能力的强而有力的象征符号。1961年底，三门峡大坝发生严重问题，泥沙淤积的速度远大于预期，由于水库减缓了上游的流速，泥沙开始在上游淤积[3]:220、217。大坝位于渭河汇入黄河之后的河段，1962年投入运作，渭河下游两岸数十万亩的农田被淹没，近30万农民被安置到西部较贫瘠的地区。在水库中，黄河泥沙迅速淤积，造成发电机组无法运作，并进一步向上游堵塞了渭河，导致西安一带洪水泛滥[5]:399，渭水排水能力降低，直接威胁西安城的安全。结果决定在雨季洪水季节，导流闸口全部打开，泄流洪水高峰，这样黄河下游地区再次面临洪水和泥沙的威胁，黄河清的梦想破灭[3]:218，大坝最终变得千疮百孔，对防洪和发电都几乎没有什么价值[5]:399。
中国大陆许多湖泊和池塘都已消失，需要国家建设人工水库来蓄积雨水和灌溉农田[5]:398。由于黄河中上游兴建大型水库，上游、中游和下游都进行大规模的水资源开发利用，缺乏蓄水、引水的统一协调，加上天气干旱，从1990年开始，黄河每年都发生断流[3]:264、262。由于农业、工业和城市的用水需求增加，引起黄河水量大为减少，流速减慢，河中泥沙堆积速度加快，1990年代，泥沙大约有90%沉积在华北平原上的河床中，河水断流时，则100%的泥沙都会堆积在河床里。黄河下游形成“悬河”，在开封附近，河床比周围平原高出10公尺[3]:9-10。黄河断流的日数逐年增加，1997年达到136天，干涸的河床达到距离入海口700多公里的地方，临近河南郑州。在1980年代，淮河的四个主要支流每年都发生断流，平均断流时间为200天。河水断流导致入海口地区环境恶化，泥沙堆积加剧，海水倒灌，供水中断[3]:262-263、265。为了修复三门峡大坝的失误，政府于三门峡下游约130公里处的小浪底建造另一座大坝，于2000年投入运作，透过调水调沙的程序，有效地减少了黄河下游的沉积物，黄河自1999年后亦没有再断流[34]:187。长江三峡工程于2009年完成水库蓄水，被中华人民共和国政府视作利用水资源的最高成就，三峡大坝建于宜昌市西部，高度超过180米（600英尺），宽2.4千米（1.5英里），形成世界最大的水库，工程目的是为长江流域防洪，并为华中4亿居民供电。三峡工程却造成野生动物栖息地破碎化和物种损失等环境问题，当地大型食肉动物都已消亡，白鲟也已经灭绝[5]:404-405。
1950年代，人们在洞庭湖进行大规模的围湖运动，水域面积大为缩减，最高时达每年200平方公里以上。1958年后围垦活动停止，但因湖中泥沙急剧淤积，情形依旧恶化[4]:96。大跃进运动亦鼓励在洞庭湖和鄱阳湖等地区填湖和填湿地造田[3]:212。1985年洞庭湖全部水域不及明代初年的七分一，也不及1932年的一半。1950年代的毁湖造田，并不限于洞庭湖，而是遍及整个江汉平原，破坏力之大史无前例。在湖北省，1950年代初期尚有1066个湖泊，水域面积1250万亩，到1977年已填掉740个湖泊，水域面积减少72%；至1985年，则只残存192个湖泊[4]:96-97。
中国大陆面临水资源短缺和不平衡，华北和华南水资源有重大差别，华北平原的河水年径流量仅占全国的6%，而耕地则占全国的41%；而中国大陆的淡水只有世界淡水供应的6%[3]:1。华北平原在古代曾有过数以百计的湖泊和沼泽，到1980年代时只剩下20个。在清代中期，位于北京南面的皇家围场还有5个大湖，到今天已全都消失。在华北平原，由于水库蓄水灌溉能力不足，自1960年代起，国家在华北各地开凿机井抽取地下水[5]:318、402。黄河在1970年代初断流，地表水供应紧张，人们转而大量开采地下水。自1978年改革开放时期起，中国大陆加速利用水资源[3]:225、2，到1985年，电力机井数目已接近70万眼，进入21世纪，机井增至360万眼。但这种灌溉增加了土壤中的盐分含量，在1980年代初就造成“土壤盐渍化”问题。水资源短缺在华北仍是严重问题，河流日渐干涸，湖泊不断缩小，甚至无法支持鱼类生存，黄河的入海年径流量日渐变小，经常出现长达800千米（500英里）的断流，一些地区地下水位已降至地表以下90米[5]:402-403。
在20世纪后半叶，华北地区随著灌溉的推广，尤其是管井灌溉的使用，地下水水位降低，土壤盐碱化程度加剧，环境进一步退化[22]:3。中华人民共和国政府开展了水利建设运动，水浇地从1947年的1600万公顷骤升至1977年的4500万公顷，从1960年代至1980年代，一直是掠夺性利用地表水资源进行灌溉，华北平原面临地表水几近枯竭的困境，于是通过大规模抽取地下水以保持农业的发展。政府引进并推广小型水泵抽水技术[3]:13、231，这种高强度的地下水资源开采是不可持续的。在华北平原的西部地区，浅表地下水水位从1950年代的大约1公尺，下降到1980年代的20多公尺、1990年代的30公尺。而灌溉渠道发生渗透，失去大量的水，进一步抬高附近地下水位，缺水问题变得更加严重[3]:253、216。至2009年，过度使用地下水导致4万多平方公里的土地下沉[31]:63。
为解决华北水源短缺问题，中国大陆实施南水北调水利工程，于2002年批准建设，计划通过三条线把水从南方引到西北和华北平原，将用50年时间建成[3]:288-289。这是世界史上最大规模的水利工程，通过东、中、西三线将长江流域的水资源抽调输送到北方地区，东线主要是利用大运河从江苏提水北送，中线先从汉江的丹江口水库调水，长远则是从长江三峡调水，西线则从青藏高原向黄河上游引水，灌溉当地农田[5]:403。在2011年，南水北调工程开始在东线和中线向中途的一些地方供水。喜马拉雅山地区受温度升高影响，更多冰雪融化，在源头上扩大水流量，但就长远来看，冰雪融化量会下降，黄河流域等地进一步加剧水短缺[3]:293、306。
在1980年代后期和1990年代，中央政府鼓励乡村工业发展，乡镇企业相继成立。尽管中华人民共和国已制定广泛的环境法规，目的在于控制污染，但政府将经济发展放在首位，环境法规很少实施，结果乡镇企业变成严重的污染源头[24]:286。在21世纪初，中国大陆成为污染最严重的经济体之一[5]:349，世界30个污染严重的城市中，中国大陆占了20个，酸雨影响到中国大陆1/3的土地。据估计，在2000年代为环境污染和恶化所付出的代价，每年占国民生产总值的8%—12%[31]:17、22。
在1980—1990年代，中国大陆高速工业化，但因缺乏监管，工厂公然把污水排入河中，造成严重环境灾害[5]:401。乡镇企业的工业生产用水粗放，水资源利用效率低，排放大量污染物。绝大多数乡镇企业的污水都没有经过处理，直接排放到湖泊和河流。2002年，中国大陆620亿吨污水仅有24%经过处理[3]:260。保守估计，乡镇企业每年排放超过100亿吨的废水[31]:66。水源传播的疾病是导致5岁以下儿童死亡的头号杀手。即使地方企业在中央政府压力下安装了污水控制设备，但其后的设备维护投入往往就没有下文。在农村地区，有5亿人饮用的是被污染的水[3]:261、285、305，不少居民都感染并死于那些工业产生和传播的致癌物，全国形成600多个“癌症村”[33]:368。由于农业生产不断扩大使用无机化肥，水资源恶化日益加剧。氮肥的消费量从1998年的2.865万亿克，增长到2008年的24.8万亿克，污染了地表水与地下水，流进河流、湖泊和池塘里的氮，占全部氮肥的2%—5%[3]:258-259。煤矿开采后的废渣露天丢弃在地上，有毒有害成份逐渐向地下渗透，亦污染水源[5]:417。
淮河是中国大陆污染最严重的河流[31]:8，污水在水库里聚集，浓度越来越高[5]:401。在淮河上游，地方官员不断打开大坝的闸门，让污水排入下游，毒害下游的农作物与鱼类。由于沿河建造了4000多座水库，限制了淮河的排污能力，导致问题更为严重，沿岸很多地区河水都不能饮用。2001年7月，淮河平原发生环境灾难，淮河支流因暴雨降下，将900多亿公升严重污染的水排入淮河，河水充斥垃圾，泛著黄色泡沫，漂浮死鱼。这次事件使中华人民共和国治淮的努力付诸东流[31]:1-2，两年后，淮河水质仍不适合饮用或养鱼[5]:401。2000年代后期，60%以上的淮河水水质仅达到4级或更糟，不能用来饮用、养鱼，甚至达不到工业用水的标准[31]:8。2009年，黄河水系25%的水达不到V类标准（不适合人饮用或农业灌溉）[3]:248。上海的黄浦江中很少生物，河水混和大量化学物质，在暖和的天气发出臭味[8]:93。2007年，太湖附近的化工厂排放污水，造成湖水氮、磷含量提高和富营养化，出现大面积的蓝藻污染，2百万以上的居民失去他们的饮用水水源[5]:426。
工业化急速扩张，使中国大陆空气污染可能是世界上最严重的地区[8]:93。在2000年代，世界十大空气污染最严重的城市中，有7个在中国大陆。为了推动工业化发展，中国大陆需要供应大量电力，曾几乎以每星期一间的速度兴建燃煤发电厂。在1989年，中华人民共和国已经超过苏联成为世界最大的煤炭生产国，每年燃烧近10亿吨煤炭发电。煤炭劣质和未经洗选，造成微粒污染，低效燃烧则排放大量二氧化碳和二氧化硫[5]:415-417。燃煤造成的空气污染，每年导致数十万人过早死亡[33]:381，其中包括60多万个早产儿[31]:18。幸而煤炭占全国总发电量的比例已从1989年的75%，下降到2015年的63%[33]:387。中国大陆汽车数目激增，2009年时已超越美国，成为全球最大的汽车制造国，在城市增加有害的雾霾，也加速了全球变暖。中国大陆卡车使用的燃油质量非常差，含有大量污染物，在城市各处都可看到这种尾气微粒的沉积。在2009年，中华人民共和国已超过美国，成为全世界最大的二氧化碳排放国，以及全球变暖的主要贡献者[5]:420、415-416。近年中华人民共和国在限制温室气体排放方面取得进展，2014年，中美两国达成一项温室气体减排的协议[33]:385。为了环保，中国大陆也高速开发油气混合动力车辆和电动汽车[16]:206。
全球气候变暖使青藏高原的冰川面积减少，学者预测到2100年中国大陆冰川将减少45%以上。冰川融化给新疆的绿州带来更多的水，让草原和湖泊当下得以恢复生机，但同时青海湖周边的河流数目正在减少。气温上升和降雨模式的变化，造成西藏进一步荒漠化，过去哺育草原的连绵小雨变成短暂的倾盆大雨，草地开始干燥起来。气温上升使永久冻土层开始融化，以往融雪和降雨会停留在土壤表面湿润草地，现在则向土壤深层渗透，降低了草地的水位；缓慢推进的沙漠和沙尘暴开始横扫青藏高原[5]:423-424。
虽然经历了长期环境退化，中国大陆仍是世界上最具生物多样性的地区之一，是12个最具有生物多样性国家的当中一员，境内目前生活著3万种种子植物，其中1.3万种生活在云南，仅次于亚马逊雨林。中国大陆还有6300种脊椎动物，占世界总量的14%。然而中国大陆的环境趋于单一化，农业和耕作制度塑造了非常单一化的生态环境[5]:9-10，经济增长进一步加速了野生动植物种群的枯竭。有将近400个物种面临灭绝危险，主要因为栖息地破碎化，只在偏远的西南和东北还保留著少量森林[5]:368、9-10。生物多样性饱受威胁，全国约有40%的动物、70%—86%的植物物种处于濒危境地[31]:61。亚洲象只生活在西南最偏远处，华南虎属濒危物种，白鳍豚很可能已灭绝[5]:1。环绕舟山群岛的水系原是东海最多产的海洋生态系统之一，主要商业化鱼类品种有大黄鱼、小黄鱼、带鱼和乌贼。在1970年代，以上四种鱼类数量都显示严重衰竭迹象。沿海地区工业发展引起的海洋污染，进一步导致鱼量下降。1990年代，这些鱼类仅占到总产量的20%，到20世纪末，大小黄鱼和乌贼的渔业资源已经崩溃，而带鱼则陷入枯竭境地[29]:13、173。2021年起，长江流域重点水域启动“十年禁渔”计划，以确保江内稀有物种得以繁衍。计划颇有成效，如江豚数量已有所回升[35]，在2024年初，监测到鱼类数目达到193种，比2020年时增加了25种[36]。
1979年，中央政府制定《环境保护法（试行）》，在1989年制定《环境保护法》，订下环境影响评价、排污费、期限内改善等制度[37]:184。1989年中央政府又成立了国家环境保护局（后来升级为国家环境保护总局及环境保护部），主要负责贯彻执行环境法规，人大则通过很多环境保护法律，但地方政府对这些政令往往没有贯彻执行。比起环境保护，地方政府更著重创造收入，以便增加税收，进而获得奖励或升迁[5]:430-431。到1990年代，人们开始理解可持续发展、自然的弹性以及与自然力量合作的重要性[16]:130。环保部门集中揭发违法污染的企业，但很多被取缔的企业过一段时间又重操故业。污染企业占政府税收的大部份时，地方干部往往不会对污染企业采取严格措施；如果环境保护局长采取严格措施，其自身地位可能会受威胁，导致对污染企业的处置不彻底[37]:185、191。
参考文献
延伸阅读
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